La Unidad de Genómica Funcional oferta la plataforma de microarrays de Agilent Technologies, uno de los sistemas más avanzados de microarrays que proporciona una metodología de alta calidad y muy reproducible. La plataforma de microarrays de Agilent ofrece una extensa gama de aplicaciones para satisfacer todas las necesidades de los investigadores: Microarrays de Expresión Génica, Microarrays de Hibridación Genómica Comparativa (oligo aCGH), Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-on-chip), Análisis de variantes de splicing (SpliceArray), Metilación del ADN (Arrays de islas CpG) y análisis de MicroARNs (miARNs).
Además de la amplia gama de microarrays prediseñados, la plataforma Agilent permite la síntesis de cualquier tipo de microarray, abriendo múltiples posibilidades para el estudio de cualquier organismo y secuencia: Custom Microarrays.
El usuario puede diseñar su propio array a través del software gratuito y vía web eArray 5.0., y enviar el diseño a través de la web a Agilent para su fabricación.
Permite el diseño de microarrays para la expresión génica, aCGH el ChIP-on-chip.
Otra de las ventajas de la plataforma de Agilent es la posibilidad de escoger 4 formatos diferentes con diferente densidad, entre ellos los formatos multiplex, en los que se sintetizan 2, 4 u 8 arrays idénticos en el mismo portaobjetos, que permiten el análisis simultáneo de varias muestras.
La unidad pone a disposición de los usuarios el equipo y personal necesario para los arrays de expresión de Agilent.
Para otras aplicaciones consultar en la unidad.
Servicio Control de calidad (QC) de muestras de ARN
El bioanalizador 2100 Bioanalyzer de Agilent Technologies es un estándar en la industria para control de calidad de muestras de ARN y sustituyó la técnica de análisis por electroforesis en gel para esta aplicación y para muestras de fragmentos de ADN y de proteínas SDS-PAGE.
El software calcula la concentración del ARN y dos parámetros numéricos que indican la integridad del ARN: la relación entre los ARN ribosómicos 28S y 18S (28S/18S) y el número RIN (RNA Integrity number). El parámetro RIN fue introducido por Agilent Technologies con el fin de estandarizar el proceso de interpretación de la integridad del ARN y eliminar lo sesgo asociado a la interpretación individual.
Servicio de Expresión Tecnología Agilent
Se ponen a disposición de los usuarios el equipo y personal necesario para llevar a cabo cualquiera de los siguientes pasos:
- Reactivos y protocolos de marcaje, hibridación y lavado de Agilent Technologies.
- Escaneo de microarrays con Agilent G2565BA
- Análisis de imagen y cuantificación de datos de fluorescencia con el software Feature Extraction vs. 9.5.
- Preprocesamiento y normalización de los datos
Asimismo, la Unidad proporciona soporte y orientación para el análisis estadístico de resultados.
Los protocolos para el procesado de las muestras por los usuarios deben ser los descritos en los manuales de Agilent y las muestras deben enviarse al laboratorio de la Unidad segundo las instrucciones descritas en el protocolo de envío de muestras.
El usuario puede seleccionar el array más adecuado para su proyecto dentro de los arrays ofertados en el Catálogo de Arrays.
Respeto al tipo de marcaje, la plataforma de Agilent permite escoger entre dos tipos: 1) marcaje de dos colores (Cy-5-Cy-3), en la que la muestra experimental se marcara con un fluorocromo y la muestra de referencia o control marcara con otro y ambas muestras se hibridan en el mismo microarray; 2) marcaje de un color (Cy-3), en la que todas las muestras se marcan con el fluorocromo Cy-3 y se hibridan el experimental y el control en distintos microarrays del mismo portaobjetos.
Plataforma de Secuenciación y Genómica Funcional
- Edificio de Apoyo a la Investigación (CACTUS)
- Rúa de Constantino Candeira, 1. Campus Vida , 15782Santiago de Compostela