Créditos ECTS Créditos ECTS: 3
Horas ECTS Criterios/Memorias Traballo do Alumno/a ECTS: 51 Horas de Titorías: 3 Clase Expositiva: 8 Clase Interactiva: 13 Total: 75
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Departamento externo vinculado ás titulacións
Áreas: Área externa M.U en Xenómica e Xenética
Centro Facultade de Veterinaria
Convocatoria: Primeiro semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable | 1ro curso (Si)
Coñecer as bases xenéticas das doenzas mendelianas e complexas
Coñecer as metodoloxías empregadas na identificación das bases xenéticas de doenzas mendelianas e complexas
Comprender o estado actual de coñecemento sobre as bases xenéticas das doenzas humanas
Coñecer o estado actual da farmacoxenética
Coñecer as bases do consello xenético
1. Arquitectura xenética das doenzas humanas: doenzas mendelianas versus complexas.
2. Abordaxe das bases xenéticas das doenzas mendelianas (estudos de ligamento, WES).
3. Abordaxe das bases xenéticas das doenzas complexas (xenes candidatos, GWAS, NGS).
4. Resultados de GWAS: xenes asociados, heredabilidade perdida, inferencia de mecanismos etiopatolóxicos, estimas de risco polixénico.
• TEMAS
TEMA 1 ARQUITECTURA XENÉTICA DAS DOENZAS HUMANAS
Tipos de variantes xenéticas: mutacións dun único nucleótido, repeticións en tándem, reordenacións cromosómicas. Frecuencia de variantes xenéticas en poboacións humanas. Equilibrio mutación-selección. Recombinación. Desequilibrio de ligamento. Impacto das variantes xenéticas. Concepto de doenza mendeliana versus doenza complexa. Hipótese doenza común/variante común versus doenza común/variante rara. Herdabilidade. Bases de datos de relevancia.
TEMA 2 ABORDAXE DAS BASES XENÉTICAS DAS DOENZAS MENDELIANAS
Modelos de herdanza mendeliana. Penetrancia e expresividade. Estudos de ligamento en familias. Identificación de mutacións causais mediante secuenciación de nova xeración: secuenciación de exomas, secuenciación de xenomas completos. Significación clínica de variantes. Diagnóstico xenético de doenzas mendelianas. Bases de datos de relevancia.
TEMA 3 ABORDAXE DAS BASES XENÉTICAS DAS DOENZAS COMPLEXAS
Estudos de xenes candidatos. Estudos de xenoma completo. Imputación. Problemas metodolóxicos de estudos de asociación caso-control: estratificación poboacional, potencia estatística, clasificación incorrecta do fenotipo, corrección por tests múltiples. Estudos de tríos frente a caso-control. Recursos bioinformáticos de utilidade na análise xenética de doenzas complexas. Secuenciación masiva en paralelo.
TEMA 4 RESULTADOS DE GWAS
Interpretación funcional de asociacións. Xenes asociados. Estudos de pathways. Estimas de risco polixénico. Herdabilidade perdida. Pleiotropía. Aleatorización mendeliana. Cara unha medicina de precisión.
Bibliografía básica:
Genetic Epidemiology. Series Papers. The Lancet. 2005. http://www.thelancet.com/series/genetic-epidemiology
Jorde L.B., Carey J.C., Bamshad M.J. 2016. Genética médica (5ª Ed). Elsevier. ISBN: 978-84-9113-058-1
Pérez-Jurado L.A. 2016. Genética Médica. En: Medicina Interna (18ª Ed). Borstnar C.R., Cardellach F. Elsevier. ISBN-13 9788490229965
Rimoin D.L., Pyeritz R., Korf B. 2013. Emery and Rimoin’s Principles and Practice of Medical Genetics. Elsevier. ISBN: 978-0-12-383834-6
Strachan T., Read A.P. 2010. Human Molecular Genetics (4th ed). Garland Science.
Bibliografía complementaria:
Eilbeck K, Quinlan A, Yandell M. Settling the score: variant prioritization and Mendelian disease. Nat Rev Genet. 2017 Oct;18(10):599-612.
Alkuraya FS. Discovery of mutations for Mendelian disorders. Hum Genet. 2016 Jun;135(6):615-23. doi: 10.1007/s00439-016-1664-8.
Chong JX, Buckingham KJ, Jhangiani SN, Boehm C, Sobreira N, Smith JD, Harrell TM, McMillin MJ, Wiszniewski W, Gambin T, Coban Akdemir ZH, Doheny K, Scott AF, Avramopoulos D, Chakravarti A, Hoover-Fong J, Mathews D, Witmer PD, Ling H, Hetrick K, Watkins L, Patterson KE, Reinier F, Blue E, Muzny D, Kircher M, Bilguvar K, López-Giráldez F, Sutton VR, Tabor HK, Leal SM, Gunel M, Mane S, Gibbs RA, Boerwinkle E, Hamosh A, Shendure J, Lupski JR, Lifton RP, Valle D, Nickerson DA; Centers for Mendelian Genomics, Bamshad MJ. The Genetic Basis of Mendelian Phenotypes: Discoveries, Challenges, and Opportunities. Am J Hum Genet. 2015 Aug 6;97(2):199-215.
Visscher PM, Wray NR, Zhang Q, Sklar P, McCarthy MI, Brown MA, Yang J. 10 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation. Am J Hum Genet. 2017 Jul 6;101(1):5-22.
Bush WS, Moore JH. Chapter 11: Genome-wide association studies. PLoS Comput Biol. 2012;8(12):e1002822.
Otros recursos para consulta:
• OMIM: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/
• GWAS catalog: http://www.ebi.ac.uk/gwas/
• LDhub: http://ldsc.broadinstitute.org/ldhub/
• MPG Primer: GWAS and secondary analyses of GWAS results (2018): https://www.youtube.com/watch?v=4JWZlIHkqeY
Competencias Básicas:
CB6
CB8
CB10
Competencias Generales:
CG01
CG02
CG03
Competencias Específicas:
CE01
CE03
CE06
Competencias Transversais:
CT05
CT07
CT08
Leccións –explicación (presencialmente e/ou a través de contidos na aula virtual).
Lectura de análise de textos proporcionados polo/a profesor/a, presencialmente e/ou en aula virtual.
Obradoiros/Seminarios presenciais ou en aula virtual.
Aprendizaxe colaborativa (traballos grupais e/ou participación en foros de debate presencial ou virtual).
Actividades mediante TIC (equipos informáticos).
Desenvolvemento de traballos académicos e defensa presencial.
Tutorías personalizadas presenciais e online.
Traballo autónomo do alumnado.
• Proba escrita: Avaliarase mediante unha proba escrita a adquisición dos principais conceptos teóricos por parte do alumnado (60% da calificación na materia)
• Proba práctica: Mediante un exame avaliaranse os coñecementos adquiridos ca docencia práctica (20% da calificación final na materia)
• Avaliación continua: Avaliarase de xeito contínuo tanto a actitude do alumnado nas clases teóricas e prácticas como a calidade e claridade de exposición dos traballos presentados (20% da calificación da materia)
Para os casos de realización fraudulenta de exercicios ou probas será de aplicación o recollido na Normativa de avaliación do rendemento académico dos estudantes e de revisión de cualificacións.
Horas presenciais: 24
Expositivas: 7
Interactivas de Laboratorio (prácticas): 7
Interactivas de Seminario: 5
Titorías personalizadas: 3
Examen: 2
Horas de traballo do alumnado: 51
Recoméndase ó alumnado para unha maior eficacia na consecución dos obxetivos da materia procurar e consultar bibliografía específica nalgunha patoloxía concreta de interese. Tamén se recomenda formular todo tipo de dúbidas e unha actitude activa en clases, tanto teóricas como prácticas, tendo en conta o previsíbel distinto nivel de coñecementos de partida entre o alumnado.