Créditos ECTS Créditos ECTS: 3
Horas ECTS Criterios/Memorias Traballo do Alumno/a ECTS: 51 Horas de Titorías: 3 Clase Expositiva: 9 Clase Interactiva: 12 Total: 75
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Centro Facultade de Bioloxía
Convocatoria: Segundo semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable | 1ro curso (Si)
Obxectivos
Obxectivos xerais
Búscase que os estudantes aprendan a deseñar un estudo filogenético para a resolución dunha situación aplicada, seleccionando os algoritmos máis adecuados para os seus tipos de datos.
Búscase que os estudantes aprendan a extrapolar as técnicas de clasificación filogenética aplicadas nun ámbito zoológico a outras situacións científicas e sociais.
Obxectivos específicos
• Comprender e saber definir os conceptos fundamentais da filoxenética.
• Manexar ferramentas bioinformáticas para a análise filoxenética.
• Interpretar adecuadamente o significado dunha árbore filogenética.
• Discernir entre vantaxes e desvantaxes dos métodos filoxenéticos.
• Empregar a construción a priori de árbores para o contraste de hipóteses biolóxicas.
Clases expositivas
Tema 1. Introdución á filoxenética. Árbores filoxenéticos. Enraízamento. Monofilia e polifilia. Caracteres e estados. Homoloxía e homoplasia. Ortoloxía e paraloxía. Cladismo e fenética. Usos xerais das filoxenias. 1h
Tema 2. Aliñamento de secuencias. Substitución, inserción e deleción. Aliñamento por pares. Aliñamento múltiple. Programas de aliñamento. Filtrado de aliñamentos. 1h
Tema 3. Modelos de evolución molecular. Saturación. Probabilidade de cambio. Modelos de substitución nucleotídica. Selección de modelos. 1h
Tema 4. Búsquedas filoxenéticas. Caracteres vs. distancias. Algoritmos e optimalidade. Paisaxes de árbores. Procuras exactas e aproximadas. Intercambios topolóxicos. Árbores consenso. 1h
Tema 5. Máxima parsimonia. Criterio de parsimonia. Reconstrución de estados ancestrais. Atracción das ramas longas. 1h
Tema 6. Métodos de distancias. Distancias patrísticas. Aditividade e ultrametricidade. Criterio de Fitch-Margoliash. Mínima evolución. Distancias corrixidas. Métodos algorítmicos: UPGMA e NJ. 1h
Tema 7. Máxima verosimilitude. Concepto de verosimilitude. Cálculo da verosimilitude en árbores. Reconstrución de estados ancestrais. Parsimonia vs. verosimilitude. 1h
Tema 8. Inferencia Bayesiana. Probabilidades a priori e a posteriori. Teorema de Bayes. Bayes versus verosimilitude. Cadeas de Markov de Monte Carlo (MCMC). Mostraxe e converxencia MCMC. 1h
Tema 9. Contrastes filoxenéticos. Erro filoxenético. Boostrap. Comparación de topoloxías. Tests do reloxo molecular. Aplicacións. 1h
Temario Prácticas e Seminarios
Práctica 1. Aliñamento, edición de secuencias, e modelos de evolución molecular. 2 h
Práctica 2. Máxima parsimonia e métodos de distancias. 2h
Práctica 3. Máxima verosimilitude e análise Bayesiano 2h
Seminario. Avaliación dos casos aplicados 6h
Bibliografía básica:
- Page RDM & Holmes EC. 1998. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell Science, Inc. ISBN: 0-86542-889-1. Trátase dun texto sinxelo e introductorio á evolución molecular.
- Vandamme AM, Salemi M, Lemey P (eds). 2010. The Phylogenetic Handbook, 2nd Edition. Cambridge University Press. Un libro moi práctico a un nivel moi alcanzable con exemplos prácticos para traballar. Moi recomendable
Bibliografía complementaria:
- Felsenstein J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc. ISBN: 0-87893-177-5. A día de hoxe este é o texto máis rigoroso e actualizado que existe sobre metodoloxía filoxenética. Bastante teórico.
- Swofford D. 1996. Capítulo 11 no libro "Molecular Systematics, Second Edition. 1996. Hillis, D. M., C. Moritz, and B. K. Mable (eds.). Sinauer Associates". Un capítulo excelente sobre metodoloxía filoxenética. O capítulo 12 deste libro trata das aplicacións das filoxenias.
- Nei M & Kumar S. 2000. Molecular evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. ISBN 0-19-513584-7. Un bo libro cun tratamento profundo dos métodos de distancias.
Recursos web:
http://darwin.uvigo.es
http://faitic.uvigo.es
Competencias xeráis:
• CG02- Valorar a importancia do debate e do traballo en equipo, comunicación e responsabilidade interpersoal.
• CG03- Avaliar a importancia da análise multidisciplinar ea relación entre coñecemento para resolver problemas e analizar puntos críticos.
• CG06- Buscar e consultar fontes de información e bases de datos; analizar e sintetizar documentos.
• CG08: Promover a xestión de linguas estranxeiras.
• CG09: aplica un pensamento crítico, lóxico e creativo.
Competencias específicas
• CE10- Identificar obxectivos de investigación relevantes e planificar a súa realización.
Competencias básicas
• CB01: os alumnos posúen e comprende o coñecemento que lles dá a capacidade de innovar e orixinalidade no desenvolvemento e / ou aplicación das ideas, tanto no ámbito profesional como no contexto da investigación;
• CB02- que os alumnos saben aplicar os coñecementos adquiridos e a súa capacidade de resolver problemas en ambientes novos ou descoñecidos dentro de contextos máis amplos (ou multidisciplinares) relacionados coa súa área de estudo;
• CB04- que os alumnos saben comunicar de forma clara e inequívoca as súas conclusións (e os coñecementos e motivos fundamentais que o sustentan) para o público especializado e non especializado.
Competencias Transversais
• CT1 - Capacidade para xestionar o tempo e as tarefas e traballar baixo presión e en situacións críticas (flexibilidade, predisposición ao cambio, esforzo).
• CT3 - Capacidade para traballar nun equipo: cooperación, debate, negociación.
Nesta materia empregaranse as seguintes metodoloxías:
1. Clases cara a cara e prácticas.
Conceptual
O profesor presenta o programa da sesión cos seus obxectivos para o día. Os conceptos a empregar entón introdúcense de forma maxistral. Utilízase a ferramenta necesaria para resolver os casos aplicados. A sesión remata co foco dos exercicios diarios, as instrucións para o uso do software e as obras de referencia.
Prácticas
Executáronse exercicios diarios relacionados coa clase conceptual para a aprehensión da materia.
2. Desenvolvemento de proxectos aplicados e defensa común.
Os alumnos analizarán casos prácticos de elaboración de filoxenias e deseño experimental en estudos filoxenéticos. O caso básico comeza o primeiro día do curso e deféndese o último día.
3. Tutoriais personalizados.
Actual-real en horarios programados e en persoa-virtual por correo electrónico, tanto en grupo como individuais personalizados para o apoio directo ao alumno.
4. Traballo cooperativo.
Os alumnos utilizarán TIC e software específico para obter un estudo de caso completo mediante a aprendizaxe colaborativa. A plataforma Tema utilízase para a maioría dos procesos: repositorio, chat, debate, dúbidas, enlaces, exercicios e autoavaliación.
A avaliación continua. Valorarase o progreso diario práctico (de acordo co uso, para este efecto, avalíase a execución diaria das tarefas do caso práctico suscitado e a resolución das funcións diarias en liña, así como a exposición diaria cara a cara e defensa.
Na avaliación do proxecto aplicado, valórase a execución completa do proxecto integrador ea súa presentación e defensa na aula.
Participación A asistencia e cumprimento das formalidades do alumno, a participación activa no grupo, a motivación, a iniciativa e o cuestionamento das dúbidas son valoradas. Participación activa nos foros, a demanda de titoría e o compromiso de o tema
Aspectos e criterios de avaliación:
1. Participación: Participación activa na presenza física e virtual Recepción de asistencia; rexistro de uso da plataforma 10-30%
2. Deberes :Realización e resolución e defensa dos exercicios diarios sobre os conceptos novos. Plataforma en liña e defensa oral 30-50 %
3. Caso aplicado: Realización, resolución e defensa do caso aplicado Presentación e defensa no Seminario 30-50 %
Total 100
Horas non presenciais 51 h
1. A materia ten que traballarse a diario durante o curso, completando todas as actividades planificadas e enviándolas ao profesor con suficiente antelación para recibir o feedback.
2. A aprendizaxe debe ser colaborativa, respecto ao grupo de ensino-aprendizaxe, non se contempla o estudo illado dos casos.
3. É necesaria a conexión TIC diariamente durante o curso, para consultas e subida de exercicios resoltos, uso de foros, etc.
Requírense coñecementos básicos sobre xenética, evolución e probabilidade simple, así como do uso de ferramentas TIC e traballo con aplicacións en rede. Requírese dispor dun equipo portátil (posibilidade de uso en préstamo).
Para os casos de realización fraudulenta de exercicios ou probas será de aplicación o recollido na "Normativa de avaliación do rendemento académico dos estudantes e de revisión de cualificacións”