Bioinformática

- Acceder e manexar a información contida nas principais bases de datos en bioinformática.
- Saber analizar e manexar secuencias de nucleótidos e aminoácidos.
- Saber realizar aliñamentos, ensamblaxes e relacións de filogenia entre secuencias.
- Coñecer e saber utilizar os métodos de análises de expresión génica.
- Utilizar as ferramentas bioinformáticas para a análise estrutural e funcional de moléculas

Bases de datos (5 CLE)
Acceso e manexo da información contida nas principais bases de datos “ ómicos” (xenómicos, transcriptómicos, proteómicos, epigenómicos), de expresión génica, etc.

Análise e manexo de secuencias (5 CLE)
Algoritmos e programas de aliñamento de secuencias de nucleótidos e de proteinas. aliñamento de xenomas, aliñamento de lecturas fronte a un xenoma, etc. Ideas de ensamblado de xenomas. Diferentes métodos para a reconstrución de árbores e redes filogenéticas mediante o uso de secuencias de ADN.

Análise de datos de expresión génica. (5 CLE)
Os diferentas tipos de datos existentes ( Microarrays, RNA- Seq, etc). Algúns dos métodos e programas estatísticos máis utilizados para a súa análise. Xeración de listas de xenes con expresión diferencial.

Bioinformática funcional. (5 CLE)
Análise de pathways e redes génicas. O uso dos termos GO para a análise funcional. Utilización de ferramentas bioinformáticas deseñadas para iso.

Bioinformática estrutural (10 CLE)
Principios básicos de estrutura de biomoléculas. Análise de estrutura de proteínas. Clasificación estrutural de proteínas: Bases de datos. Nocións elementais de modelización molecular. Predición da estrutura de proteínas. Deseño de fármacos por computador


Temario doutras actividades (prácticas, seminarios, titorías, etc)

Análise e manexo de secuencias de nucleótidos e proteínas (8 CLIL)
Práctica 1: Obtención de datos de diferentes tipos a partir de bases bioinformáticas. Almacenamento e edición dos mesmos cun software de manexo de texto plano.

Práctica 2 Utilización dun programa de aliñamento múltiple e reconstrución filogenética

Análise de datos de expresión génica e Bioinformática funcional (8 CLIL)
Práctica 3 Manexo dun software estatístico adecuado para as análises de expresión génica e xeración de listas de xenes expresados de maneira diferencial.

Práctica 4 Acceso ás ferramentas básicas de análises de pathways e análise funcional.

Práctica 5 Análise enriquecida de expresión génica e procuras de termos GO

Bioinformática estrutural (4 CLIL)
Práctica 6.- Construción e visualización de moléculas por computador.
Práctica 7.- Introdución á simulación computacional enfocada ao deseño de fármacos.

-Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition. Jonathan Pevsner, October 2015 Wiley-Blackwell

-Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor. Editors Robert GentlemanVincent J. CareyWolfgang HuberRafael A. IrizarrySandrine Dudoit 2005 Springer (recurso online de la BUSC)

-Analysis of Phylogenetics and Evolution with R, Paradis, Emmanuel 2012 Springer (recurso online de la BUSC)

-Molecular Modelling. Principles and Applications (Ed Pearson Education, 2001), Andrew R. Leach

-Introduction to Computational Chemistry (Ed Wiley), Frank Jensen.

-http://autodock.scripps.edu/faqs-help/tutorial

-http://vina.scripps.edu/manual.html

-Material depositado na aula virtual.

Coñecementos:: Con02 y Con04.
Habilidades/Destrezas: H/D02, H/D10 y H/D13
Competencias: Comp03 y Comp05

A docencia expositiva será presencial, de asistencia obrigatoria e consistirá na impartición de clases maxistrais

A docencia interactiva será presencial, de asistencia obrigatoria e consistirá en prácticas en aula de informática.

As titorías en grupos reducidos serán presenciais e dedicaranse á resolución de dúbidas.

A cualificación final de materia obterase mediante avaliación continua (50%) e exame final (50%)

Para a avaliación continua, valorarase a realización de traballos por parte dos estudantes. No caso en que a avaliación continua fose suficientemente satisfactoria, podería substituír ao exame final.

Na segunda oportunidade, empregarase o mesmo sistema de avaliación: presentación de traballos e exame final.



Tanto a exposición dos traballos como o exame final serán presenciais.

Tanto na avaliación continua como no exame final avaliaranse as seguintes competencias, habilidades e coñecementos:

Comp02, Comp04, H/D02, H/D10, HD13, Con02 e Con04


Advertencia. Para os casos de realización fraudulenta de exercicios ou probas (plaxios ou uso indebido das tecnoloxías) será de aplicación o recolleito na “Normativa de avaliación do rendemento académico dous estudantes e de revisión de cualificacións”.

Tempo de estudo e traballo persoal
TRABALLO PRESENCIAL NA aula

Clases expositivas (CLE): 30 horas
Clases interactivas de laboratorio (CLIL): 20 horas
Titorías en grupo (TI): 2 horas
Exame: 2



TRABALLO PERSOAL DO ESTUDANTE

Estudo autónomo individual ou en grupo: 51 horas
Resolución de exercicios, redacción de conclusións ou outros traballos: 15 horas
Programación / experimentación ou outros traballos en ordenador/aboratorio: 30 horas