Créditos ECTS Créditos ECTS: 3
Horas ECTS Criterios/Memorias Traballo do Alumno/a ECTS: 51 Horas de Titorías: 3 Clase Expositiva: 8 Clase Interactiva: 13 Total: 75
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
Áreas: Xenética
Centro Facultade de Veterinaria
Convocatoria: Primeiro semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable | 1ro curso (Si)
Adquirir coñecementos sobre os principios básicos da análise xenómica.
Coñecer a metodoloxía e a tecnoloxía empregada nos estudos xenómicos.
Adquirir coñecementos sobre as aplicacións da análise xenómica en biomedicina, ciencias agrarias, mellora xenética e estudos evolutivos.
1. Estrutura e organización dos xenomas.
2. Xenómica estrutural.
3. NGS (next-generation sequencing).
4. Control de calidade de datos NGS.
5. Ensamblaxe de novo de xenomas e transcriptomas.
6. Xenómica funcional.
7. Microarrays.
8. RNA-Seq.
9. Xenómica comparada.
10. Xenómica poboacional e evolutiva. Metaxenómica.
• TEMAS
TEMA 1. Xenomas: secuenciación e ensamblado. 4 h
Estrutura e organización dos xenomas. Genotecas de alta capacidade. Secuenciación de nova xeración (NGS: next- generation sequencing): vantaxes e desvantaxes das diferentes plataformas. Aplicacións. Control de calidade de datos NGS. Ensamblaxe de novo de xenomas e transcriptomas. Xenes eucarióticos: rexións estruturais e reguladoras. Detección de xenes: ORFs e predición.
TEMA 2. Xenómica estrutural e comparada. 4 h
Desenvolvemento de marcadores a gran escala: GBS (genotyping by sequencing). Mapas xenéticos de alta densidade. Mapas físicos e xenéticos: integración. Xenómica comparada. Detección de QTLs: Mapeo por intervalos e GWAS. Xenómica poboacional e evolutiva. Marcadores neutrais vs adaptativos: pegadas de selección.
TEMA 3. Xenómica funcional. 4 h
Anotación funcional dos xenomas. Caracterización das rexións reguladoras dos xenomas: Iso- Seq, ATAC- Seq, CHIP, Hi- C. Transcripción do ADN: microarrays e RNA-Seq. Tradución do mRNA: Ribo-Seq e Proteómica. Integración entre xenómica estrutural e funcional: ASE, eQTL, mQTL, análise de redes funcionais. Aplicacións da xenómica funcional ao estudo dos procesos biólogicos. Metaxenómica.
PRÁCTICAS
Práctica 1: Análise bioinformático, estructural e comparado. 3h
Xestión e anotación de secuencias xenómicas e transcriptómicas. Bases de datos. Rastrexo in silico de marcadores xenéticos: microstélites e SNPs. Mapeo xenético e comparado.
Práctica 2: Análise funcional. 4h
Extracción e calidade do ARN. Preparación de librerías. Análise bioinformático de RNA-Seq: Control de calidade dos resultados da secuenciación. Aliñamento contra xenomas e transcriptomas. Ensamblados de novo do transcriptoma. Cuantificación da expresión. Análise de expresión diferencial.
Bibliografía básica:
Brown S.M. 2013. Next-Generation DNA Sequencing Informatics, 2nd Edition. CSH-Press.
Barnes M.R. 2007. Bioinformatics for Geneticists: A Bioinformatics Primer for the Analysis of Genetic Data, 2nd Edition. Ed. Wiley-Blackwell.
Lesk AM. 2017. Introduction to genomics. 3ª Edición Oxford University Press, Oxford.
Marco D. 2011. Metagenomics: Current Innovations and Future Trends. Ed. Caister Academic Press
Pierce B.A. 2017. Genetics: a conceptual approach. 6th Ed. WH Freeman.
Poptsova M.S. 2014.Genome Analysis: Current Procedures and Applications. Caister Academic Press
Bibliografía complementaria:
Hawkins et al. 2010. Next-generation genomics: an integrative approach. Nat Rev Genet, 11: 476-486.
GTEx Consortium. 2013. The genotype-tissue expression (GTEx) project. Nat Genet, 45: 580-585.
Alföldi & Lindblad-Toh. 2013. Comparative genomics as a tool to understand evolution and disease. Genome Res, 23: 1063-1068.
Ritchie et al. 2015. Methods of integrating data to uncover genotype-phenotype interactions. Nat Rev Genet, 16: 85-97.
Andersson et al. 2015. Coordinated international action to accelerate genome-to-phenome with FAANG, the Functional Annotation of Animal Genomes project. Genome Biol, 16: 57.
Goodwin et al. 2016. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet, 17: 333-351.
Hasin et al. 2017. Multi-omics approaches to disease. Genome Biol, 18: 83.
Del Angel et al. 2017. Ten steps to get started in genome assembly and annotation. F1000Res, 7: ELIXIR-148.
Mallick et al. 2017. Experimental design and quantitative analysis of microbial community multiomics. Genome Biol, 18: 228.
Robledo D, Palaiokostas C, Bargelloni L, Martínez P, Houston RD (2017). Applications of genotyping by sequencing in aquaculture breeding and genetics. Rev in Aquaculture. DOI: 10.1111/raq.12193
Brown et al. 2018. High-throughput mouse phenomics for characterizing mammalian gene function. Nat Rev Genet, doi: 10.1038/s41576-018-0005-2.
Spielmann et al. 2018. Structural variation in the 3D genome. Nat Rev Genet, doi: 10.1038/s41576-018-0007-0.
Outros recursos para consulta:
Bases de datos de secuencias xenómicas e transcriptómicas. Recursos de mapeo xenético e comparativo. Ferramentas bioinformáticas.
• Ensembl
http://www.ensembl.org/
• NCBI (National Center for Biotechnology Information)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
• GOLD (Genomes Online Database).
https://gold.jgi.doe.gov/
Competencias Básicas:
CB6
CB7
CB8
CB10
Competencias Xerais:
CG01
CG02
CG04
CG05
Competencias Específicas:
CE01
CE02
CE03
CE04
CE05
CE06
Competencias Transversais:
CT01
CT02
CT03
CT04
CT05
CT06
CT08
Clases expositivas presenciais ou en aula virtual
Lectura e análise dos textos proporcionados polo/a profesor/a, presencialmente e/ou na aula virtual
Talleres/ Seminarios presenciais ou en aula virtual
Aprendizaxe colaborativa: Traballos grupales e/ou participación en foros de debate presencial ou virtual
Actividades mediante TIC (equipos informáticos)
Desenvolvemento de traballos académicos e defensa presencial
Titorías personalizadas presenciais e online
Traballo autónomo do alumnado non presencial
• Proba escrita: Avaliarase a adquisición dos principais conceptos teóricos por parte do alumnado (60% da cualificación na materia). En caso de necesidade, poderase realizar online.
• Prácticas: Aproveitamento dos coñecementos adquiridos coa docencia práctica e/ou probas prácticas (20% da cualificación na materia).
• Avaliación continua: Avaliarase de maneira continua tanto a asistencia como a actitude e participación do alumnado, así como a calidade e claridade de exposición dos posibles traballos presentados (20% da cualificación da materia).
Para os casos de realización fraudulenta de exercicios ou probas será de aplicación o recollido na Normativa de avaliación do rendemento académico dos estudantes e de revisión de cualificacións.
Horas presenciais: 24
Expositivas: 7
Interactivas de Laboratorio (prácticas): 7
Interactivas de Seminario: 5
Titorías personalizadas e/o en grupos reducidos: 3
Examen: 2
Horas de traballo do alumnado: 51
Asistir a todas as actividades: clases expositivas e interactivas, prácticas e seminarios.
Preguntar as dúbidas que poidan xurdir nas actividades, presentacións ou guións de prácticas.
Consultar a bibliografía recomendada.
Participar activamente nas clases.
Estudo regular.
Utilizar as titorías para resolver calquera dúbida ou cuestión sobre a materia.
Paulino Martinez Portela
- Departamento
- Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
- Área
- Xenética
- Correo electrónico
- paulino.martinez [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Catedrático/a de Universidade
Diego Robledo Sanchez
- Departamento
- Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
- Área
- Xenética
- Correo electrónico
- diego.robledo.sanchez [at] usc.es
- Categoría
- Investigador/a Distinguido/a
Adrian Casanova Chiclana
- Departamento
- Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
- Área
- Xenética
- Correo electrónico
- adrian.casanova [at] usc.es
- Categoría
- Posdoutoral USC_Campus Terra
Manuel Vera Rodriguez
Coordinador/a- Departamento
- Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
- Área
- Xenética
- Teléfono
- 982822426
- Correo electrónico
- manuel.vera [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade