Bases moleculares de la lipomatosis asociada a la lipodistrofia parcial familiar
Autoría
L.R.S.
Máster Universitario en Genómica y Genética
L.R.S.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 11:30
11.07.2024 11:30
Resumen
Algunas lipodistrofias mendelianas se asocian a la presencia de lipomas, incluso en regiones lipoatróficas. Estas están asociadas a variantes en varios genes, entre los que se encuentra el gen LMNA. Actualmente, se desconocen los mecanismos involucrados en la proliferación anormal de los adipocitos en estas lesiones neoplásicas. En el caso de las lipodistrofias laminopáticas (lipodistrofia parcial familiar tipo 2 o FPLD2) el defecto en la lamina A nuclear conduce a una alteración en la adipogénesis dependiendo de la región anatómica (lipoatrofia en extremidades y nalgas, y lipohipertrofia en cara, pescuezo, axilas y región interescapular). Actualmente existen evidencias de que en las regiones lipohipertróficas existe un proceso de transdiferenciación de grasa parda a blanca, posiblemente mediado por el receptor de la aldosterona, al que también se une la progesterona. Además, se parte de la hipótesis de que el desarrollo de las masas lipomatosas en pacientes con variantes patógenas en LMNA puede estar mediado por alteraciones en las proteínas que regulan el ciclo celular (p53, p21, Rb). Se cultivan así 3 líneas celulares de preadipocitos (procedentes de la grasa de una paciente control, de la grasa de una paciente FPLD2 y del lipoma de esa misma paciente) con 6 tratamientos donde se prueban dosis pre y postmenopáusicas de beta-estradiol y progesterona. Se extraen posteriormente las proteínas de cada línea y tratamiento y se miden los niveles de cada proteína mediante Western blot.
Algunas lipodistrofias mendelianas se asocian a la presencia de lipomas, incluso en regiones lipoatróficas. Estas están asociadas a variantes en varios genes, entre los que se encuentra el gen LMNA. Actualmente, se desconocen los mecanismos involucrados en la proliferación anormal de los adipocitos en estas lesiones neoplásicas. En el caso de las lipodistrofias laminopáticas (lipodistrofia parcial familiar tipo 2 o FPLD2) el defecto en la lamina A nuclear conduce a una alteración en la adipogénesis dependiendo de la región anatómica (lipoatrofia en extremidades y nalgas, y lipohipertrofia en cara, pescuezo, axilas y región interescapular). Actualmente existen evidencias de que en las regiones lipohipertróficas existe un proceso de transdiferenciación de grasa parda a blanca, posiblemente mediado por el receptor de la aldosterona, al que también se une la progesterona. Además, se parte de la hipótesis de que el desarrollo de las masas lipomatosas en pacientes con variantes patógenas en LMNA puede estar mediado por alteraciones en las proteínas que regulan el ciclo celular (p53, p21, Rb). Se cultivan así 3 líneas celulares de preadipocitos (procedentes de la grasa de una paciente control, de la grasa de una paciente FPLD2 y del lipoma de esa misma paciente) con 6 tratamientos donde se prueban dosis pre y postmenopáusicas de beta-estradiol y progesterona. Se extraen posteriormente las proteínas de cada línea y tratamiento y se miden los niveles de cada proteína mediante Western blot.
Dirección
SANCHEZ IGLESIAS, SOFIA (Tutoría)
ARAUJO VILAR, DAVID Cotutoría
SANCHEZ IGLESIAS, SOFIA (Tutoría)
ARAUJO VILAR, DAVID Cotutoría
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Evaluación de la regulación de la proteína ribosomal RPL23 por proteínas tipo ubiquitina
Autoría
E.P.G.
Máster Universitario en Genómica y Genética
E.P.G.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 17:00
11.07.2024 17:00
Resumen
Las proteínas ribosomales son proteínas que, junto con el ARN ribosomal, conforman los ribosomas. Además de su papel estructural y funcional en la síntesis de proteínas, llevan a cabo múltiples funciones extraribosomales como por ejemplo la de regular el crecimiento celular y la apoptosis. Entre estas proteínas destaca el componente de la subunidad ribosomal grande 60S RPL23. Además de su función ribosomal, RPL23 se identificó como un regulador negativo de la apoptosis celular, a través de la modulación negativa de la transcripción de p21Cip1 y p15Ink4b inducida por Miz-1, y como un activador de p53 en respuesta al oncogen RAS cuando no se expresa el supresor de tumores ARF. Un aumento significativo en los niveles de esta proteína en pacientes con diferentes tipos de cáncer se asoció a la capacidad de las células tumorales de evadir la apoptosis inducida en respuesta a diversos agentes antitumorales. La complejidad funcional de RPL23, capaz de ejercer funciones tanto antitumorales como protumorales, resalta la importancia de una estricta regulación de su actividad. En este sentido, proponemos la hipótesis de que la proteína RPL23, de forma semejante a la proteína RPL11, podría regularse a través de su interacción con las proteínas tipo ubiquitina denominadas SUMO (pequeña proteína tipo ubiquitina) y NEDD8 (proteína 8 expresada en el precursor de célula neural regulada negativamente durante el desarrollo). Resultados previos del laboratorio sugieren que RPL23 se puede SUMOilar y NEDDilar en las células pero falta confirmar si esto ocurre in vitro, conocer el mecanismo molecular que regula estas modificaciones y su impacto en las actividades de la proteína. Este trabajo tiene como objetivo avanzar en el estudio de la regulación de RPL23 mediante su interacción con SUMO y NEDD8. Nuestros resultados confirman que RPL23 se modifica por SUMO y por NEDD8. Estas modificaciones parecen responder a estímulos específicos. Así, los resultados indican que la sobreexpresión del oncogen RAS favorece la NEDDilación de RPL23 y la formación de cadenas de SUMO2 conjugadas a la proteína ribosomal. La modificación de RPL23 por SUMO también se ve inducida en respuesta al tratamiento con el inhibidor de NEDDilación MLN4924 lo que nos llevó a pensar que NEDD8 y SUMO podrían competir para unirse a RPL23. En apoyo de esta hipótesis, observamos que la NEDDilación y la SUMOilación de RPL23 disminuyen cuando los dos modificadores están presentes. Para ahondar en esta hipótesis, generamos un mutante de RPL23 en una de las lisinas susceptibles de ejercer como sitio de SUMOilación y de NEDDilación y analizamos su susceptibilidad para SUMOilarse y NEDDilarse. Los datos obtenidos indican que la lisina K66 es un sitio de SUMOilación pero su mutación no afecta a la NEDDilación de la proteína. El análisis del impacto de estas modificaciones en la localización subcelular de la proteína ribosomal reveló que, a diferencia de la proteína RPL23 silvestre, que se localiza principalmente en el nucleolo celular, el mutante en el sitio de SUMOilación RPL23-K66R se localiza en el nucleoplasma. Una translocación de RPL23 del nucleolo al nucleoplasma también se observó cuando se sobreexpresó SUMO2. Estos resultados nos llevaron a evaluar si la lisina mutada formaba parte de alguna potencial señal de localización nucleolar. Observamos que la lisina K66 podría formar parte de dicha señal, lo que podría explicar estos resultados. La conjugación de SUMO a la lisina K66 de RPL23 podría impedir la funcionalidad de la señal que permite la entrada de la proteína en el nucleolo, igual que ocurre cuando mutamos este residuo. Son necesarios más estudios para confirmar estos resultados y conocer como influyen estas modificaciones en la funcionalidad de la proteína. Este conocimiento podría ayudar a controlar su actividad y, por tanto, abriría una ventana de oportunidad para actuar frente a aquellas patologías en las que RPL23 está implicada.
Las proteínas ribosomales son proteínas que, junto con el ARN ribosomal, conforman los ribosomas. Además de su papel estructural y funcional en la síntesis de proteínas, llevan a cabo múltiples funciones extraribosomales como por ejemplo la de regular el crecimiento celular y la apoptosis. Entre estas proteínas destaca el componente de la subunidad ribosomal grande 60S RPL23. Además de su función ribosomal, RPL23 se identificó como un regulador negativo de la apoptosis celular, a través de la modulación negativa de la transcripción de p21Cip1 y p15Ink4b inducida por Miz-1, y como un activador de p53 en respuesta al oncogen RAS cuando no se expresa el supresor de tumores ARF. Un aumento significativo en los niveles de esta proteína en pacientes con diferentes tipos de cáncer se asoció a la capacidad de las células tumorales de evadir la apoptosis inducida en respuesta a diversos agentes antitumorales. La complejidad funcional de RPL23, capaz de ejercer funciones tanto antitumorales como protumorales, resalta la importancia de una estricta regulación de su actividad. En este sentido, proponemos la hipótesis de que la proteína RPL23, de forma semejante a la proteína RPL11, podría regularse a través de su interacción con las proteínas tipo ubiquitina denominadas SUMO (pequeña proteína tipo ubiquitina) y NEDD8 (proteína 8 expresada en el precursor de célula neural regulada negativamente durante el desarrollo). Resultados previos del laboratorio sugieren que RPL23 se puede SUMOilar y NEDDilar en las células pero falta confirmar si esto ocurre in vitro, conocer el mecanismo molecular que regula estas modificaciones y su impacto en las actividades de la proteína. Este trabajo tiene como objetivo avanzar en el estudio de la regulación de RPL23 mediante su interacción con SUMO y NEDD8. Nuestros resultados confirman que RPL23 se modifica por SUMO y por NEDD8. Estas modificaciones parecen responder a estímulos específicos. Así, los resultados indican que la sobreexpresión del oncogen RAS favorece la NEDDilación de RPL23 y la formación de cadenas de SUMO2 conjugadas a la proteína ribosomal. La modificación de RPL23 por SUMO también se ve inducida en respuesta al tratamiento con el inhibidor de NEDDilación MLN4924 lo que nos llevó a pensar que NEDD8 y SUMO podrían competir para unirse a RPL23. En apoyo de esta hipótesis, observamos que la NEDDilación y la SUMOilación de RPL23 disminuyen cuando los dos modificadores están presentes. Para ahondar en esta hipótesis, generamos un mutante de RPL23 en una de las lisinas susceptibles de ejercer como sitio de SUMOilación y de NEDDilación y analizamos su susceptibilidad para SUMOilarse y NEDDilarse. Los datos obtenidos indican que la lisina K66 es un sitio de SUMOilación pero su mutación no afecta a la NEDDilación de la proteína. El análisis del impacto de estas modificaciones en la localización subcelular de la proteína ribosomal reveló que, a diferencia de la proteína RPL23 silvestre, que se localiza principalmente en el nucleolo celular, el mutante en el sitio de SUMOilación RPL23-K66R se localiza en el nucleoplasma. Una translocación de RPL23 del nucleolo al nucleoplasma también se observó cuando se sobreexpresó SUMO2. Estos resultados nos llevaron a evaluar si la lisina mutada formaba parte de alguna potencial señal de localización nucleolar. Observamos que la lisina K66 podría formar parte de dicha señal, lo que podría explicar estos resultados. La conjugación de SUMO a la lisina K66 de RPL23 podría impedir la funcionalidad de la señal que permite la entrada de la proteína en el nucleolo, igual que ocurre cuando mutamos este residuo. Son necesarios más estudios para confirmar estos resultados y conocer como influyen estas modificaciones en la funcionalidad de la proteína. Este conocimiento podría ayudar a controlar su actividad y, por tanto, abriría una ventana de oportunidad para actuar frente a aquellas patologías en las que RPL23 está implicada.
Dirección
Rivas Vázquez, María del Carmen (Tutoría)
ROBLEDO SANCHEZ, DIEGO Cotutoría
Rivas Vázquez, María del Carmen (Tutoría)
ROBLEDO SANCHEZ, DIEGO Cotutoría
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
Reclasificación de variantes missense de significado incierto de los genes BRCA1 y BRCA2
Autoría
C.F.P.E.
Máster Universitario en Genómica y Genética
C.F.P.E.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 16:30
11.07.2024 16:30
Resumen
La clasificación de las variantes genéticas en cáncer hereditario es un procedimiento que se realiza rutinariamente en los laboratorios de diagnóstico genético. Dicha clasificación se realiza en base a diferentes evidencias (ej: tipo de variante, frecuencia poblacional de la variante, predicción de patogenicidad, impacto funcional, segregación de la variante en la enfermedad, entre otras) que, analizándolas conjuntamente, permiten determinar el impacto de las variantes en el desarrollo de la enfermedad. Para determinar las evidencias a considerar y el impacto de cada una de ellas en la interpretación de las variantes genéticas se han desarrollado tanto directrices generales, como guías específicas por gen. Recientemente, el grupo ClinGen ENIGMA (Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles), adecuó las normas y directrices generales propuestas en el año 2015 por el Colegio Americano de Genética Médica y Genómica y la Asociación de Patología Molecular (ACMG/AMP) a los genes BRCA1 y BRCA2. El objetivo principal de este trabajo Fin de Máster fue la reevaluación de 122 variantes missense de significado incierto identificadas en los genes BRCA1 y BRCA2 durante el análisis genético en la Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (FPGMX), utilizando las nuevas guías ClinGen ENIGMA BRCA1 y BRCA2 ACMG/AMP. Además, nos propusimos identificar las evidencias que han resultado más informativas para esta reclasificación. Tras la aplicación de los criterios propuestos en estas nuevas guías, reclasificamos al 82% (100/122) de las variantes de significado incierto iniciales, 98 variantes se clasificaron como Benignas y Probablemente Benignas (15 y 83, respectivamente) y 2 variantes se reclasificaron como Probablemente Patogénicas. Veintidós variantes permanecieron como variantes de significado incierto. Entre las evidencias más informativas para esta reclasificación destacaron la frecuencia poblacional, la posición de la variante y la predicción de su impacto.
La clasificación de las variantes genéticas en cáncer hereditario es un procedimiento que se realiza rutinariamente en los laboratorios de diagnóstico genético. Dicha clasificación se realiza en base a diferentes evidencias (ej: tipo de variante, frecuencia poblacional de la variante, predicción de patogenicidad, impacto funcional, segregación de la variante en la enfermedad, entre otras) que, analizándolas conjuntamente, permiten determinar el impacto de las variantes en el desarrollo de la enfermedad. Para determinar las evidencias a considerar y el impacto de cada una de ellas en la interpretación de las variantes genéticas se han desarrollado tanto directrices generales, como guías específicas por gen. Recientemente, el grupo ClinGen ENIGMA (Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles), adecuó las normas y directrices generales propuestas en el año 2015 por el Colegio Americano de Genética Médica y Genómica y la Asociación de Patología Molecular (ACMG/AMP) a los genes BRCA1 y BRCA2. El objetivo principal de este trabajo Fin de Máster fue la reevaluación de 122 variantes missense de significado incierto identificadas en los genes BRCA1 y BRCA2 durante el análisis genético en la Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (FPGMX), utilizando las nuevas guías ClinGen ENIGMA BRCA1 y BRCA2 ACMG/AMP. Además, nos propusimos identificar las evidencias que han resultado más informativas para esta reclasificación. Tras la aplicación de los criterios propuestos en estas nuevas guías, reclasificamos al 82% (100/122) de las variantes de significado incierto iniciales, 98 variantes se clasificaron como Benignas y Probablemente Benignas (15 y 83, respectivamente) y 2 variantes se reclasificaron como Probablemente Patogénicas. Veintidós variantes permanecieron como variantes de significado incierto. Entre las evidencias más informativas para esta reclasificación destacaron la frecuencia poblacional, la posición de la variante y la predicción de su impacto.
Dirección
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Tutoría)
Vega Gliemmo, Ana Paula Cotutoría
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Tutoría)
Vega Gliemmo, Ana Paula Cotutoría
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
Caracterización del efecto de nuevas terapias epigenéticas en el tratamiento oncológico mediante ensayos in vitro.
Autoría
X.R.A.V.
Máster Universitario en Genómica y Genética
X.R.A.V.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 13:00
11.07.2024 13:00
Resumen
El cáncer renal se sitúa en el noveno puesto entre los cánceres más frecuentes en España, con una supervivencia a los cinco años del 17% en estadios avanzados. La inmunoterapia ha surgido recientemente como una opción prometedora en la que algunos pacientes consiguen una respuesta mantenida en el tiempo, pero el porcentaje es todavía bajo. Por lo tanto, existe una necesidad urgente de encontrar nuevas terapias que permitan aumentar su eficiencia. En este contexto, exploramos el potencial de las terapias epigenéticas mediante ensayos in vitro, utilizando epidrogas como vorinostat (inhibidor de histona desacetilasa) y azacitidina (inhibidor de metiltransferasa del ADN), en líneas celulares de cáncer renal (786-O y Caki-2). Nuestros resultados revelaron que estos tratamientos inducen tanto cambios fenotípicos como en la expresión génica en las células tumorales, afectando el ciclo celular, promoviendo características mesenquimales, alterando la expresión de elementos transponibles (TEs) y del gen de la histona-lisina metiltransferasa (EZH2). Estos hallazgos apoyan el potencial de estas nuevas terapias epigenéticas y la necesidad de seguir investigando para aumentar el número de pacientes que puedan beneficiarse de la inmunoterapia.
El cáncer renal se sitúa en el noveno puesto entre los cánceres más frecuentes en España, con una supervivencia a los cinco años del 17% en estadios avanzados. La inmunoterapia ha surgido recientemente como una opción prometedora en la que algunos pacientes consiguen una respuesta mantenida en el tiempo, pero el porcentaje es todavía bajo. Por lo tanto, existe una necesidad urgente de encontrar nuevas terapias que permitan aumentar su eficiencia. En este contexto, exploramos el potencial de las terapias epigenéticas mediante ensayos in vitro, utilizando epidrogas como vorinostat (inhibidor de histona desacetilasa) y azacitidina (inhibidor de metiltransferasa del ADN), en líneas celulares de cáncer renal (786-O y Caki-2). Nuestros resultados revelaron que estos tratamientos inducen tanto cambios fenotípicos como en la expresión génica en las células tumorales, afectando el ciclo celular, promoviendo características mesenquimales, alterando la expresión de elementos transponibles (TEs) y del gen de la histona-lisina metiltransferasa (EZH2). Estos hallazgos apoyan el potencial de estas nuevas terapias epigenéticas y la necesidad de seguir investigando para aumentar el número de pacientes que puedan beneficiarse de la inmunoterapia.
Dirección
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Tutoría)
MARTINEZ FERNANDEZ, MONICA Cotutoría
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Tutoría)
MARTINEZ FERNANDEZ, MONICA Cotutoría
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Impacto de la música en el transcriptoma salival de pacientes con trastornos cognitivos relacionados con la edad
Autoría
N.E.Z.M.
Máster Universitario en Genómica y Genética
N.E.Z.M.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 11:00
11.07.2024 11:00
Resumen
Introducción y objetivo: El uso de intervenciones musicales como terapia no farmacológica para mejorar los síntomas cognitivos y conductuales en pacientes con trastorno cognitivo relacionado con la edad (ACD) ha ganado popularidad en los últimos años, pero la evidencia de su eficacia sigue siendo inconsistente. El principal objetivo del estudio es explorar la influencia de los estímulos musicales en el transcriptoma salival de pacientes con ACD. Métodos: Se recogieron muestras de saliva de 24 participantes (14 controles sanos HC y 10 diagnosticados de ACD) antes y después del estímulo musical (n = 48 muestras). Se aisló en RNA de las muestras y se analizó utilizando la tecnología nCounter NanoString. Para el análisis estadístico, se empleó la plataforma informática estadística R versión 4.3.3. Se utilizó un diseño de pareado para llevar a cabo el análisis de las diferencias en el transcriptoma antes (timepoint 1, TP1) y después (timepoint 2, TP2) del estímulo musical. Resultados: El número de genes expresados diferencialmente (DEG) de los pacientes ACD (n= 31) fue mayor que los DEG del grupo de control (n= 7), lo que indica que la regulación positiva es prominente en los pacientes con EA. El perfil del transcriptoma DEG reveló una diferenciación reconocible entre TP1 y TP2 en el grupo ACD, que puede detectarse inmediatamente a partir de los componentes principales PC1 (representa 79% de variación) y PC2 (representa 13% de variación). En pacientes con ACD, CXCL8 fue el gen con mayor regulación positiva, mientras que LGALS3 fue el gen con mayor regulación negativa. Con respecto al grupo de control, THOP1 fue el gen con mayor regulación negativa. Estos genes desempeñan roles importantes en las funciones cerebrales normales y también se ven alterados en enfermedades neurodegenerativas. El análisis de redes de co-expresión génica reveló módulos relevantes y significativos, tanto positiva como negativamente correlacionados con la música, implicados en procesos neurodegenerativos e inmunológicos. Conclusión: Este estudio presenta por primera vez evidencias del impacto de una exposición breve a la música en el transcriptoma de saliva tanto en ACD como en HC y resalta el potencial de los estímulos musicales para afectar a los patrones de expresión genética, centrándose en la relación entre la música y sus respuestas moleculares.
Introducción y objetivo: El uso de intervenciones musicales como terapia no farmacológica para mejorar los síntomas cognitivos y conductuales en pacientes con trastorno cognitivo relacionado con la edad (ACD) ha ganado popularidad en los últimos años, pero la evidencia de su eficacia sigue siendo inconsistente. El principal objetivo del estudio es explorar la influencia de los estímulos musicales en el transcriptoma salival de pacientes con ACD. Métodos: Se recogieron muestras de saliva de 24 participantes (14 controles sanos HC y 10 diagnosticados de ACD) antes y después del estímulo musical (n = 48 muestras). Se aisló en RNA de las muestras y se analizó utilizando la tecnología nCounter NanoString. Para el análisis estadístico, se empleó la plataforma informática estadística R versión 4.3.3. Se utilizó un diseño de pareado para llevar a cabo el análisis de las diferencias en el transcriptoma antes (timepoint 1, TP1) y después (timepoint 2, TP2) del estímulo musical. Resultados: El número de genes expresados diferencialmente (DEG) de los pacientes ACD (n= 31) fue mayor que los DEG del grupo de control (n= 7), lo que indica que la regulación positiva es prominente en los pacientes con EA. El perfil del transcriptoma DEG reveló una diferenciación reconocible entre TP1 y TP2 en el grupo ACD, que puede detectarse inmediatamente a partir de los componentes principales PC1 (representa 79% de variación) y PC2 (representa 13% de variación). En pacientes con ACD, CXCL8 fue el gen con mayor regulación positiva, mientras que LGALS3 fue el gen con mayor regulación negativa. Con respecto al grupo de control, THOP1 fue el gen con mayor regulación negativa. Estos genes desempeñan roles importantes en las funciones cerebrales normales y también se ven alterados en enfermedades neurodegenerativas. El análisis de redes de co-expresión génica reveló módulos relevantes y significativos, tanto positiva como negativamente correlacionados con la música, implicados en procesos neurodegenerativos e inmunológicos. Conclusión: Este estudio presenta por primera vez evidencias del impacto de una exposición breve a la música en el transcriptoma de saliva tanto en ACD como en HC y resalta el potencial de los estímulos musicales para afectar a los patrones de expresión genética, centrándose en la relación entre la música y sus respuestas moleculares.
Dirección
SALAS ELLACURIAGA, ANTONIO (Tutoría)
SALAS ELLACURIAGA, ANTONIO (Tutoría)
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Búsqueda de variantes genéticas de cardiopatías familiares asociadas al riesgo de disfunción ventricular secundaria a tratamientos antitumorales.
Autoría
P.B.M.
Máster Universitario en Genómica y Genética
P.B.M.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 10:00
11.07.2024 10:00
Resumen
La toxicidad cardiovascular relacionada con el tratamiento del cáncer, o cardiotoxicidad, es el nombre que recibe el conjunto de manifestaciones cardiovasculares derivadas de tratamientos antitumorales. Estos efectos adversos son cada vez más relevantes debido al incremento de la supervivencia de los pacientes con cáncer y las expectativas de un aumento de los casos de cáncer en el futuro. Por tanto, es de gran importancia conocer los factores que contribuyen al desarrollo de cardiotoxicidad para mejorar la estratificación del riesgo de los pacientes oncológicos. Actualmente, la variedad de factores de riesgo que tienen en cuenta las herramientas de estratificación del riesgo no incluye la variabilidad genética. Sin embargo, varios estudios han descrito loci y variantes genéticas que podrían estar relacionados con el desarrollo de cardiotoxicidad. Este trabajo tiene como objetivo realizar una búsqueda de variantes genéticas de cardiopatías que puedan estar asociadas al riesgo de toxicidad cardiovascular relacionada con el tratamiento del cáncer. Para ello, se analizó del exoma de 127 pacientes oncológicos del registro CARDIOTOX, con y sin cardiotoxicidad, y se priorizaron y clasificaron de acuerdo con su patogenicidad las variantes genéticas en 536 genes asociados a cardiopatías. Se encontraron 11 variantes genéticas patogénicas o probablemente patogénicas asociadas con patologías cardíacas, en seis genes principales (TTN, ALPK3, KNCH2, MYOT, RIT1 y RBM20) y un gen secundario (NRAS) en su asociación con dichas patologías en la cohorte de estudio. Estas variantes genéticas se observaron en 5 individuos sin cardiotoxicidad y 4 individuos con cardiotoxicidad, lo que representa el 4,40% y el 13,89% de los pacientes de cada grupo, respectivamente. No se observó, por tanto, una mayor prevalencia de variantes genéticas en genes asociados a cardiopatías entre los individuos que desarrollaron cardiotoxicidad, y tampoco en los grados más severos de esta. Sin embargo, destaca la alta frecuencia de variantes truncantes en el gen TTN en dichos pacientes, por lo que estas podrían desempeñar un papel importante en la predisposición a la cardiotoxicidad. Además, los individuos con cardiotoxicidad que presentaron variantes genéticas asociadas con patologías cardíacas fueron hombres en su totalidad, pese a haber una mayor proporción de mujeres en la cohorte de estudio; esto sugiere que también podría existir una diferencia de sexo en la susceptibilidad genética a la cardiotoxicidad.
La toxicidad cardiovascular relacionada con el tratamiento del cáncer, o cardiotoxicidad, es el nombre que recibe el conjunto de manifestaciones cardiovasculares derivadas de tratamientos antitumorales. Estos efectos adversos son cada vez más relevantes debido al incremento de la supervivencia de los pacientes con cáncer y las expectativas de un aumento de los casos de cáncer en el futuro. Por tanto, es de gran importancia conocer los factores que contribuyen al desarrollo de cardiotoxicidad para mejorar la estratificación del riesgo de los pacientes oncológicos. Actualmente, la variedad de factores de riesgo que tienen en cuenta las herramientas de estratificación del riesgo no incluye la variabilidad genética. Sin embargo, varios estudios han descrito loci y variantes genéticas que podrían estar relacionados con el desarrollo de cardiotoxicidad. Este trabajo tiene como objetivo realizar una búsqueda de variantes genéticas de cardiopatías que puedan estar asociadas al riesgo de toxicidad cardiovascular relacionada con el tratamiento del cáncer. Para ello, se analizó del exoma de 127 pacientes oncológicos del registro CARDIOTOX, con y sin cardiotoxicidad, y se priorizaron y clasificaron de acuerdo con su patogenicidad las variantes genéticas en 536 genes asociados a cardiopatías. Se encontraron 11 variantes genéticas patogénicas o probablemente patogénicas asociadas con patologías cardíacas, en seis genes principales (TTN, ALPK3, KNCH2, MYOT, RIT1 y RBM20) y un gen secundario (NRAS) en su asociación con dichas patologías en la cohorte de estudio. Estas variantes genéticas se observaron en 5 individuos sin cardiotoxicidad y 4 individuos con cardiotoxicidad, lo que representa el 4,40% y el 13,89% de los pacientes de cada grupo, respectivamente. No se observó, por tanto, una mayor prevalencia de variantes genéticas en genes asociados a cardiopatías entre los individuos que desarrollaron cardiotoxicidad, y tampoco en los grados más severos de esta. Sin embargo, destaca la alta frecuencia de variantes truncantes en el gen TTN en dichos pacientes, por lo que estas podrían desempeñar un papel importante en la predisposición a la cardiotoxicidad. Además, los individuos con cardiotoxicidad que presentaron variantes genéticas asociadas con patologías cardíacas fueron hombres en su totalidad, pese a haber una mayor proporción de mujeres en la cohorte de estudio; esto sugiere que también podría existir una diferencia de sexo en la susceptibilidad genética a la cardiotoxicidad.
Dirección
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Tutoría)
Blanco Verea, Alejandro José Cotutoría
BRION MARTINEZ, M. JOSE Cotutoría
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Tutoría)
Blanco Verea, Alejandro José Cotutoría
BRION MARTINEZ, M. JOSE Cotutoría
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Edición genética mediante CRISPR-Cas9 de embriones somáticos de encina y castaño
Autoría
P.M.P.I.
Máster Universitario en Genómica y Genética
P.M.P.I.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 17:30
11.07.2024 17:30
Resumen
La encina (Quercus ilex) y el castaño (Castanea sativa) son dos especies de gran importancia social, económica y ecológica en la península ibérica. Desde hace años, sus poblaciones se han visto diezmadas por las enfermedades de la seca (encina) y la tinta (castaño) ambas causadas por la infección del oomicieto del suelo Phytophthora cinnamomi y aceleradas por efecto del cambio climático. Las medidas tomadas hasta el momento no han sido suficientes para controlar el avance de la enfermedad, por lo que generar plantas con tolerancia al oomiceto se ha convertido en una prioridad. El elevado tiempo de generación y heterocigosidad de estas especies limita sobremanera la implementación de programas de mejora convencional, por lo que la utilización de herramientas biotecnológicas puede ser una buena alternativa. Entre estas herramientas, destaca la edición genética con CRISPR/Cas9, que ha supuesto una revolución para la ingeniería genética al permitir introducir mutaciones puntuales e introducir nuevas variantes genéticas mediante recombinación dirigida por homología, de forma sencilla, flexible en diseño y eficiente. Sin embargo, la edición genética permanece en gran medida inexplorada en especies forestales. En este trabajo hemos investigado la edición genética en encina y castaño, utilizando embriones somáticos como vía de regeneración de las células editadas. En encina, como prueba de concepto de la edición genética, buscamos editar el gen que codifica la fitoeno desaturasa (PDS), cuya mutación interrumpe la biosíntesis de la clorofila dando lugar a un fenotipo albino, lo que permite la evaluación visual de la eficacia de la edición. No obstante, solo se obtuvo callo albino y no conseguimos obtener embriones somáticos con el gen PDS editado. En castaño, se buscó y logró editar el gen Downy Mildew Resistant 6 (DMR6), un gen de susceptibilidad (gen S) que los patógenos emplean como diana para suprimir la inmunidad de las plantas. Embriones somáticos de castaño en estadio globular y torpedo temprano se cocultivaron durante 5 días con Agrobacterium que portaba una construcción CRISPR/Cas9 dirigida a DMR6 y posteriormente se cultivaron en un medio de selección con kanamicina. Tras 10 semanas de subcultivo en medio de selección, se aislaron once líneas embriogénicas resistentes a la kanamicina. El genotipado de estas líneas con secuenciación Sanger reveló el éxito de la edición génica. Finalmente, mediante un ensayo de infección in vitro con P. cinnamomi, se encontró que las líneas editadas presentaban una mayor tolerancia al oomiceto que las mismas sin editar.
La encina (Quercus ilex) y el castaño (Castanea sativa) son dos especies de gran importancia social, económica y ecológica en la península ibérica. Desde hace años, sus poblaciones se han visto diezmadas por las enfermedades de la seca (encina) y la tinta (castaño) ambas causadas por la infección del oomicieto del suelo Phytophthora cinnamomi y aceleradas por efecto del cambio climático. Las medidas tomadas hasta el momento no han sido suficientes para controlar el avance de la enfermedad, por lo que generar plantas con tolerancia al oomiceto se ha convertido en una prioridad. El elevado tiempo de generación y heterocigosidad de estas especies limita sobremanera la implementación de programas de mejora convencional, por lo que la utilización de herramientas biotecnológicas puede ser una buena alternativa. Entre estas herramientas, destaca la edición genética con CRISPR/Cas9, que ha supuesto una revolución para la ingeniería genética al permitir introducir mutaciones puntuales e introducir nuevas variantes genéticas mediante recombinación dirigida por homología, de forma sencilla, flexible en diseño y eficiente. Sin embargo, la edición genética permanece en gran medida inexplorada en especies forestales. En este trabajo hemos investigado la edición genética en encina y castaño, utilizando embriones somáticos como vía de regeneración de las células editadas. En encina, como prueba de concepto de la edición genética, buscamos editar el gen que codifica la fitoeno desaturasa (PDS), cuya mutación interrumpe la biosíntesis de la clorofila dando lugar a un fenotipo albino, lo que permite la evaluación visual de la eficacia de la edición. No obstante, solo se obtuvo callo albino y no conseguimos obtener embriones somáticos con el gen PDS editado. En castaño, se buscó y logró editar el gen Downy Mildew Resistant 6 (DMR6), un gen de susceptibilidad (gen S) que los patógenos emplean como diana para suprimir la inmunidad de las plantas. Embriones somáticos de castaño en estadio globular y torpedo temprano se cocultivaron durante 5 días con Agrobacterium que portaba una construcción CRISPR/Cas9 dirigida a DMR6 y posteriormente se cultivaron en un medio de selección con kanamicina. Tras 10 semanas de subcultivo en medio de selección, se aislaron once líneas embriogénicas resistentes a la kanamicina. El genotipado de estas líneas con secuenciación Sanger reveló el éxito de la edición génica. Finalmente, mediante un ensayo de infección in vitro con P. cinnamomi, se encontró que las líneas editadas presentaban una mayor tolerancia al oomiceto que las mismas sin editar.
Dirección
SAMPEDRO JIMÉNEZ, JAVIER (Tutoría)
Martínez Santiago, María Teresa Cotutoría
Corredoira Castro, María Elena Cotutoría
SAMPEDRO JIMÉNEZ, JAVIER (Tutoría)
Martínez Santiago, María Teresa Cotutoría
Corredoira Castro, María Elena Cotutoría
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
Papel de las quinasas DYRK2 y PIM3 en regeneración axonal tras lesión medular en pez cebra
Autoría
A.B.S.L.
Máster Universitario en Genómica y Genética
A.B.S.L.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 18:00
11.07.2024 18:00
Resumen
En los humanos, las lesiones de la médula espinal conducen a una discapacidad permanente. La ausencia de regeneración de axones descendentes después del impacto traumático es una de las principales causas de la pérdida funcional. A diferencia de los mamíferos, tanto las larvas como los adultos de pez cebra, son capaces de regenerar los axones descendentes de la médula espinal de forma espontánea tras una lesión medular completa. En estudios transcriptómicos previos se ha detectado un posible papel beneficioso de las quinasas DYRK2 y PIM3 en promover regeneración axonal tras lesión medular en peces. Por lo tanto, en este trabajo se plantea estudiar el papel de las quinasas DYRK2 y PIM3 en la regeneración axonal que presentan las larvas de pez cebra después de una lesión medular completa. Para ello, se realizaron tratamientos farmacológicos con inhibidores de la quinasa PIM3 y tratamientos genéticos generando Crispants de dyrk2 y pim3. Los resultados mostraron que la mutación de dyrk2 en embriones de pez cebra Crispants conlleva a una reducción del grosor del puente axonal en peces sometidos a una lesión medular completa. También se obtuvieron resultados similares con embriones Crispants para pim3. Sin embargo, en ambos casos sería conveniente repetir los experimentos para trabajar con un tamaño muestral mayor. Los resultados obtenidos con los inhibidores farmacológicos también indican que la inhibición específica de la quinasa PIM3 conlleva a una menor regeneración del puente axonal. En conclusión, las quinasas DYRK2 y PIM3 parecen tener un papel importante en promover la regeneración de los axones descendentes en larvas de pez cebra. Sin embargo, sería interesante un estudio detallado de las vías de señalización y proteínas fosforiladas por estas quinasas para comprender mejor el mecanismo de regeneración axonal y, en un futuro, trasladar la información al diseño de terapias de lesión medular.
En los humanos, las lesiones de la médula espinal conducen a una discapacidad permanente. La ausencia de regeneración de axones descendentes después del impacto traumático es una de las principales causas de la pérdida funcional. A diferencia de los mamíferos, tanto las larvas como los adultos de pez cebra, son capaces de regenerar los axones descendentes de la médula espinal de forma espontánea tras una lesión medular completa. En estudios transcriptómicos previos se ha detectado un posible papel beneficioso de las quinasas DYRK2 y PIM3 en promover regeneración axonal tras lesión medular en peces. Por lo tanto, en este trabajo se plantea estudiar el papel de las quinasas DYRK2 y PIM3 en la regeneración axonal que presentan las larvas de pez cebra después de una lesión medular completa. Para ello, se realizaron tratamientos farmacológicos con inhibidores de la quinasa PIM3 y tratamientos genéticos generando Crispants de dyrk2 y pim3. Los resultados mostraron que la mutación de dyrk2 en embriones de pez cebra Crispants conlleva a una reducción del grosor del puente axonal en peces sometidos a una lesión medular completa. También se obtuvieron resultados similares con embriones Crispants para pim3. Sin embargo, en ambos casos sería conveniente repetir los experimentos para trabajar con un tamaño muestral mayor. Los resultados obtenidos con los inhibidores farmacológicos también indican que la inhibición específica de la quinasa PIM3 conlleva a una menor regeneración del puente axonal. En conclusión, las quinasas DYRK2 y PIM3 parecen tener un papel importante en promover la regeneración de los axones descendentes en larvas de pez cebra. Sin embargo, sería interesante un estudio detallado de las vías de señalización y proteínas fosforiladas por estas quinasas para comprender mejor el mecanismo de regeneración axonal y, en un futuro, trasladar la información al diseño de terapias de lesión medular.
Dirección
BARREIRO IGLESIAS, ANTON (Tutoría)
BARREIRO IGLESIAS, ANTON (Tutoría)
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
Estrategias de modulación del proceso de reprogramación parcial como herramienta antienvejecimiento
Autoría
R.P.P.
Máster Universitario en Genómica y Genética
R.P.P.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 16:00
11.07.2024 16:00
Resumen
El envejecimiento es un proceso degenerativo caracterizado por numerosos rasgos distintivos, entre los que destaca la activación del programa de senescencia celular. Este estado se define por una detención prolongada y estable del ciclo celular en el que las células permanecen metabólicamente activas, liberando al entorno diversos factores conocidos como fenotipo secretor asociado a senescencia (SASP). La reprogramación celular, por otro lado, permite que las células somáticas se desdiferencien hacia un estado pluripotente mediante la expresión de cuatro factores de transcripción conocidos como OSKM. Ambos procesos están estrechamente relacionados, desempeñando la senescencia un rol dual y antagónico. Por una parte, la senescencia representa una barrera intrínseca a la reprogramación, mientras que, por otra parte, el SASP mejora la eficiencia de la misma. No obstante, el efecto que los factores secretados por las células en proceso de reprogramación tienen sobre las células senescentes aún no se ha investigado en profundidad. En este estudio se muestra como el medio condicionado derivado de fibroblastos embrionarios de ratón en proceso de reprogramación afecta positivamente a las células senescentes inducidas por irradiación. Este resultado se manifiesta en cambios morfológicos, incluyendo una disminución en el tamaño del núcleo, una reducción en la actividad enzimática Beta-galactosidasa asociada a la senescencia y un aumento en la viabilidad celular. Además, hemos estudiado si el efecto observado depende de la expresión de los factores de reprogramación o del estado de pluripotencia en sí, demostrando que la expresión de OSKM es crucial para lograr este efecto. Por lo tanto, estos hallazgos ponen de manifiesto el potencial de los factores secretados por las células en proceso de reprogramación como posibles herramientas antienvejecimiento.
El envejecimiento es un proceso degenerativo caracterizado por numerosos rasgos distintivos, entre los que destaca la activación del programa de senescencia celular. Este estado se define por una detención prolongada y estable del ciclo celular en el que las células permanecen metabólicamente activas, liberando al entorno diversos factores conocidos como fenotipo secretor asociado a senescencia (SASP). La reprogramación celular, por otro lado, permite que las células somáticas se desdiferencien hacia un estado pluripotente mediante la expresión de cuatro factores de transcripción conocidos como OSKM. Ambos procesos están estrechamente relacionados, desempeñando la senescencia un rol dual y antagónico. Por una parte, la senescencia representa una barrera intrínseca a la reprogramación, mientras que, por otra parte, el SASP mejora la eficiencia de la misma. No obstante, el efecto que los factores secretados por las células en proceso de reprogramación tienen sobre las células senescentes aún no se ha investigado en profundidad. En este estudio se muestra como el medio condicionado derivado de fibroblastos embrionarios de ratón en proceso de reprogramación afecta positivamente a las células senescentes inducidas por irradiación. Este resultado se manifiesta en cambios morfológicos, incluyendo una disminución en el tamaño del núcleo, una reducción en la actividad enzimática Beta-galactosidasa asociada a la senescencia y un aumento en la viabilidad celular. Además, hemos estudiado si el efecto observado depende de la expresión de los factores de reprogramación o del estado de pluripotencia en sí, demostrando que la expresión de OSKM es crucial para lograr este efecto. Por lo tanto, estos hallazgos ponen de manifiesto el potencial de los factores secretados por las células en proceso de reprogramación como posibles herramientas antienvejecimiento.
Dirección
DA SILVA ALVAREZ, SABELA (Tutoría)
Collado Rodríguez, Manuel Cotutoría
DA SILVA ALVAREZ, SABELA (Tutoría)
Collado Rodríguez, Manuel Cotutoría
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
Análisis de biomarcadores epigenéticos en DNA circulante con utilidad clínica en cáncer colorrectal
Autoría
J.D.V.
Máster Universitario en Genómica y Genética
J.D.V.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 12:00
11.07.2024 12:00
Resumen
El cáncer colorrectal (CCR) es el tercer cáncer más diagnosticado a nivel mundial con 1,93 millones de nuevos casos en 2020 y el segundo más letal con casi 1 millón de nuevas defunciones. Siendo un cáncer tan prevalente en la población y con una mortalidad tan alta es una necesidad prioritaria la búsqueda de biomarcadores, tanto de diagnóstico precoz como de pronóstico, que permitan un tratamiento más temprano y mejor manejo de los pacientes, reduciendo así el número de defunciones. En este trabajo se realiza una búsqueda de marcas epigenéticas, concretamente de metilación de DNA, que permitan mejorar la detección y manejo no invasivo de los pacientes con CCR. Para alcanzar este objetivo se ha caracterizado el DNA libre circulante (cfDNA) presente en biopsia líquida mediante técnicas epigenómicas de secuenciación y PCR digital. Como resultado, se encontró una firma epigenética no invasiva capaz de detectar el CCR. Entre los genes de esta firma, se validó el estado de metilación de USP44 y SPOCK1, los cuales resultaron estar hipermetilados en el cfDNA del CCR con respecto a los controles sanos. La hipermetilación de estos genes resultó estar también presente en muestras de tejido de CCR, donde mostró una relación inversa con su estado de expresión. La metilación de USP44 y SPOCK1 en cfDNA mostró utilidad para detectar el CCR y como factor pronóstico de supervivencia. En conjunto, este estudio ha permitido identificar y validar nuevos biomarcadores epigenéticos no invasivos en biopsia líquida que presentan un gran potencial para la detección y establecimiento del pronóstico del CCR.
El cáncer colorrectal (CCR) es el tercer cáncer más diagnosticado a nivel mundial con 1,93 millones de nuevos casos en 2020 y el segundo más letal con casi 1 millón de nuevas defunciones. Siendo un cáncer tan prevalente en la población y con una mortalidad tan alta es una necesidad prioritaria la búsqueda de biomarcadores, tanto de diagnóstico precoz como de pronóstico, que permitan un tratamiento más temprano y mejor manejo de los pacientes, reduciendo así el número de defunciones. En este trabajo se realiza una búsqueda de marcas epigenéticas, concretamente de metilación de DNA, que permitan mejorar la detección y manejo no invasivo de los pacientes con CCR. Para alcanzar este objetivo se ha caracterizado el DNA libre circulante (cfDNA) presente en biopsia líquida mediante técnicas epigenómicas de secuenciación y PCR digital. Como resultado, se encontró una firma epigenética no invasiva capaz de detectar el CCR. Entre los genes de esta firma, se validó el estado de metilación de USP44 y SPOCK1, los cuales resultaron estar hipermetilados en el cfDNA del CCR con respecto a los controles sanos. La hipermetilación de estos genes resultó estar también presente en muestras de tejido de CCR, donde mostró una relación inversa con su estado de expresión. La metilación de USP44 y SPOCK1 en cfDNA mostró utilidad para detectar el CCR y como factor pronóstico de supervivencia. En conjunto, este estudio ha permitido identificar y validar nuevos biomarcadores epigenéticos no invasivos en biopsia líquida que presentan un gran potencial para la detección y establecimiento del pronóstico del CCR.
Dirección
Bouza Fernandez, M Carmen (Tutoría)
Díaz Lagares, Ángel Cotutoría
Bouza Fernandez, M Carmen (Tutoría)
Díaz Lagares, Ángel Cotutoría
Tribunal
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Trabajo fin de Máster
Autoría
R.P.V.
Máster Universitario en Genómica y Genética
R.P.V.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.09.2024 10:30
11.09.2024 10:30
Resumen
En las especies leñosas, y especialmente en las especies recalcitrantes como la encina, la capacidad morfogenética in vitro es generalmente más elevada en el material juvenil que en el adulto. La disminución de la capacidad morfogenética con la edad de la planta supone una limitación, ya que los árboles no presentan las características definitivas que los hacen deseables para un uso determinado hasta que alcanzan el estado adulto. En esta línea se enmarca este trabajo, con el objeto de determinar si puede lograrse rejuvenecimiento completo de encinas adultas mediante la micropropagación vía embriogénesis somática (y su relación con la metilación). Para ello se han establecido cultivos de brotes axilares a partir de brotes obtenidos de la brotación forzada de ramas derivadas de dos árboles de encina centenarios y de uno de 30 años. Para cada uno de los tres genotipos, ápices y hojas aislados de esos cultivos axilares se utilizaron para establecer dos líneas de material micropropagado, una a partir de yemas axilares de la planta adulta y otra a partir de plántulas somáticas. Material de estas dos líneas, así como de yemas axilares utilizadas como explanto control, se utilizaron para analizar marcadores de metilación del ADN (MSAP; Methylation Sensitive Amplified Polymorphisms) para evaluar la posible implicación de la regulación epigenética en la diferente capacidad morfogénica y embriogénica de material adulto y rejuvenecido vía embriogénesis somática. Los resultados indicaron que la fuente de tejido influye significativamente en los patrones de metilación del ADN, con plántulas embriogénicas mostrando diferentes frecuencias de fragmentos comparado con yemas axilares. Finalmente, los análisis multilocus indicaron diferencias significativas en los patrones de metilación entre las poblaciones, influenciadas tanto por la edad del árbol como por la técnica de micropropagación, resaltando la utilidad de la metilación del ADN como marcador para estudiar la variabilidad epigenética en estas poblaciones. Sin embargo, la técnica MSAP utilizada para estimar esta diferenciación epigenética mostró un patrón de homoplasia de tamaño y una posible infraestimación de la metilación, sugiriendo la necesidad de métodos complementarios para verificar la homología de las bandas.
En las especies leñosas, y especialmente en las especies recalcitrantes como la encina, la capacidad morfogenética in vitro es generalmente más elevada en el material juvenil que en el adulto. La disminución de la capacidad morfogenética con la edad de la planta supone una limitación, ya que los árboles no presentan las características definitivas que los hacen deseables para un uso determinado hasta que alcanzan el estado adulto. En esta línea se enmarca este trabajo, con el objeto de determinar si puede lograrse rejuvenecimiento completo de encinas adultas mediante la micropropagación vía embriogénesis somática (y su relación con la metilación). Para ello se han establecido cultivos de brotes axilares a partir de brotes obtenidos de la brotación forzada de ramas derivadas de dos árboles de encina centenarios y de uno de 30 años. Para cada uno de los tres genotipos, ápices y hojas aislados de esos cultivos axilares se utilizaron para establecer dos líneas de material micropropagado, una a partir de yemas axilares de la planta adulta y otra a partir de plántulas somáticas. Material de estas dos líneas, así como de yemas axilares utilizadas como explanto control, se utilizaron para analizar marcadores de metilación del ADN (MSAP; Methylation Sensitive Amplified Polymorphisms) para evaluar la posible implicación de la regulación epigenética en la diferente capacidad morfogénica y embriogénica de material adulto y rejuvenecido vía embriogénesis somática. Los resultados indicaron que la fuente de tejido influye significativamente en los patrones de metilación del ADN, con plántulas embriogénicas mostrando diferentes frecuencias de fragmentos comparado con yemas axilares. Finalmente, los análisis multilocus indicaron diferencias significativas en los patrones de metilación entre las poblaciones, influenciadas tanto por la edad del árbol como por la técnica de micropropagación, resaltando la utilidad de la metilación del ADN como marcador para estudiar la variabilidad epigenética en estas poblaciones. Sin embargo, la técnica MSAP utilizada para estimar esta diferenciación epigenética mostró un patrón de homoplasia de tamaño y una posible infraestimación de la metilación, sugiriendo la necesidad de métodos complementarios para verificar la homología de las bandas.
Dirección
FERRADAS RIAL, YOLANDA (Tutoría)
FERRADAS RIAL, YOLANDA (Tutoría)
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
DÍAZ FERNÁNDEZ, PABLO (Vocal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
DÍAZ FERNÁNDEZ, PABLO (Vocal)
Análisis genómicos en poblaciones naturales de Arnica montana L.
Autoría
F.C.P.
Máster Universitario en Genómica y Genética
F.C.P.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 12:30
11.07.2024 12:30
Resumen
Arnica montana L. es una planta perenne de la familia de las asteráceas, distribuida a lo largo de Europa. Tiene interés farmacéutico debido a sus propiedades antiinflamatorias, derivadas de metabolitos secundarios, básicamente lactonas sesquiterpénicas. Su recogida sin regulación en el rural debido a estas propiedades, junto a cambios en sus hábitats, llevaron a la reducción de las poblaciones, de forma preocupante en algunas zonas de Europa central. A pesar de encontrarse clasificada dentro de la Lista Roja de la IUCN bajo preocupación menor, está monitorizada e incluida en listas rojas locales de varios países, y considerada una especie de interés por la Unión Europea. Estudios previos se centraron en la determinación de la estructura poblacional, y las diferencias entre dos subespecies: A. montana subsp. montana y A. montana subsp. atlantica, con la segunda limitada a localidades de baja altitud a lo largo del norte de la Península Ibérica y el sur de Francia. Estas dos subespecies han sido relacionadas con dos quimiotipos distintos según su contenido en lactonas sesquiterpénicas, con A. montana subsp. montana teniendo mayor poder antiinflamatorio, pero también mayores respuestas alérgicas. El objetivo de este estudio fue llevar a cabo la primera aproximación genómica en A. montana para: (i) realizar un análisis de genómica de poblaciones estimando parámetros poblacionales y detectar posibles huellas de selección natural; (ii) comparar y discutir los resultados obtenidos con la bibliografía previamente publicada; (iii) detectar SNPs cuyas frecuencias alélicas estén altamente diferenciadas entre los dos quimiotipos previamente descritos, y (iv) diseñar posibles propuestas de gestión y conservación de A. montana en sus hábitats naturales. Se tomaron muestras de 12 localidades del norte de España y se genotiparon mediante 2b-RAD, obteniendo un panel de 5675 SNPs. Se encontró una baja diversidad genética y un bajo censo efectivo, así como una elevada diferenciación genética entre ellas, consistente con los resultados de trabajos previos. Se encontraron marcadores candidatos a estar bajo selección (outliers) potencialmente implicados en adaptaciones locales, y también potencialmente implicados en la diferenciación entre los dos quimiotipos. No obstante, deberían ser validados con nuevos análisis bioinformáticos empleando el genoma de referencia de A. montana, con nuevos datos bioquímicos y experimentos de jardín común. Para la conservación de las poblaciones naturales de A. montana, podría ser recomendable la creación de stocks correspondentes a las unidades de gestión definidas, tanto para la repoblación de localidades naturales como para su reintroducción en localidades históricas. Con todo, también sería necesario conservar la calidade ecológica de los hábitats para la viabilidad de estas poblaciones, así como promover su cultivo para evitar su sobreexplotación.
Arnica montana L. es una planta perenne de la familia de las asteráceas, distribuida a lo largo de Europa. Tiene interés farmacéutico debido a sus propiedades antiinflamatorias, derivadas de metabolitos secundarios, básicamente lactonas sesquiterpénicas. Su recogida sin regulación en el rural debido a estas propiedades, junto a cambios en sus hábitats, llevaron a la reducción de las poblaciones, de forma preocupante en algunas zonas de Europa central. A pesar de encontrarse clasificada dentro de la Lista Roja de la IUCN bajo preocupación menor, está monitorizada e incluida en listas rojas locales de varios países, y considerada una especie de interés por la Unión Europea. Estudios previos se centraron en la determinación de la estructura poblacional, y las diferencias entre dos subespecies: A. montana subsp. montana y A. montana subsp. atlantica, con la segunda limitada a localidades de baja altitud a lo largo del norte de la Península Ibérica y el sur de Francia. Estas dos subespecies han sido relacionadas con dos quimiotipos distintos según su contenido en lactonas sesquiterpénicas, con A. montana subsp. montana teniendo mayor poder antiinflamatorio, pero también mayores respuestas alérgicas. El objetivo de este estudio fue llevar a cabo la primera aproximación genómica en A. montana para: (i) realizar un análisis de genómica de poblaciones estimando parámetros poblacionales y detectar posibles huellas de selección natural; (ii) comparar y discutir los resultados obtenidos con la bibliografía previamente publicada; (iii) detectar SNPs cuyas frecuencias alélicas estén altamente diferenciadas entre los dos quimiotipos previamente descritos, y (iv) diseñar posibles propuestas de gestión y conservación de A. montana en sus hábitats naturales. Se tomaron muestras de 12 localidades del norte de España y se genotiparon mediante 2b-RAD, obteniendo un panel de 5675 SNPs. Se encontró una baja diversidad genética y un bajo censo efectivo, así como una elevada diferenciación genética entre ellas, consistente con los resultados de trabajos previos. Se encontraron marcadores candidatos a estar bajo selección (outliers) potencialmente implicados en adaptaciones locales, y también potencialmente implicados en la diferenciación entre los dos quimiotipos. No obstante, deberían ser validados con nuevos análisis bioinformáticos empleando el genoma de referencia de A. montana, con nuevos datos bioquímicos y experimentos de jardín común. Para la conservación de las poblaciones naturales de A. montana, podría ser recomendable la creación de stocks correspondentes a las unidades de gestión definidas, tanto para la repoblación de localidades naturales como para su reintroducción en localidades históricas. Con todo, también sería necesario conservar la calidade ecológica de los hábitats para la viabilidad de estas poblaciones, así como promover su cultivo para evitar su sobreexplotación.
Dirección
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Tutoría)
CASANOVA CHICLANA, ADRIAN Cotutoría
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Tutoría)
CASANOVA CHICLANA, ADRIAN Cotutoría
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Identificación de Genes Rítmicos Alterados en el Cerebro de un Modelo de Ratón sin BMAL1 en Astrocitos y su Relación con el Sistema de Conometraje circadiano.
Autoría
E.E.E.B.
Máster Universitario en Genómica y Genética
E.E.E.B.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.09.2024 10:00
11.09.2024 10:00
Resumen
El Trabajo de Fin de Máster se enfoca en el análisis de datos de RNAseq y miRNome obtenidos de ratones condicionales sin el gen reloj BMAL1 en astrocitos (Bmal1cKO) y controles en diferentes momentos del día. El objetivo principal es identificar genes diferencialmente expresados (DEGs) y miARNs diferencialmente expresados en el cerebro de estos ratones. Además, se busca correlacionar los miARNs alterados con los posibles genes diana utilizando datos de RNAseq. Los resultados proporcionarán información clave sobre cómo la ausencia de BMAL1 en astrocitos afecta al sistema de cronometraje circadiano a nivel molecular, contribuyendo al conocimiento de la genética de los ritmos circadianos y el papel de los astrocitos en este sistema.
El Trabajo de Fin de Máster se enfoca en el análisis de datos de RNAseq y miRNome obtenidos de ratones condicionales sin el gen reloj BMAL1 en astrocitos (Bmal1cKO) y controles en diferentes momentos del día. El objetivo principal es identificar genes diferencialmente expresados (DEGs) y miARNs diferencialmente expresados en el cerebro de estos ratones. Además, se busca correlacionar los miARNs alterados con los posibles genes diana utilizando datos de RNAseq. Los resultados proporcionarán información clave sobre cómo la ausencia de BMAL1 en astrocitos afecta al sistema de cronometraje circadiano a nivel molecular, contribuyendo al conocimiento de la genética de los ritmos circadianos y el papel de los astrocitos en este sistema.
Dirección
BARCA MAYO, OLGA (Tutoría)
BARCA MAYO, OLGA (Tutoría)
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
DÍAZ FERNÁNDEZ, PABLO (Vocal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
DÍAZ FERNÁNDEZ, PABLO (Vocal)
Descifrando el Síndrome de Lynch-like
Autoría
O.G.E.
Máster Universitario en Genómica y Genética
O.G.E.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 10:30
11.07.2024 10:30
Resumen
El síndrome de Lynch es un trastorno genético con herencia autosómica dominante causado por variantes patogénicas en línea germinal en los genes de reparación de errores de emparejamiento del ADN (MMR): MLH1, MSH2, MSH6 y PMS2. Este síndrome predispone a un mayor riesgo a desarrollar cáncer de colon y endometrio entre otros, a lo largo de la vida. Los tumores Lynch se caracterizan por presentar deficiencia de expresión, por inmunohistoquímica, en alguna de las proteínas MMR e inestabilidad de microsatélites (MSI). El uso de las guías de clasificación de variantes genéticas que son específicas de genes MMR es esencial para el diagnóstico del síndrome de Lynch. El síndrome de Lynch-like se refiere a aquellos individuos que presentan tumores con deficiencia del sistema MMR y sin metilación en el promotor de MLH1, pero en los que no se identifican variantes germinales patogénicas en los genes MMR. El síndrome de Lynch-like comprende un grupo heterogéneo, ya que la causa de la pérdida de expresión en las proteínas MMR puede ser germinal, y por tanto hereditaria, o somática. El objetivo principal de este trabajo es la caracterización molecular de una cohorte de 122 individuos con sospecha de síndrome de Lynch, de los cuales un 76% fueron categorizados como síndrome Lynch-like. Mediante MS-MLPA, se llevó a cabo un estudio de hipermetilación somática de MLH1 que permitió categorizar 16 individuos Lynch-like a casos esporádicos. Además, mediante las guías de clasificación elaboradas por panel de expertos ClinGen/InSiGHT ACMG MMR v1 se reclasificaron el 62,5% de variantes de significado clínico incierto (VUS) bien a patogénicas o probablemente patogénicas en 7 individuos de 3 familias no relacionadas, o a probablemente benigna en otro individuo de la cohorte. De esta manera, se logró caracterizar molecularmente parte de la cohorte de estudio en casos con síndrome de Lynch (29,5%) y casos con un origen esporádico (13,1%). Sin embargo, un 57,4% de individuos permanecieron categorizados como síndrome de Lynch-like, para los que sería conveniente realizar una secuenciación somática en busca de mutaciones bialélicas en los genes MMR, permitiendo una mejor caracterización de este síndrome.
El síndrome de Lynch es un trastorno genético con herencia autosómica dominante causado por variantes patogénicas en línea germinal en los genes de reparación de errores de emparejamiento del ADN (MMR): MLH1, MSH2, MSH6 y PMS2. Este síndrome predispone a un mayor riesgo a desarrollar cáncer de colon y endometrio entre otros, a lo largo de la vida. Los tumores Lynch se caracterizan por presentar deficiencia de expresión, por inmunohistoquímica, en alguna de las proteínas MMR e inestabilidad de microsatélites (MSI). El uso de las guías de clasificación de variantes genéticas que son específicas de genes MMR es esencial para el diagnóstico del síndrome de Lynch. El síndrome de Lynch-like se refiere a aquellos individuos que presentan tumores con deficiencia del sistema MMR y sin metilación en el promotor de MLH1, pero en los que no se identifican variantes germinales patogénicas en los genes MMR. El síndrome de Lynch-like comprende un grupo heterogéneo, ya que la causa de la pérdida de expresión en las proteínas MMR puede ser germinal, y por tanto hereditaria, o somática. El objetivo principal de este trabajo es la caracterización molecular de una cohorte de 122 individuos con sospecha de síndrome de Lynch, de los cuales un 76% fueron categorizados como síndrome Lynch-like. Mediante MS-MLPA, se llevó a cabo un estudio de hipermetilación somática de MLH1 que permitió categorizar 16 individuos Lynch-like a casos esporádicos. Además, mediante las guías de clasificación elaboradas por panel de expertos ClinGen/InSiGHT ACMG MMR v1 se reclasificaron el 62,5% de variantes de significado clínico incierto (VUS) bien a patogénicas o probablemente patogénicas en 7 individuos de 3 familias no relacionadas, o a probablemente benigna en otro individuo de la cohorte. De esta manera, se logró caracterizar molecularmente parte de la cohorte de estudio en casos con síndrome de Lynch (29,5%) y casos con un origen esporádico (13,1%). Sin embargo, un 57,4% de individuos permanecieron categorizados como síndrome de Lynch-like, para los que sería conveniente realizar una secuenciación somática en busca de mutaciones bialélicas en los genes MMR, permitiendo una mejor caracterización de este síndrome.
Dirección
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Tutoría)
Ruiz Ponte, Clara María Cotutoría
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Tutoría)
Ruiz Ponte, Clara María Cotutoría
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vocal)
Ensayos de xenotransplante en pez cebra como modelo de estudio de tumores primarios de glioblastoma.
Autoría
M.B.T.C.
Máster Universitario en Genómica y Genética
M.B.T.C.
Máster Universitario en Genómica y Genética
Fecha de la defensa
11.07.2024 18:30
11.07.2024 18:30
Resumen
El glioblastoma multiforme (GBM) es uno de los tumores cerebrales malignos más frecuentes. Este se caracteriza por ser un tumor primario en estadio IV, de origen astrocítico y para el cual la mayoría de los tratamientos disponibles tienen poca eficacia. Como resultado, con una media de supervivencia de los pacientes de aproximadamente 14,6 meses, este tipo de cáncer tiene un pronóstico muy desfavorable. El proyecto está centrado en la modelización de tumores primarios de GBM en el pez cebra (Danio rerio) con el propósito de evaluar la eficacia de fármacos convencionales y determinar así, si este modelo puede asentarse como una herramienta útil en el estudio de este tipo de carcinomas. El proyecto comenzará con una evaluación inicial de la toxicidad de quimioterápicos convencionales, como la temozolamida (TMZ), sobre los embriones de pez cebra. Posteriormente, se realizarán xenotrasplantes empleando células de glioblastoma previamente cultivadas in vitro. Este proceso permitirá monitorizar la progresión de los tumores dentro de los embriones de pez cebra una vez hayan sido expuestos al fármaco. Se espera que los resultados de este proyecto proporcionen información valiosa sobre la utilidad del modelo de pez cebra en el estudio del GBM y, al mismo tiempo, permitan diseñar posibles estrategias terapéuticas que mejoren el pronóstico de aquellos pacientes afectados por esta enfermedad mortal.
El glioblastoma multiforme (GBM) es uno de los tumores cerebrales malignos más frecuentes. Este se caracteriza por ser un tumor primario en estadio IV, de origen astrocítico y para el cual la mayoría de los tratamientos disponibles tienen poca eficacia. Como resultado, con una media de supervivencia de los pacientes de aproximadamente 14,6 meses, este tipo de cáncer tiene un pronóstico muy desfavorable. El proyecto está centrado en la modelización de tumores primarios de GBM en el pez cebra (Danio rerio) con el propósito de evaluar la eficacia de fármacos convencionales y determinar así, si este modelo puede asentarse como una herramienta útil en el estudio de este tipo de carcinomas. El proyecto comenzará con una evaluación inicial de la toxicidad de quimioterápicos convencionales, como la temozolamida (TMZ), sobre los embriones de pez cebra. Posteriormente, se realizarán xenotrasplantes empleando células de glioblastoma previamente cultivadas in vitro. Este proceso permitirá monitorizar la progresión de los tumores dentro de los embriones de pez cebra una vez hayan sido expuestos al fármaco. Se espera que los resultados de este proyecto proporcionen información valiosa sobre la utilidad del modelo de pez cebra en el estudio del GBM y, al mismo tiempo, permitan diseñar posibles estrategias terapéuticas que mejoren el pronóstico de aquellos pacientes afectados por esta enfermedad mortal.
Dirección
CABEZAS SAINZ, PABLO (Tutoría)
CABEZAS SAINZ, PABLO (Tutoría)
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vocal)