La Unidad de Expresión de Affymetrix pone a disposición de los usuarios el equipamiento necesario para la hibridación, tinción y escaneado de los arrays de Expresión de Affymetrix y ofrece soporte y asesoramiento técnico a aquellos usuarios que lo demanden.
Los arrays de expresión de Affymetrix miden la señal de expresión a nivel genómico-transcriptómico y/o a nivel exónico de millares de genes simultáneamente de una muestra dada gracias a la técnica de hibridación específica ARN-ADN o ADN-ADN.
Se trata de microarrays de oligonucleótidos de alta densidad que incluyen millares de conjuntos de sondas (probesets) con secuencias del transcriptoma de la especie estudiada dispuestas sobre la base del array. Cada sonda es un oligonucleótido (típicamente de 25 nucleótidos) complementario a la región estudiada representado millares de veces en microceldas del array .
La señal obtenida de la hibridación de la muestra (ARN o ADN marcado y fragmentado) con las sondas-oligo dispuestas en los microarrays proporciona la medida del nivel de expresión de la muestra analizada.
Clásicamente, los microarrays de Affymetrix disponen las sondas oligonucleotidicas en el extremo 3’ de los genes que interrogan y utilizan el nivel de expresión de esta localización para estimar el nivel de expresión del gen (arrays 3’ de expresión génica).
Además de estos arrays, Affymetrix dispone actualmente de arrays con sondas distribuidas a lo largo de todo el gen (arrays Whole-Transcript) permitiendo detectar expresión en genes con el extremo 3’ truncado (por splicing, no poliadenilación, deleciones genómicas o por otros eventos que alteren el extremo 3’ del gen). Igualmente, dentro de los arrays Whole-Transcript, Affymetrix diseñó un modelo de arrays, los denominados Exon Arrays, capaces de identificar eventos de splicing gracias a que presentan sondas en cada uno de los exones de los genes que interroga.
Affymetrix dispone de un amplio catálogo de arrays para análisis de expresión, tanto de genes como de exones:
1. Arrays 3’ de análisis de expresión génica
Son los arrays clásicos de Affymetrix que permiten hacer estudios de expresión a nivel génico gracias a sondas perfect match y mismatch localizadas en el extremo 3’ del gen. Existen diferentes tipos de arrays 3’, tanto en humanos como en otros organismos modelo en investigación (procariotas y eucariotas) así como en especies de interés comercial.
Para el procesado de las muestras con los arrays 3’ se emplea el kit 3’ IVT Express, seguiendo las instrucciones descritas en el 3' IVT Express Kit User Manual.
2. Whole-Transcript Expression Arrays
Estos arrays permiten hacer estudios de expresión con sondas distribuidas a lo largo de todo el gen, non solo localizadas en el extremo 3’, detectando así expresión en genes con extremo 3’ truncado (por splicing, no poliadenilación, deleciones genómicas o por otros eventos que alteren el extremo 3’ del gen). Además, dentro de los arrays Whole-Transcript, Affymetrix deseñó un modelo de arrays, los denominados Exon Arrays, capaces de identificar eventos de splicing gracias a que presentan sondas en cada uno de los exones de los genes que interroga.
Para el procesado de las muestras con estos arrays se usa el kit GeneChip® Whole-Transcript (WT) Sense Target Labeling and Control Reagents , seguiendo las instrucciones descritas en el manual WT Sense Target Labeling Assay.
Últimamente, Affymetrix y Ambion desarrollaron un nuevo protocolo para el procesado de las muestras, The Ambion® WT Expression Protocol, que combina los kits “Ambion WT Expression y GeneChip® WT Terminal Labeling.
- GeneChip® Command Console® Software.
- Expression Console® Software.
Plataforma de Secuenciación y Genómica Funcional
- Edificio de Apoyo a la Investigación (CACTUS)
- Rúa de Constantino Candeira, 1. Campus Vida , 15782Santiago de Compostela