Créditos ECTS Créditos ECTS: 4.5
Horas ECTS Criterios/Memorias Horas de Tutorías: 2 Clase Expositiva: 24 Clase Interactiva: 10 Total: 36
Lenguas de uso Castellano, Gallego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Química Física
Áreas: Química Física
Centro Facultad de Ciencias
Convocatoria: Segundo semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable | 1ro curso (Si)
- Conocer las características y el papel que juegan las interacciones no covalentes en el reconocimiento molecular en biomoléculas.
- Conocer las técnicas experimentales más importantes y sus potencialidades para el estudio de las interacciones en las biomoléculas.
- Reconocer las técnicas experimentales más adecuadas para solucionar cada problema.
- Familiarizarse con artículos científicos de investigación en este campo.
- Manejar bases de datos de estructuras moleculares.
- Manejar programas informáticos para la visualización de la estructura de biomoléculas y sus complejos.
- Conocer las posibilidades que ofrecen los métodos de simulación computacional para la identificación y caracterización de interacciones en sistemas biológicos
• Interacciones no covalentes que forman parte del interactoma.
• Introducción al estudio de estructuras supramoleculares de moléculas biológicas.
• Técnicas experimentales para el estudio de biomoléculas como pueden ser calorimetría, difracción y dispersión de rayos X, microscopía óptica y electrónica, dispersión de luz, resonancia magnética nuclear para interacciones no covalentes inter e intramoleculares…
• Manejo de bases de datos de referencia internacional de estructuras moleculares y de herramientas de visualización de proteínas, cristales…
• Uso de la simulación molecular para el estudio de las interacciones moleculares.
Estos contenidos se estructurarán aproximadamente de la siguiente manera:
BLOQUE 1. FUNDAMENTOS
TEMA 1. Introducción. Reconocimiento molecular. Química Supramolecular. Aspectos básicos del reconocimiento entre moléculas. Modelos de reconocimiento.
TEMA 2. Interacciones no covalentes. Modelos teóricos para la descripción de las interacciones entre moléculas. Tipos de interacciones: enlace de hidrógeno, pares iónicos, apilamiento π, interacción catión-π, etc. Agua y efecto hidrofóbico.
BLOQUE 2. SIMULACIÓN
TEMA 3. Herramientas básicas. Linux, Bash, Python.
TEMA 4. Estructura: bases de datos y visualización. Programas de visualización molecular
TEMA 5. Métodos basados en campos de fuerzas. Mecánica molecular. Dinámica Molecular. Monte Carlo. Docking.
TEMA 6. Estructura electrónica. Química cuántica. Métodos QM/MM.
BLOQUE 3. MÉTODOS EXPERIMENTALES
TEMA 7. Revisión y aplicación de las técnicas de microscopía óptica (campo claro, luz polarizada, fluorescencia, confocal…) y electrónica (TEM, SEM, AFM, crio-TEM, crio-SEM, difracción de electrones…)
TEMA 8. Revisión y aplicación de las técnicas de resonancia magnética nuclear para estudiar interacciones covalentes y no covalentes inter e intramoleculares.
TEMA 9. Revisión y aplicación de las técnicas de difracción y dispersión de rayos X, dispersión de luz, calorimetría, MALDI TOF…
Bibliografía Básica
- Physical chemistry for the biological sciences, 2nd ed., G. G. Hammes, S. Hammes-Schiffer, Wiley & Sons, New Jersey, 2015.
- Modern Physical Organic Chemistry, E. van Anslyn; D. A. Dougherty, University Science Books, 2006.
- Molecular Modelling. Principles and Applications, A. R. Leach, Pearson Education, 2001.
- Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy: An Introduction to Principles, Applications, and Experimental Methods, 2nd ed., E. P. Mazzola, C. D. Ridge, J. B. Lambert, Wiley, 2004.
- Fundamentals of Light Microscopy and Electronic Imaging, D. B. Murphy, M. W. Davidson, John Wiley & Sons, 2012.
Bibliografía Complementaria
- Supramolecular Chemistry, J. W. Steed, J. L. Atwood, Wiley, 2022.
- Molecular modelling for beginners, A. Hinchliffe, 2nd ed., John Wiley & Sons, 2008.
- Protein-Ligand Interactions, Ed. H. J. Böhm y G. Schneider, Wiley, 2003.
- Protein-Ligand Interactions, Ed. H. Gohlke, Wiley, 2012.
- The theory of Intermolecular Forces, A. J. Stone, 2nd ed, Oxford University Press, 2013.
- Intermolecular and Surface Forces, J. N. Israelachvili, Elsevier, 2011.
Se facilitarán materiales de ayuda al estudio y aprendizaje de los contenidos, y se empleará bibliografía más específica y actual para algunos de los temas que se traten en la asignatura.
(Esta lista tiene carácter provisional y está sujeta a posibles modificaciones con aviso previo al alumnado)
• Comp01 - Desarrollar la capacidad de organizar y planificar adecuadamente el trabajo, partiendo de una síntesis y análisis que permitan tomar decisiones
• Comp04 - Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos teóricos-prácticos de una forma profesional y sean competentes en el planteamiento/resolución de problemas tanto en contextos académicos como profesionales relacionados con las Biociencias Moleculares
• Con07 - Conocer el mapa de relaciones entre moléculas que forman parte del interactoma y aprender a caracterizarlas
• H/D04 - Utilizar herramientas avanzadas de las tecnologías de la información y de la comunicación (TICs) para producir y evaluar los resultados generados dentro del ámbito de trabajo
A) Clase magistral
Lección impartida por el profesor que puede tener diferentes formatos (teoría, problemas generales y/o ejemplos, pautas generales de la materia...). Para cada materia, los estudiantes tendrán a su disposición en el aula virtual de la materia las transparencias, figuras y diagramas que el profesor utilizará en sus clases.
B) Seminario
Clase teórico-práctica en la que se proponen y resuelven aplicaciones de teoría, problemas, ejercicios... El alumno participa activamente en estas clases.
C) Prácticas en el aula de informática
Consisten en manejo de bases de datos, uso de recursos de Internet, herramientas de cálculo y simulación matemática, programación y software especializado relacionado con el tema de estudio.
D) Presentación en clase: (de un proyecto, ejercicio, etc.):
Estas presentaciones suelen corresponder al final de una tarea o proyecto. Podrán ser realizadas por estudiantes de forma individual o por grupos de estudiantes, pudiendo realizar la fase de presentación pública todos ellos o sólo uno o varios miembros. En este tipo de actividades cobran especial importancia las aportaciones del profesor y del resto de alumnos.
E) Tutorías (individuales o en grupos muy reducidos)
Permiten un contacto individualizado con el estudiante, por lo que tienen como objetivo orientar al estudiante sobre aspectos concretos del aprendizaje (casos prácticos, trabajos o exposiciones a realizar, etc.) o resolver las dudas que puedan surgir.
ASISTENCIA:
Es obligatoria la asistencia a las prácticas (sesiones presenciales en la facultad de Ciencias) salvo causa excepcional debidamente justificada. Las faltas deberán ser justificadas documentalmente, aceptándose razones de examen y salud, así como aquellos casos contemplados en la normativa universitaria vigente.
EVALUACIÓN DEL ALUMNADO:
La calificación de aprobado se obtendrá con una nota final de 5 sobre 10. La nota final del alumno, tanto en la primera como en la segunda oportunidad, se basará en la evaluación de los siguientes aspectos:
- 50% de la nota final: evaluación continua basada en la participación en las clases, entrega de ejercicios propuestos, desempeño en las prácticas, seminarios y tutorías. Será necesario obtener una nota mínima de 4 sobre 10 para poder aprobar la asignatura.
Competencias evaluadas: Comp01, Comp04, Con07, H/D04
- 50% de la nota final: evaluación con un examen final de la materia que puede incluir cuestiones conceptuales, de desarrollo, tipo test y problemas. Será necesario obtener una nota mínima de 4 sobre 10 en el examen para poder aprobar la asignatura.
Competencias evaluadas: Comp04, Con07
La evaluación de la segunda oportunidad seguirá los mismos criterios. La calificación de la evaluación continua se mantiene igual a la de la primera oportunidad, y se repetirá solamente el examen.
El número de horas presenciales para esta asignatura asciende a 36 (sin contar exámenes), por lo que alumno debería dedicar unas 76 horas de trabajo personal, repartidas entre el estudio autónomo para la profundización en los contenidos teóricos y la aplicación de estos contenidos a la resolución de problemas y cuestiones. Asimismo, parte de este tiempo se dedica a la preparación y resolución de cuestiones asociadas al trabajo realizado en las prácticas.
Clases magistrales: 24 horas presenciales; 42 de trabajo personal.
Seminarios: 2 horas presenciales; 7 de trabajo personal.
Tutorías: 2 horas presenciales, 2 de trabajo personal.
Prácticas: 8 horas presenciales, 9.5 de trabajo personal.
Examen final: 4 horas presenciales, 16 de trabajo personal.
• Es importante mantener el estudio de la materia “al día” y participar activamente en las sesiones en el aula.
• Una vez finalizado un tema, es útil hacer un resumen de los puntos importantes, identificando los aspectos básicos y asegurándose de conocer tanto su significado como las condiciones en las que se pueden aplicar.
• Utilizar las tutorías individualizadas para resolver las dudas que puedan surgir al avanzar en los contenidos de la materia.
• Se recomienda consultar regularmente el aula virtual de la asignatura, donde estará disponible la guía docente de la asignatura, los guiones de las prácticas, boletines de problemas y soluciones y otro material complementario para ayudar al alumnado en su estudio (transparencias, enlaces web, etc.). Además, las actividades de entrega y evaluación continua se gestionarán por medio del aula virtual de la asignatura.
Las clases se imparten en gallego y/o castellano
Para los casos de realización fraudulenta de ejercicios o pruebas será de aplicación el establecido en la "Normativa de evaluación del rendimiento académico de los estudiantes y de revisión de las calificaciones".
Enrique Manuel Cabaleiro Lago
- Departamento
- Química Física
- Área
- Química Física
- Correo electrónico
- caba.lago [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Catedrático/a de Universidad
Aida Jover Ramos
Coordinador/a- Departamento
- Química Física
- Área
- Química Física
- Correo electrónico
- aida.jover [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidad
| Lunes | |||
|---|---|---|---|
| 13:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Gallego, Castellano | 1P AULA 1 PRIMERA PLANTA |
| Martes | |||
| 13:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Castellano, Gallego | 1P AULA 1 PRIMERA PLANTA |
| Viernes | |||
| 13:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Gallego, Castellano | 2P AULA 2 SEGUNDA PLANTA |
| 16.05.2025 16:00-19:00 | Grupo /CLE_01 | 1P AULA 1 PRIMERA PLANTA |
| 24.06.2025 16:00-19:00 | Grupo /CLE_01 | 1P AULA 1 PRIMERA PLANTA |