O estudo do código de barras xenético do SARS-CoV-2 impide analizar a circulación de variantes actuais do virus

Un novo estudo liderado polos profesores da USC Antonio Salas e Federico Martinón acaba de expoñer as limitacións do uso de barcodes ou códigos de barras xenéticos para o seguimento das variantes do SARS-CoV-2. Segundo os investigadores do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS), a técnica do barcoding, baseada na detección de mutacións concretas do xenoma altamente variables, é inadecuada para o estudo dos patróns de diversidade do virus, dada a súa resolución extremadamente limitada, como o feito de que a metodoloxía non permita analizar a circulación de variantes actuais, senón soamente aquelas que xurdiron no inicio da pandemia.

“Desenvolvemos unha estratexia de análise que nos permite analizar en moi pouco tempo e de maneira moi eficaz miles de xenomas do virus; así, por exemplo, neste estudo analizamos 160.000 xenomas enteiros do virus e establecido un modelo de análise matemática que nos permitiu entender a variabilidade do virus desde unha dimensión diferente a como se fixo ata o momento, o que nos levou a concluír que os  barcodes ofrecen unha visión moi limitada da dinámica do virus”, explica o profesor Antonio Salas. Os investigadores apuntan a que a técnica do barcoding podería ter sentido só naqueles casos nos que fose necesario facer un seguimento de cepas concretas que, co paso do tempo e as evidencias necesarias, puidesen demostrar que teñen unha maior virulencia ou unha capacidade de dispersión importante.

A investigación baséase en dous piares fundamentais, por unha banda, un coñecemento importante dos patróns de variabilidade xenómica do virus, dende os inicios da pandemia ata o momento; e doutra banda, unha ampla experiencia no terreo da  filodinámica e estratexias semellantes aos  barcodes noutros ámbitos da xenómica, como é a xenética forense ou o estudo dos patróns de ancestralidade das poboacións humanas. Neste novo estudo, os científicos puideron desenvolver un algoritmo computacional baseado nunha medida de diversidade xenómica, a chamada entropía acumulada, onde demostran que a tan ben recibida metodoloxía dos barcodes non é acaída.

Métodos reducionistas

Os autores despregan un amplo abanico de argumentos científicos que desmonta a tan ben recibida metodoloxía, proporcionan elementos que cuestionan fortemente as achegas científicas presentadas ata o momento, e obrigan a unha reconsideración dos métodos propostos, a favor dun reforzo das metodoloxías baseadas na secuenciación completa do xenoma do virus. “A xenómica está a permitirnos entender como se move o SARS-CoV-2 e as súas variantes ao longo do todo o mundo, e o seu estudo achéganos ademais información sobre os modelos de  transmisión. Entendemos que polo momento debemos estudar o xenoma enteiro do  patóxeno, e evitar métodos reducionistas que achegan moi pouco ou nada á  filodinámica do virus”, apuntan. Martinón engade que ”o uso de  barcodes non permite detectar a aparición de variantes de interese terapéutico, unha vez demóstrese coas evidencias apropiadas que efectivamente poidan xogar un papel funcional na pandemia, xa sexa na  transmisión ou na virulencia. O caso da nova cepa inglesa, por exemplo, da que tanto se puido escoitar nos medios, non podería ser rastrexada mediante esta metodoloxía”.

Un dos campos de investigación máis importantes na pandemia da COVID-19 é o seguimento das variantes xenéticas do patóxeno. Unha das estratexias de investigación máis importantes foi a  secuenciación do xenoma (ARN) enteiro do  SARS- CoV-2. Grazas a estes esforzos de investigación, os grupos de investigación conseguiron trazar o movemento do virus a distintas escalas xeográficas, xa sexa entre continentes ou dentro de países ou rexións. Os investigadores do IDIS teñen publicado varios traballos de investigación no ámbito da COVID-19. Dous estudos pioneiros deste grupo de investigación focalizáronse precisamente na análise exhaustiva dos patróns de difusión do virus a escala continental, e a nivel estatal. Segundo Salas, “seguimos a traballar dende distintos ángulos a COVID-19; estamos interesados tanto no estudo da bioloxía dos doentes, e dicir, as posibles condicións xenéticas que os fan máis susceptibles ou os protexen do virus, como na perspectiva do xenoma do coronavirus, onde ao longo destes meses fixemos avances relevantes en canto a variabilidade do virus e o modelo de transmisión baseado no súper-contaxio”.

Ambos os dous traballos recibiron unha moi boa acollida por parte da comunidade científica. Nos últimos meses, xurdiron iniciativas importantes que propuxeron unha maneira diferente de analizar os patróns de difusión do virus, baseándose no que se veu en denominar  barcodes ou  Informative  Subtype  Markers. Estes métodos, cuestionados agora por Martinón e Salas, foron recibidos con gran interese nos medios internacionais, especialmente no mundo anglosaxón.