Créditos ECTS Créditos ECTS: 4.5
Horas ECTS Criterios/Memorias Horas de Titorías: 2 Clase Expositiva: 24 Clase Interactiva: 10 Total: 36
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Química Física
Áreas: Química Física
Centro Facultade de Ciencias
Convocatoria: Segundo semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable | 1ro curso (Si)
- Coñecer as características e o papel que xogan as interaccións non covalentes no recoñecemento molecular en biomoléculas.
- Coñecer as técnicas experimentais máis importantes e as súas potencialidades para o estudo das interaccións nas biomoléculas.
- Recoñecer as técnicas experimentais máis adecuadas para resolver cada problema.
- Familiarizarse cos artigos de investigación científica neste campo.
- Xestionar bases de datos de estruturas moleculares.
- Utilizar programas informáticos para visualizar a estrutura das biomoléculas e os seus complexos.
- Coñecer as posibilidades que ofrecen os métodos de simulación computacional para a identificación e caracterización de interaccións en sistemas biolóxicos.
• Interaccións non covalentes que forman parte do interactoma.
• Introdución ao estudo das estruturas supramoleculares de moléculas biolóxicas.
• Técnicas experimentais para o estudo de biomoléculas como calorimetría, difracción e dispersión de raios X, microscopía óptica e electrónica, dispersión de luz, resonancia magnética nuclear para interaccións inter e intramoleculares non covalentes...
• Xestión de bases de datos de referencia internacionais de estruturas moleculares e ferramentas de visualización de proteínas, cristais...
• Uso da simulación molecular para estudar as interaccións moleculares.
Estes contidos estruturaranse aproximadamente do seguinte xeito:
BLOQUE 1. FUNDAMENTOS
TEMA 1. Introdución. Recoñecemento molecular. Química supramolecular. Aspectos básicos do recoñecemento entre moléculas. Modelos de recoñecemento.
TEMA 2. Interaccións non covalentes. Modelos teóricos para a descrición de interaccións entre moléculas. Tipos de interaccións: enlaces de hidróxeno, pares iónicos, apilado π, interacción catión-π, etc. Auga e efecto hidrófobo.
BLOQUE 2. SIMULACIÓN
TEMA 3. Ferramentas básicas. Linux, Bash, Python.
TEMA 4. Estrutura: bases de datos e visualización. Programas de visualización molecular
TEMA 5. Métodos baseados en campos de forza. Mecánica molecular. Dinámica Molecular. Monte Carlo. Docking.
TEMA 6. Estrutura electrónica. Química cuántica. Métodos QM/MM.
BLOQUE 3. MÉTODOS EXPERIMENTAIS
TEMA 7. Revisión e aplicación das técnicas de microscopía óptica (campo claro, luz polarizada, fluorescencia, confocal ...) e electrónica (TEM, SEM, AFM, crio-TEM, crio-SEM, difracción de electróns...)
TEMA 8. Revisión e aplicación de técnicas de resonancia magnética nuclear para estudar as interaccións inter e intramoleculares covalentes e non covalentes.
TEMA 9. Revisión e aplicación de técnicas de difracción e dispersión de raios X, dispersión da luz, calorimetría, MALDI TOF...
Bibliografía Básica
- Physical chemistry for the biological sciences, 2nd ed., G. G. Hammes, S. Hammes-Schiffer, Wiley & Sons, New Jersey, 2015.
- Modern Physical Organic Chemistry, E. van Anslyn; D. A. Dougherty, University Science Books, 2006.
- Molecular Modelling. Principles and Applications, A. R. Leach, Pearson Education, 2001.
- Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy: An Introduction to Principles, Applications, and Experimental Methods, 2nd ed., E. P. Mazzola, C. D. Ridge, J. B. Lambert, Wiley, 2004.
- Fundamentals of Light Microscopy and Electronic Imaging, D. B. Murphy, M. W. Davidson, John Wiley & Sons, 2012.
Bibliografía Complementaria
- Supramolecular Chemistry, J. W. Steed, J. L. Atwood, Wiley, 2022.
- Molecular modelling for beginners, A. Hinchliffe, 2nd ed., John Wiley & Sons, 2008.
- Protein-Ligand Interactions, Ed. H. J. Böhm y G. Schneider, Wiley, 2003.
- Protein-Ligand Interactions, Ed. H. Gohlke, Wiley, 2012.
- The theory of Intermolecular Forces, A. J. Stone, 2nd ed, Oxford University Press, 2013.
- Intermolecular and Surface Forces, J. N. Israelachvili, Elsevier, 2011.
Proporcionaranse materiais que axuden ao estudo e aprendizaxe dos contidos e empregarase bibliografía máis específica e actual para algúns dos temas tratados na materia.
(Esta lista é provisional e está suxeita a posibles modificacións previo aviso ao alumnado)
• Comp01 - Desenvolver a capacidade de organizar e planificar correctamente o traballo, a partir dunha síntese e análise que permita a toma de decisións.
• Comp04 - Que os estudantes saiban aplicar de xeito profesional os coñecementos teórico-prácticos e sexan competentes para plantexar/resolver problemas tanto en contextos académicos como profesionais relacionados coas Biociencias Moleculares.
• Con07 - Coñecer o mapa de relacións entre moléculas que forman parte do interactoma e aprender a caracterizalas
• H/D04 - Utilizar ferramentas avanzadas das tecnoloxías da información e da comunicación ( TIC ) para producir e avaliar os resultados xerados no ámbito do traballo
A) Clase maxistral
Lección impartida polo profesor que pode ter formatos diferentes (teoría, problemas e/ou exemplos xerais, directrices xerais da materia…). Para cada tema, os estudantes terán á súa disposición na aula virtual da materia as transparencias, figuras e esquemas que o profesor empregará nas súas clases.
B) Seminario
Clase teórico/práctica na que se propoñen e resolven aplicacións da teoría, problemas, exercicios… O estudante participa activamente nestas clases.
C) Prácticas de aula de informática
Consisten no manexo de bases de datos, utilización de recursos de Internet, ferramentas de cálculo matemático e simulación, programación, e software especializado relacionado coa materia de estudio.
D) Presentación en aula: (dun proxecto, exercicio, etc.):
Estas presentacións soen corresponder ao final dunha tarefa ou proxecto. Poderán ser realizadas por alumnos individuais ou por grupos de alumnos, podendo realizar a fase de presentación pública todos eles ou só por un ou varios membros. Neste tipo de actividades son especialmente importantes os aportes de profesor e do resto do alumnado.
E) Titorías (individuais ou en grupo moi reducido)
Permiten o contacto individualizado co alumno, polo que pretenden orientar ao alumnado sobre aspectos concretos da aprendizaxe (casos prácticos, traballos ou exposicións a realizar, etc.) ou para resolver dúbidas que poidan xurdir.
ASISTENCIA:
A asistencia ás prácticas (sesións presenciais na facultade de Ciencias) é obrigatoria salvo causa excepcional debidamente xustificada. As ausencias deberán acreditarse documentalmente, aceptando exames e motivos de saúde, así como aqueles supostos contemplados na normativa universitaria vixente.
AVALIACIÓN DO ESTUDANTE:
A cualificación de superación obterase cunha nota final de 5 sobre 10. A cualificación final do alumno, tanto na primeira como na segunda oportunidade, estará baseada na avaliación dos seguintes aspectos:
- 50% da nota final: avaliación continua baseada na participación nas clases, entrega de exercicios propostos, realización de prácticas , seminarios e titorías. Será necesario obter unha nota mínima de 4 sobre 10 para superar a materia.
Competencias avaliadas: Comp01, Comp04, Con07, H/D04
- 50% da nota final: avaliación cun exame final da materia que poderá incluír preguntas conceptuais, preguntas de desenvolvemento, preguntas de resposta múltiple e problemas. Será necesario obter unha nota mínima de 4 sobre 10 no exame para superar a materia.
Competencias avaliadas: Comp04, Con07
A avaliación da segunda oportunidade seguirá os mesmos criterios. A cualificación da avaliación continua segue sendo a mesma que a da primeira oportunidade e só se repetirá o exame.
O número de horas presenciais desta materia ascende a 36 (sen contar os exames), polo que o alumno deberá dedicar unhas 76 horas de traballo persoal, repartidas entre o estudo autónomo para afondar nos contidos teóricos e a aplicación destes contidos á resolución de problemas e cuestións.
Clases maxistrais: 24 horas presenciais; 42 traballo persoal.
Seminarios: 2 horas presenciais; 7 traballo persoal.
Titorías: 2 horas presenciais, 2 de traballo persoal.
Prácticas: 8 horas presenciais, 9,5 de traballo persoal.
Exame final: 4 horas presenciais, 16 de traballo persoal.
• É importante manter o estudo da materia “actualizado” e participar activamente nas sesións de aula.
• Unha vez rematado un tema, é útil resumir os puntos importantes, identificando os aspectos básicos e asegurándose de coñecer tanto o seu significado como as condicións nas que se poden aplicar.
• Utilizar titorías individualizadas para resolver dúbidas que poidan xurdir ao avanzar nos contidos da materia .
• Recoméndase consultar regularmente a aula virtual da materia, onde estará dispoñible a guía didáctica da materia, os guións prácticos, os boletíns de problemas e solucións e outro material complementario para axudar aos estudantes no seu estudo (transparencias, ligazóns web, etc.). .). Ademais, a través da aula virtual da materia xestionaranse as actividades de entrega e avaliación continua.
As clases impártense en galego e/ou castelán
Para os casos de realización fraudulenta de exercicios ou probas será de aplicación o establecido na “Normativa de avaliación do rendemento académico dos estudantes e de revisión das cualificacións”.
Enrique Manuel Cabaleiro Lago
- Departamento
- Química Física
- Área
- Química Física
- Correo electrónico
- caba.lago [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Catedrático/a de Universidade
Aida Jover Ramos
Coordinador/a- Departamento
- Química Física
- Área
- Química Física
- Correo electrónico
- aida.jover [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
| Luns | |||
|---|---|---|---|
| 13:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Galego, Castelán | 1P AULA 1 PRIMEIRA PLANTA |
| Martes | |||
| 13:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Galego, Castelán | 1P AULA 1 PRIMEIRA PLANTA |
| Venres | |||
| 13:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Galego, Castelán | 2P AULA 2 SEGUNDA PLANTA |
| 16.05.2025 16:00-19:00 | Grupo /CLE_01 | 1P AULA 1 PRIMEIRA PLANTA |
| 24.06.2025 16:00-19:00 | Grupo /CLE_01 | 1P AULA 1 PRIMEIRA PLANTA |