A Unidade de Expresión de Affymetrix pon a disposición dos usuarios o equipamento necesario para a hibridación, tinción e escaneado dos arrays de Expresión de Affymetrix e ofrece soporte e asesoramento técnico a aqueles usuarios que o demanden.
Os arrays de expresión de Affymetrix miden o sinal de expresión a nivel xenómico-transcriptómico e/ou a nivel exónico de milleiros de xenes simultaneamente dunha mostra dada, grazas á técnica de hibridación específica ARN-ADN ou ADN-ADN.
Trátase de microarrays de oligonucleótidos de alta densidade que inclúen milleiros de conxuntos de sondas (probesets) con secuencias do transcriptoma da especie estudada dispostas sobre a base do array. Cada sonda é un oligonucleótido (tipicamente de 25 nucleótidos) complementario á rexión estudada representado milleiros de veces en microcelas do array .
O sinal obtido da hibridación da mostra (ARN ou ADN marcado e fragmentado) coas sondas-oligo dispostas nos microarrays proporciona a medida do nivel de expresión da mostra analizada.
Clasicamente, os microarrays de Affymetrix dispoñen as sondas oligonucleotidicas no extremo 3’ dos xenes que interrogan e utilizan o nivel de expresión desta localización para estimar o nivel de expresión do xen (arrays 3’ de expresión xénica).
Ademais destes arrays, Affymetrix dispón actualmente de arrays con sondas distribuídas ao longo de todo o xen (arrays Whole-Transcript) permitindo detectar expresión en xenes co extremo 3´ truncado (por splicing, non poliadenilación, delecións xenómicas ou por outros eventos que alteren o extremo 3’ do xen). Ademais, dentro dos arrays Whole-Transcript, Affymetrix deseñou un modelo de arrays, os denominados Exon Arrays, capaces de identificar eventos de splicing grazas a que presentan sondas en cada un dos exóns dos xenes que interroga
Affymetrix dispón dun amplo catálogo de arrays para análise de expresión, tanto a nivel de xenes como de exóns:
1. Arrays 3’ de análise de expresión xénica
Son os arrays clásicos de Affymetrix que permiten facer estudos de expresión a nivel xénico gracias a sondas perfect match e mismatch localizadas no extremo 3’ do xen. Existen diferentes tipos de arrays 3’, tanto en humanos como en outros organismos modelo en investigación (procariotas e eucariotas) así coma en especies de interese comercial.
Para o procesado das mostras cos arrays 3’ emprégase o kit 3' IVT Express, seguindo as instrucións descritas no 3' IVT Express Kit User Manual.
2. Whole-Transcript Expression Arrays
Estes arrays permiten facer estudos de expresión con sondas distribuídas ao longo de todo o xen, non só localizadas no extremo 3’, detectando así expresión en xenes co extremo 3’ truncado (por splicing, non poliadenilación, delecións xenómicas ou por outros eventos que alteren o extremo 3’ do xen). Ademais, dentro dos arrays Whole-Transcript, Affymetrix deseñou un modelo de arrays, os denominados Exon Arrays, capaces de identificar eventos de splicing grazas a que presentan sondas en cada un dos exóns dos xenes que interroga.
Para o procesado das mostras con estes arrays emprégase o kit GeneChip® Whole-Transcript (WT) Sense Target Labeling and Control Reagents , seguindo as instrucións descritas no manual WT Sense Target Labeling Assay.
Ultimamente, Affymetrix e Ambion desenvolveron un novo protocolo para o procesado das mostras, The Ambion® WT Expression Protocol, que combina os kits “Ambion WT Expression e GeneChip® WT Terminal Labeling.
- GeneChip® Command Console® Software.
- Expression Console® Software.
Plataforma de Secuenciación e Xenómica Funcional
- Edificio de Apoio á Investigación (CACTUS)
- Rúa de Constantino Candeira, 1. Campus Vida , 15782Santiago de Compostela