Créditos ECTS Créditos ECTS: 3
Horas ECTS Criterios/Memorias Trabajo del Alumno/a ECTS: 51 Horas de Tutorías: 3 Clase Expositiva: 9 Clase Interactiva: 12 Total: 75
Lenguas de uso Castellano, Gallego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Matemática Aplicada, Matemáticas
Áreas: Matemática Aplicada, Geometría y Topología
Centro Facultad de Medicina y Odontología
Convocatoria: Primer semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable
Introducir al alumno en el manejo de herramientas bioinformáticas, en particular algunas de las que se usarán en las diferentes asignaturas del master.
1. Bases de datos
Acceso y manejo de la información contenida en los principales bases de datos “ómicos” (genómicos, transcriptómicos, proteómicos, epigenómicos), de expresión génica, etc.
2. Análisis y manejo de secuencias
Algoritmos y programas de alineamiento de secuencias de nucleótidos y de proteinas. alineamiento de genomas, alineamiento de lecturas frente a un genoma, etc. Ideas de ensamblado de genomas. Diferentes métodos para la reconstrucción de árboles y redes filogenéticas mediante el uso de secuencias de ADN.
3. Bioinformática funcional.
4. Análisis de pathways y redes génicas. El uso de los términos GO para el análisis funcional. Utilización de herramientas bioinformáticas diseñadas para ello.
Deonier, R. C., Tavaré, S. & Waterman, M. S., Computational Genome Analysis, An introducction, Springer, 2005, USA
Salemi, M. & Vandamme A. (Ed.) The Phylogenetic Handbook, Cambridge University Press, 2003, UK.
Stekel, Dov, Microarray Bioinformatics, Cambridge University Press, 2003, UK.
1. Utilizar BLAST para búsqueda de secuencias en bases de datos, alinearlas con CLUSTAL y (en su caso) hacer un análisis filogenético de las mismas.
2. Utilizar las bases de datos GO y KEGG para hacer anotación funcional.
La docencia expositiva e interactiva será presencial y se complementará con el curso virtual de la materia.
Las tutorías serán presenciales.
Examen práctico por medos telemáticos.
Advertencia. Para los casos de realización fraudulenta de los test o pruebas (plagios ou uso indebido de las tecnologías) será de aplicación lo recogido en la Normativa de avaliación do rendemento académico dos estudantes e de revisión de cualificacións.
Sobre tres horas semanales
Jose Antonio Alvarez Dios
Coordinador/a- Departamento
- Matemática Aplicada
- Área
- Matemática Aplicada
- Teléfono
- 881813353
- Correo electrónico
- joseantonio.alvarez.dios [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidad
Antonio M. Gómez Tato
- Departamento
- Matemáticas
- Área
- Geometría y Topología
- Teléfono
- 881813151
- Correo electrónico
- antonio.gomez.tato [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Catedrático/a de Universidad
| Martes | |||
|---|---|---|---|
| 09:30-10:30 | Grupo /CLE_01 | Castellano, Gallego | Aula 10 - Roberto Novoa Santos |
| Jueves | |||
| 09:30-11:30 | Grupo /CLE_01 | Gallego, Castellano | Aula 10 - Roberto Novoa Santos |