ECTS credits ECTS credits: 4.5
ECTS Hours Rules/Memories Student's work ECTS: 74.25 Hours of tutorials: 2.25 Expository Class: 18 Interactive Classroom: 18 Total: 112.5
Use languages Spanish, Galician
Type: Ordinary Degree Subject RD 1393/2007 - 822/2021
Departments: Biochemistry and Molecular Biology, Pharmacology, Pharmacy and Pharmaceutical Technology
Areas: Biochemistry and Molecular Biology, Pharmacology
Center Faculty of Biology
Call: First Semester
Teaching: Sin docencia (Extinguida)
Enrolment: No Matriculable
Enumerar los fundamentos y aplicaciones de la Proteómica y Metabolómica.
Identificar las estrategias y técnicas para el estudio del proteoma y metaboloma.
Identificar las aplicaciones biotecnológicas de las ciencias -ómicas.
Saber buscar e interpretar los resultados de una interpelación básica a las bases de datos proteómicas y metabolómicas más usuales.
Saber analizar e identificar proteínas en muestras mediante técnicas proteómicas.
CLASES EXPOSITIVAS (20 h)
TEMA 1: Introducción a las ciencias -ómicas. Definición. Objetivos. Terminología (2 h).
TEMA 2: Diseño experimental. Factores analíticos importantes a tener en cuenta y tratamiento de muestras en estudios proteómicos y metabolómicos (4 h).
TEMA 3: Técnicas de aislamiento y separación (I): Proteínas (2 h).
TEMA 4: Técnicas de aislamiento y separación (II): Metabolitos (2 h).
TEMA 5: Espectrometría de masas en proteómica y metabolómica. Estudios cualitativos y cuantitativos (6 h).
TEMA 6: Bases de datos en los estudios proteómicos y metabolómicos (2h).
TEMA 7: Aplicaciones biomédicas y biotecnológicas de la proteómica y metabolómica Validación (2 h).
CLASES PRÁCTICAS DE LABORATORIO (6 h)
A continuación, se describen los contenidos de las dos sesiones interactivas de laboratorio correspondientes a la materia de Proteómica y Metabolómica, que se realizará en el laboratorio 12 (Laboratorio de Biotecnología) Estos contenidos podrán ser modificados en función de la disponibilidad presupuestaria destinada a las prácticas para la compra de los reactivos del laboratorio:
Práctica 1 (2 h): Preparación de muestra de proteínas de suero bovino
Práctica 2 (2 h) Cuantificación e isoelectroenfoque desnaturalizante (primera dimensión 2-DE)
Práctica 3 (2 h). SDS-PAGE (segunda dimensión 2-DE) + teñido de los geles.
CLASES DE BIOINFORMÁTICA (4 h)
Dos sesiones de dos horas de duración en las que se trabajará con programas informáticos y bases de datos en Proteómica y Metabolómica.
SEMINARIOS (7 h)
Los seminarios se destinarán a la elaboración de un trabajo en grupo que consistirá en la realización de un diseño experimental proteómico encaminado a la resolución de un problema biotecnológico relacionado con cuestiones biosanitarias, industriales, de alimentación el de en medio ambiente. También se realizarán charlas de investigadores invitados para hablar de diferentes tecnologías proteómicas y metabolómicas. Se podrán realizar visitas a los servicios de espectrometría de masa del CACTUS o bien a la plataforma de proteómica del IDIS.
TUTORÍAS (1.5 h).
Los grupos de trabajo de seminario dispondrán de una hora de tutoría obligatoria que servirá para ayudar en la elaboración del trabajo grupal. Esta tutoría grupal puede ser solicitada al profesor en cualquier momento del semestre. A mayores, las tutorías individuales (a las que todos los alumnos/las tienen derecho) se emplearán para aclarar dudas sobre la materia y orientar al alumnado.
EXAMEN (2 h)
Básica
Corrales, F., Calvete, J.J. eds., 2014. Manual de proteómica. Valencia: Sociedad Española de Proteómica.
García, A., Casal, J.I. eds., 2019. Manual de proteómica (Vol. II). Valencia: Sociedad Española de Proteómica.
Lovrik, J., 2011. Introducting Proteomics: from concepts to sample separation, mass spectrometry and data analysis. 1st ed. Hoboken: Wiley-Blackwell.
Veenstra, T.D. e Iates, J.R. eds., 2019. Proteomics for biological discovery. 2nd ed. Hoboken: Wiley-Blackwell.
Issaq, H.J. e Veenstra, T.D. eds., 2020. Proteomic and metabolomic approaches to biomarker discovery. 2nd ed. [en liña] San Diego: Academic Press. Dispoñible en https://biblioteca-usc.gal/
Liebler, D.C., 2002. Introduction to proteomics: tools for the new biology. 1st ed. Totowa: Humana Press
Complementaria
Expasy: http://www.expasy.org
Human Proteome Map: http://www.humanproteomemap.org/
ProteomicsDB: : http://www.proteomicsdb.org/
Básicas/Generales
CB1 - Que los estudiantes demostraran poseer y comprender conocimientos en un área de estudio que parte de la base de la educación secundaria general, y se suele encontrar a un nivel que, aunque se apoya en libros de texto avanzados, incluye también algunos aspectos que implican conocimientos procedentes de la vanguardia de su campo de estudio.
CB2 - Que los estudiantes sepan aplicar sus conocimientos a su trabajo o vocación de una forma profesional y posean las competencias que suelen demostrarse por medio de la elaboración y defensa de argumentos y la resolución de problemas dentro de su área de estudio.
CB3 - Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética.
CB4 - Que los estudiantes puedan transmitir información, ideas, problemas y soluciones a un público tanto especializado como no especializado.
CB5 - Que los estudiantes desarrollaran aquellas habilidades de aprendizaje necesarias para emprender estudios posteriores con un alto grado de autonomía.
CG1 - Conocer los conceptos, métodos y resultados más importantes de la Biotecnología.
CG2 - Aplicar tanto los conocimientos teóricos-prácticos adquiridos como la capacidad de análisis y de abstracción en la definición y planteamiento de problemas y en la búsqueda de sus soluciones tanto en contextos académicos como profesionales.
CG3- Reunir e interpretar datos, información y resultados relevantes, obtener conclusiones y emitir informes razonados en problemas relacionados con la Biotecnología.
CG4 - Ser capaces de transmitir información tanto por escrito como de forma oral y de debatir ideas, problemas y soluciones relativos a la Biotecnología, ante un público general o especializado.
CG5 - Estudiar y aprender de forma autónoma, con organización de tiempo y recursos, nuevos conocimientos y técnicas en Biotecnología y adquirir capacidad para trabajar en equipo.
Transversales
CT1 - Pensar de forma integrada y abordar los problemas desde diferentes perspectivas.
CT2 - Buscar, procesar, analizar y sintetizar información procedente de diversas fuentes.
CT3 - Organizar y planificar su trabajo.
CT4 - Interpretar resultados experimentales e identificar elementos consistentes e inconsistentes.
CT5 - Trabajar en equipo.
CT6 - Razonar críticamente
Específicas
CE3 - Conocer y saber aplicar las técnicas instrumentales y los protocolos de trabajo en un laboratorio, aplicando las normativas y técnicas relacionadas con seguridad y higiene, gestión de residuos y calidad.
CE5 - Saber obtener e interpretar información de las principales bases de datos (biológicas, ómicas, bibliográficas) y emplear herramientas bioinformáticas.
Actividades con componente presencial
Clases expositivas.
La asistencia las clases expositivas no es obligatoria, pero sí muy recomendable. Se utilizará principalmente la clase magistral. El docente explicará los conceptos propios de la materia con apoyo de medios audiovisuales-informáticos; puede tener formatos diferentes (teoría, problemas y/o ejemplos generales), y se promoverá la participación del alumnado. Durante la dicha exposición se podrán proponer preguntas sobre un tema, introducir pequeñas actividades prácticas, resolver dudas que puedan surgir, proponer información adicional, generar un debate, etc. Durante las clases magistrales se desarrollará el temario de la materia. El material didáctico empleado por el profesor en el aula será proporcionado a través del aula virtual, así como material didáctico complementario se huye necesario
Seminarios
Actividad obligatoria en grupos reducidos. La metodología de trabajo será doble: la) Charlas de investigadores del campo de la Proteómica especializados nos distintos ámbitos de la aplicación de la Biotecnología, como el campo campo-alimentario, industrial o biomédico; b) Algunos seminarios emplearán la metodología de aprendizaje basado en problemas (ABP), en la que se los alumnos serán organizados en pequeños grupos de trabajo, que deberán elegir una cuestión biotecnológica concreta y sencilla que deberán abordar mediante lo diseño de un protocolo basado en técnicas proteómicas; el trabajo deberá ser presentado en la última sesión de seminario mediante un “elevator pitch” de 5 min seguido de preguntas por parte de los profesores de la materia. En los seminarios será importante la participación del alumnado.
Clases prácticas en el laboratorio
Habrá 3 sesiones prácticas, que serán obligatorias para los alumnos de nueva matrícula (o aquellos matriculados que no las habían hecho en años anteriores). Se realizarán de manera presencial en el laboratorio 12. En ellas los estudiantes seguirán un guión de prácticas y llevarán a cabo una preparación de una muestra biológica y un análisis mediante 2-DE. Los alumnos contestarán a un cuestionario de prácticas como parte de la evaluación continua.
Prácticas de bioinformática
Actividad obligatoria. Aprendizaje basado en problemas (ABP). El alumnado utilizará los conocimientos adquiridos en las clases expositivas, así como programas y bases de datos proteómicas para resolver diversos problemas propuestos por el profesor.
Tutorías (en grupo e individuales)
No son obligatorias. Se realizarán de forma virtual síncrona mediante la aplicación MS-teams.
Examen
Actividad obligatoria. Será presencial y de tipo test.
Trabajo autónomo del estudiante
El cuestionario de prácticas será también una actividad OBLIGATORIA Y EVALUABLE. Dichas preguntas deberán ser resueltas DE MANERA INDIVIDUAL y entregadas en plazo por TODOS los alumnos (actividad OBLIGATORIA y EVALUABLE).
El seguimiento de estas actividades de evaluación continua se hará mediante su entrega y también mediante las tutorías individuales.
Criterio general
A evaluación será igual para TODOS/Las los/las alumnos/las y en las dos oportunidades. La evaluación continua será siempre complementaria al examen.
La asistencia a clases teóricas no es obligatoria, pero sí lo es la asistencia a seminarios y clases prácticas (laboratorio y aula de informática), salvo causa justificable. La asistencia al examen es obligatoria para poder aprobar la materia. La presentación de todas las actividades individuales y colectivas (cuestionario de prácticas individual + trabajo en grupo) es obligatoria para todos los alumnos y requisito para aprobar la materia, excepto para los estudiantes con dispensa oficial.
Criterios específicos de la evaluación
EVALUACIÓN CONTINUA (30%). La evaluación continua se hará por medio de trabajos entregados/ presentados, tanto individuales como colectivos:
>> Instrumento: EVALUACIÓN CONTINUA 1. Realización / Criterios: Cuestionario de prácticas de laboratorio. Peso: 10%. Competencias evaluadas: CB1-CB5, CG1-CG5, CE3, CE5, CT1, CT2, CT3, CT4, CT6.
>> Instrumento: EVALUACIÓN CONTINUA 2. Realización / Criterios: Realización del trabajo colectivo (diseño de un estudio proteómico en las clases de seminario). Peso: 20%. Competencias evaluadas: CB1-CB5, CG1-CG5, CE3, CE5, CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6.
EXAMEN FINAL (70% de la nota):
>> Realización / Criterios: El examen será de tipo test que cubrirá todos los aspectos relacionados con los contenidos de la materia. La nota de evaluación continua solamente será sumada a la del examen se se supera un 40% de la nota máxima corresponsal al examen. Competencias evaluadas en el examen: CB1-CB5, CG1-CG5, CE3, CE5, CT1, CT2, CT3, CT4, CT6.
Horas presenciales: 40.5 horas.
20 horas expositivas, 6 horas interactivas de laboratorio, 7 horas interactivas de seminario, 4 horas de interactivas de laboratorio de informática, 1.5 horas de tutorías y 2 horas de examen.
Horas no presenciales/trabajo personal: 72 horas.
30 horas de dedicación al estudio individual para la preparación de la materia y el examen; 42 horas para la elaboración de trabajos.
Volumen total de trabajo:
40.5 horas presenciales y 72 horas de trabajo personal = 112.5 horas totales (25 horas / ECTS x 4.5 ECTS = 112.5 horas).
En todos los escenarios se recomienda: Asistencia y participación en clase. El estudio de la materia de manera continuada. Utilizar material bibliográfico. Preparación previa de los seminarios y prácticas. Aclaración con el profesor de posibles dudas en tutorías. Repaso para el examen final. Interés y atención sobre los nuevos avances en esta disciplina difundidos a través dos medios de comunicación.
Recomendaciones: Conocimientos previos en Bioquímica, Química, Física, Estadística, Genética. Comunicaciones: La materia dispondrá de un aula virtual en la plataforma Moodle. La comunicación con los alumnos se hará a través del correo electrónico, de un chat habilitado en la plataforma Moodle y a través de la aplicación MS-teams
IMPORTANTE: Para los casos de realización fraudulenta de ejercicios o pruebas será de aplicación el recogido en la normativa de evaluación del rendimiento académico de los estudiantes y de revisión de calificaciones. Esta señala que la realización fraudulenta de algún ejercicio o prueba exigida en la evaluación implicará la calificación de suspenso en la convocatoria correspondiente, con independencia del proceso disciplinario que se pueda seguir contra el alumno infractor. Se considerará fraudulenta, entre otras, la realización de trabajos plagiados (por ejemplo, de los compañeros de curso) u obtenidos de fuentes accesibles al público sin reelaboración o reinterpretación y sin citas a los autores y de las fuentes. También queda terminantemente prohibido la distribución, por distintos medios (por ejemplo, páginas web) y sin consentimiento de los profesores, de cualquiera material docente colgado en el aula virtual o proporcionado por otros medios.
Francisco Javier Salgado Castro
Coordinador/a- Department
- Biochemistry and Molecular Biology
- Area
- Biochemistry and Molecular Biology
- Phone
- 881816928
- franciscojavier.salgado [at] usc.es
- Category
- Professor: University Lecturer
Angel Garcia Alonso
- Department
- Pharmacology, Pharmacy and Pharmaceutical Technology
- Area
- Pharmacology
- Phone
- 881815429
- angel.garcia [at] usc.es
- Category
- Professor: University Lecturer
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| 13:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Spanish | Classroom 08. Louis Pasteur |
| Tuesday | |||
| 13:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Spanish | Classroom 08. Louis Pasteur |
| 01.08.2024 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Classroom 04: James Watson and Francis Crick |
| 06.27.2024 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Classroom 03. Carl Linnaeus |