Créditos ECTS Créditos ECTS: 4.5
Horas ECTS Criterios/Memorias Horas de Titorías: 1.5 Clase Expositiva: 20 Clase Interactiva: 17 Total: 38.5
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Grao RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Bioquímica e Bioloxía Molecular, Química Orgánica
Áreas: Bioquímica e Bioloxía Molecular, Química Orgánica
Centro Facultade de Bioloxía
Convocatoria: Segundo semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable
• Enumerar o estratexias e métodos máis aló común en enxeñaría de proteínas.
• Identificar o Aplicacións prácticas de o enxeñaría de proteínas en biotecnoloxía.
• Distingue o métodos de representar o estruturas de biomoléculas e saber usar el software para seu análise.
• Identificar o factores iso influencia en el dobrar de proteínas.
Clases Expositivas
• Introdución á enxeñería de proteínas.
• Fundamentos de estrutura de proteínas. Estrutura e propiedades dos aminoácidos, análises conformacional. Pregamento de proteínas: Termodinámica e cinética de plegamiento.
• Métodos de determinación de proteínas. Bases de datos estruturais e software para representación de estruturas de biomoléculas.
• Interaccións principais que estabilizan elementos de estrutura secundaria e estrutura terciaria. Deseño de hélices α. Deseño racional de proteínas.
• Evolución dirixida de Proteínas: mutaxéneses e recombinación. Métodos de screening de proteínas evolucionadas.
• Casos representativos de proteínas modificadas.
Seminarios
• Exposición de traballos por parte do alumnado de casos reais de enxeñería e evolución de proteínas.
Aula de informática
• Representación e estudo de estruturas de biomoléculas. Uso do programa UCSF Chimera (https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/).
• Uso de bases de datos estruturais (PDB, https://www.rcsb.org/) .
• Uso de servidores de modelización (ROSIE, https://rosie.graylab.jhu.edu/, ROSIE é unha interface web para o paquete de software Rosetta 3.x de modelado molecular que proporciona ferramentas probadas experimentalmente e en rápida evolución para a predición de estruturas tridimensionales e o deseño de alta resolución de proteínas), e AlphaFold 3 (https://golgi.sandbox.google.com/about, AlphaFold é un servizo web que pode xerar predicións altamente precisas de estruturas biomoleculares de proteínas).
• Uso do servidor Swissmodel para analizar variantes de proteínas.
• Afianzamento de conceptos estruturais mediante resolución de problemas no programa FoldIt (https://fold.it/). FoldIt, é un popular xogo científico en liña, no que os xogadores utilizan os principios do pregamento de proteínas para permitirlles resolver as estruturas 3D das proteínas. A versión educativa consta de 29 crebacabezas divididos en 9 niveis que guían ao estudante a través dun conxunto estándar de temas no ensino da bioquímica, que inclúen interaccións atómicas, o efecto hidrofóbico, aminoácidos, estrutura primaria, estrutura secundaria, estrutura terciaria, vías de pregamento, e recoñecemento de proteínas.
Probas periódicas
• Como parte do proceso de avaliación continua e para facer un seguimento da asistencia e adquisición de coñecementos por parte do alumnado, realizaranse periodicamente pequenos controles tipo test (uns 10 minutos de duración) ao comezo dalgunhas clases expositivas.
Tutorías de grupo
• Reforzo dos contidos da materia a través de presentacións ou discusión de temas relacionados coa materia no contexto da biotecnoloxía.
Exame
• Como parte da avaliación (70% da nota final no caso de terse en conta a evaluación continua) realizarase un exame nas datas indicadas na programación anual. O exame constará de dous partes, correspondentes aos fundamentos estructuráis e técnicas bioquímicas de enxeñería de proteínas.
• V. Köhler (Ed.) Protein Design, Methods and Applications in Methods in Molecular Biology, 2014 Humana Press.
• K. J. Jensen (Ed.). Peptide and Protein Design for Biopharmaceutical Applications, 2009 John Wiley & Sons.
• E Buxbaum, Fundamentals of Protein Structure and Function, 2007 Springer.
• C. Köhrer, U. L. RajBhandary (Eds.). Protein Engineering in Nucleic Acids and Molecular Biology series no. 22, 2009, Springer.
• P. Kaumaya, Protein Engineering, 2012, InTech.
Competencias
• Comp01: Que os estudantes teñan a capacidade de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro da súa área de estudo) para emitir xuízos que inclúan unha reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica ou ética.
• Comp02: Que os estudantes sexan capaces, tanto por escrito como de forma oral, de debater e de transmitir información, ideas, problemas e solucións relativos á Biotecnoloxía a un público tanto especializado como non especializado/xeral.
• Comp03: Que os estudantes desenvolvesen aquelas habilidades de aprendizaxe necesarias para emprender estudos posteriores cun alto grao de autonomía.
• Comp04: Que os estudantes saiban aplicar os coñecementos teóricos-prácticos adquiridos no grao dunha forma profesional e sexan competentes no formulación/resolución de problemas, así como na elaboración/defensa de argumentos tanto en contextos académicos como profesionais relacionados coa innovación e a industria biotecnolóxica.
• Comp05: Estudar e aprender de forma autónoma, con organización de tempo e recursos, novos coñecementos e técnicas en Biotecnoloxía e adquirir capacidade para traballar en equipo.
Habilidades e Destrezas
• H/D01: Pensar de forma integrada e abordar os problemas desde diferentes perspectivas con razoamento crítico.
• H/D02: Buscar, procesar, analizar/interpretar e sintetizar información e resultados relevantes procedente de diversas fontes e obter conclusións en temas relacionados coa Biotecnoloxía.
• H/D03: Organizar e planificar o seu traballo.
• H/D04: Interpretar resultados experimentais e identificar elementos consistentes e inconsistentes.
• H/D06: Manter un compromiso ético, así como un compromiso coa igualdade e a integración.
• H/D11: Comprender e saber aplicar os principios físico-químicos dos procesos biolóxicos con aplicación en Biotecnoloxía, así como as principais ferramentas utilizadas para investigalos.
• H/D12: Saber aplicar as técnicas instrumentais e os protocolos de traballo nun laboratorio, aplicando as normativas e técnicas relacionadas con seguridade e hixiene, xestión de residuos e calidade.
Coñecementos/Contidos
• Con01: Coñecer os conceptos, métodos e resultados máis importantes das distintasvramas da Biotecnoloxía.
• Con04: Coñecer as técnicas que permiten determinar as propiedades das proteínas e ser capaz de analizar e manipular a súa estrutura de acordo con a súa aplicación en Biotecnoloxía.
• A docencia expositiva e interactiva (incluídas as prácticas) será presencial. Excepcionalmente, a docencia presencial poderase combinar coa docencia virtual ata un máximo do 10% das horas totais da materia.
• Clases expositivas. O profesor desenvolverá o contido do programa facendo uso de exercicios e exemplos prácticos que ilustren os conceptos explicados. Combinaranse as explicacións con materiais da bibliografía, así como de referencias de revistas científicas.
• Seminarios e Titorías en grupo. Os alumnos expoñerán individualmente traballos sobre casos reais de deseño e evolución de péptidos e proteínas nos seminarios. Incentivarase que os alumnos participen activamente nos seminarios ao longo do todo o curso, sendo esta participación uno dos criterios de avaliación. Poderanse expor problemas para que o estudante tente resolvelos de forma autónoma, entregando a súa solución ao profesorado con antelación ás clases de seminario en que se resolverán. Nas devanditas clases, os alumnos expoñerán as súas solucións, encargándose o profesor de resolver as dúbidas e dificultades que se expoñan. Ocasionalmente, nos seminarios tamén se propoñerán exercicios breves para resolver no momento, que se terán en conta na avaliación.
• Titorías individuais. As titorías serán fundamentalmente de carácter presencial, se been poderán realizarse parcialmente de maneira virtual. Farase un seguimento máis próximo ao traballo do alumno, reforzando a docencia oficial con titorías persoais segundo as necesidades de cada estudante.
• Clases prácticas na aula de informática. Dúas sesións nas que os estudantes poderán familiarizarse con diversas ferramentas utilizadas para a representación estrutural de biomoléculas, as bases de datos máis relevantes, así como algún software para o deseño de proteínas. As prácticas de informática poderán ser en modalidade virtual, en todo caso cun máximo do 25% das horas prácticas da materia.
• Aula virtual (Moodle). A materia contará cunha aula virtual na que se incluirá todo o material de apoio docente do curso, os calendarios, ligazóns a páxinas de interese, etc. Esta plataforma tamén contén foros de discusión e correo interno o que proporciona unha excelente comunicación entre profesores e estudantes.
• A avaliación será igual para todos os alumnos nas dúas oportunidades.
• A asistencia a clases teóricas, seminarios e clases prácticas (laboratorio e aula de informática) é obrigatoria, salvo causas xustificables. Para poder aprobar a materia, a asistencia ao exame tamén é obrigatoria. A presentación de todas as actividades individuais e colectivas (cuestionario de prácticas individual + traballo en grupo) é obrigatoria para todo o alumnado e requisito para aprobar a materia, excepto para os estudantes con dispensa oficial.
• A avaliación continua realizarase combinando actividades presenciais, tales como traballo en equipo, exposicións ou resolución de cuestións en clase, con actividades en liña empregando os recursos das plataformas institucionais (Aula Virtual-Moodle e Microsoft Teams). Como parte do proceso de avaliación continua e para facer un seguimento da asistencia e adquisición de coñecementos por parte do alumnado, realizaranse periodicamente pequenos controles tipo test (uns 10 minutos de duración) ao comezo dalgunhas clases expositivas. Resultados de aprendizaxe avaliados: Comp01, Comp02, H/D01, H/D02, H/D03, H/D04, H/D06, H/D11, H/D12.
• A nota de avaliación continua só se sumará á nota do exame se a nota é superior a 4.5.
• Exame Final (70% da nota no caso de terse en conta a avaliación continua): O exame constará de dúas partes, correspondentes aos fundamentos estruturais e técnicas bioquímicas de enxeñería de proteínas, e cubrirá todos os aspectos relacionados cos contidos da materia. Resultados de aprendizaxe avaliados no exame: Comp03, Comp04, Comp05, H/D01, H/D02, H/D03, H/D04, H/D06, H/D011, H/D012, Con01, Con04.
• A cualificación final do estudante na materia será a mellor entre 1) a cualificación obtida no exame final ou 2) o resultado de facer unha media ponderada entre a cualificación no exame final (70%) e a nota derivada da avaliación continua do traballo nos seminarios, prácticas e titorías (30%). Estes mesmos instrumentos serán utilizados para avaliar as competencias da materia, con particular énfase nas competencias específicas da materia.
• Para os casos de realización fraudulenta de exercicios ou probas será de aplicación o recollido na “Normativa de avaliación do rendemento académico dous estudantes e de revisión de cualificacións” que se pode consultar na seguinte ligazón: https://bit.ly/3btFiUI.
Traballo do estudante, 72h
É importante destacar que o traballo persoal do alumno ten que ser continuado ao longo da materia, pois se trata dunha materia na que os contidos que se imparten a medida que avanza o programa fundaméntanse nos coñecementos adquiridos nos temas previos.
Jose Manuel Martinez Costas
- Departamento
- Bioquímica e Bioloxía Molecular
- Área
- Bioquímica e Bioloxía Molecular
- Teléfono
- 881815734
- Correo electrónico
- jose.martinez.costas [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Catedrático/a de Universidade
Marco Eugenio Vazquez Sentis
Coordinador/a- Departamento
- Química Orgánica
- Área
- Química Orgánica
- Teléfono
- 881815738
- Correo electrónico
- eugenio.vazquez [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Catedrático/a de Universidade
Alejandro Seco Gonzalez
- Departamento
- Química Orgánica
- Área
- Química Orgánica
- Correo electrónico
- alejandro.seco.gonzalez [at] usc.es
- Categoría
- Predoutoral USC
| Martes | |||
|---|---|---|---|
| 09:00-10:00 | Grupo /CLE_01 | Castelán | Aula 08. Louis Pasteur |
| 26.05.2025 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Aula 04: James Watson e Francis Crick |
| 10.07.2025 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Aula 03. Carl Linneo |