Bases moleculares da lipomatose asociada á lipodistrofia parcial familiar
Autoría
L.R.S.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
L.R.S.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 11:30
11.07.2024 11:30
Resumo
Algunhas lipodistrofias mendelianas asócianse á presencia de lipomas, incluso en rexións lipoatróficas. Estas están asociadas a variantes en varios xenes, entre os que se atopa o xen da LMNA. Actualmente, descoñécense os mecanismos involucrados na proliferación anormal dos adipocitos nestas lesións neoplásicas. No caso das lipodistrofias laminopáticas (lipodistrofia parcial familiar tipo 2 ou FPLD2) o defecto na lamina A nuclear conduce a unha alteración na adipoxénese dependendo da rexión anatómica (lipoatrofia en extremidades e nalgas, e lipohipertrofia en cara, pescozo, axilas e rexión interescapular). Actualmente existen evidencias de que nas rexións lipohipertróficas existe un proceso de transdiferenciación de grasa parda a branca, posiblemente mediado polo receptor da aldosterona, ó que tamén se une a proxesterona. Ademáis, pártese da hipótesis de que o desenvolvemento das masas lipomatosas en pacientes con variantes patóxenas en LMNA pode estar mediado por alteracións nas proteínas que regulan o ciclo celular (p53, p21, Rb). Cultívanse así 3 liñas celulares de preadipocitos (procedentes da graxa dunha paciente control, e da graxa e dun lipoma dunha paciente FPLD2) con 6 tratamentos onde se proban doses pre e postmenopáusicas de beta-estradiol e proxesterona. Extráense posteriormente as proteínas de cada liña e tratamento e mídense os niveis de cada proteína mediante Western blot.
Algunhas lipodistrofias mendelianas asócianse á presencia de lipomas, incluso en rexións lipoatróficas. Estas están asociadas a variantes en varios xenes, entre os que se atopa o xen da LMNA. Actualmente, descoñécense os mecanismos involucrados na proliferación anormal dos adipocitos nestas lesións neoplásicas. No caso das lipodistrofias laminopáticas (lipodistrofia parcial familiar tipo 2 ou FPLD2) o defecto na lamina A nuclear conduce a unha alteración na adipoxénese dependendo da rexión anatómica (lipoatrofia en extremidades e nalgas, e lipohipertrofia en cara, pescozo, axilas e rexión interescapular). Actualmente existen evidencias de que nas rexións lipohipertróficas existe un proceso de transdiferenciación de grasa parda a branca, posiblemente mediado polo receptor da aldosterona, ó que tamén se une a proxesterona. Ademáis, pártese da hipótesis de que o desenvolvemento das masas lipomatosas en pacientes con variantes patóxenas en LMNA pode estar mediado por alteracións nas proteínas que regulan o ciclo celular (p53, p21, Rb). Cultívanse así 3 liñas celulares de preadipocitos (procedentes da graxa dunha paciente control, e da graxa e dun lipoma dunha paciente FPLD2) con 6 tratamentos onde se proban doses pre e postmenopáusicas de beta-estradiol e proxesterona. Extráense posteriormente as proteínas de cada liña e tratamento e mídense os niveis de cada proteína mediante Western blot.
Dirección
SANCHEZ IGLESIAS, SOFIA (Titoría)
ARAUJO VILAR, DAVID Cotitoría
SANCHEZ IGLESIAS, SOFIA (Titoría)
ARAUJO VILAR, DAVID Cotitoría
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Avaliación da regulación da proteína ribosomal RPL23 por proteínas tipo ubiquitina
Autoría
E.P.G.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
E.P.G.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 17:00
11.07.2024 17:00
Resumo
As proteínas ribosomais son proteínas que, xunto co ARN ribosomal, conforman os ribosomas. Ademais do seu papel estrutural e funcional na síntese de proteínas, levan a cabo múltiples funcións extrarribosomais coma por exemplo a de regular o crecemento celular e a apoptose. Entre estas proteínas destaca o compoñente da subunidade ribosomal grande 60S RPL23. Ademais da súa función ribosomal, RPL23 identificouse coma un regulador negativo da apoptose celular, a través da modulación negativa da transcrición de p21Cip1 e p15Ink4b inducida por Miz-1, e coma un activador de p53 en resposta ao oncoxene Ras cando non se expresa o supresor de tumores ARF. Un aumento significativo nos niveis desta proteína en pacientes con diferentes tipos de cancro asociouse á capacidade das células tumorais de evadir a apoptose inducida en resposta a diversos axentes anti-tumorais. A complexidade funcional de RPL23, capaz de exercer funcións tanto anti-tumorais como pro-tumorais, resalta a importancia dunha estrita regulación da súa actividade. Neste sentido, propoñemos a hipótese de que a proteína RPL23, de forma semellante á proteína RPL11, podería regularse a través da súa interacción coas proteínas tipo ubiquitina denominadas SUMO (pequena proteína tipo ubiquitina) e NEDD8 (proteína 8 expresada no precursor de célula neural regulada negativamente durante o desenvolvemento). Resultados previos do laboratorio suxiren que RPL23 se pode SUMOilar e NEDDilar nas células pero falta confirmar se isto ocorre in vitro, coñecer o mecanismo molecular que regula estas modificacións e o seu impacto nas actividades da proteína. Este traballo ten como obxectivo avanzar no estudo da regulación de RPL23 mediante a súa interacción con SUMO e NEDD8. Os nosos resultados confirman que RPL23 se modifica por SUMO e por NEDD8. Estas modificacións parecen responder a estímulos específicos. Así, observamos que a sobreexpresión do oncoxene RAS favorece a NEDDilación de RPL23 e a formación de cadeas de SUMO2 conxugadas á proteína ribosomal. A modificación de RPL23 por SUMO tamén se ve inducida en resposta ao tratamento có inhibidor de NEDDilación MLN4924 o que nos levou a pensar que NEDD8 e SUMO poderían competir para unirse a RPL23. En apoio desta hipótese, observamos que a NEDDilación e a SUMOilación de RPL23 diminúe cando os dous modificadores están presentes. Para afondar nesta hipótese, xeramos un mutante de RPL23 nunha das lisinas susceptibles de exercer coma sitio de SUMOilación e de NEDDilación e analizamos a súa susceptibilidade para SUMOilarse e NEDDilarse. Os datos obtidos indican ca lisina K66 é un sitio de SUMOilación pero a súa mutación non afecta á NEDDilación da proteína. A análise do impacto destas modificacións na localización subcelular da proteína revelou que, a diferencia da proteína RPL23 silvestre, que se localiza principalmente no nucleolo celular, o mutante no sitio de SUMOilación RPL23-K66R se localiza no nucleoplasma. Unha translocación de RPL23 do nucleolo ao nucleoplasma tamén se observou cando se sobreexpresou SUMO2. Estes resultados levounos a avaliar se a lisina mutada formaba parte de algún potencial sinal de localización nucleolar. O análise in silico suxire que a lisina K66 podería formar parte dun sinal de localización nucleolar, o que podería explicar estes resultados. A conxugación de SUMO á lisina K66 de RPL23 podería impedir a funcionalidade do sinal que permite a entrada da proteína no nucleolo, igual que ocorre cando mutamos este residuo. Son necesarios mais estudos para confirmar istos resultados e coñecer coma inflúen estas modificacións na funcionalidade da proteína. Este coñecemento podería axudar a controlar a súa actividade e, por tanto, abriría unha fiestra de oportunidade para actuar fronte a aquelas patoloxías nas que RPL23 está implicada.
As proteínas ribosomais son proteínas que, xunto co ARN ribosomal, conforman os ribosomas. Ademais do seu papel estrutural e funcional na síntese de proteínas, levan a cabo múltiples funcións extrarribosomais coma por exemplo a de regular o crecemento celular e a apoptose. Entre estas proteínas destaca o compoñente da subunidade ribosomal grande 60S RPL23. Ademais da súa función ribosomal, RPL23 identificouse coma un regulador negativo da apoptose celular, a través da modulación negativa da transcrición de p21Cip1 e p15Ink4b inducida por Miz-1, e coma un activador de p53 en resposta ao oncoxene Ras cando non se expresa o supresor de tumores ARF. Un aumento significativo nos niveis desta proteína en pacientes con diferentes tipos de cancro asociouse á capacidade das células tumorais de evadir a apoptose inducida en resposta a diversos axentes anti-tumorais. A complexidade funcional de RPL23, capaz de exercer funcións tanto anti-tumorais como pro-tumorais, resalta a importancia dunha estrita regulación da súa actividade. Neste sentido, propoñemos a hipótese de que a proteína RPL23, de forma semellante á proteína RPL11, podería regularse a través da súa interacción coas proteínas tipo ubiquitina denominadas SUMO (pequena proteína tipo ubiquitina) e NEDD8 (proteína 8 expresada no precursor de célula neural regulada negativamente durante o desenvolvemento). Resultados previos do laboratorio suxiren que RPL23 se pode SUMOilar e NEDDilar nas células pero falta confirmar se isto ocorre in vitro, coñecer o mecanismo molecular que regula estas modificacións e o seu impacto nas actividades da proteína. Este traballo ten como obxectivo avanzar no estudo da regulación de RPL23 mediante a súa interacción con SUMO e NEDD8. Os nosos resultados confirman que RPL23 se modifica por SUMO e por NEDD8. Estas modificacións parecen responder a estímulos específicos. Así, observamos que a sobreexpresión do oncoxene RAS favorece a NEDDilación de RPL23 e a formación de cadeas de SUMO2 conxugadas á proteína ribosomal. A modificación de RPL23 por SUMO tamén se ve inducida en resposta ao tratamento có inhibidor de NEDDilación MLN4924 o que nos levou a pensar que NEDD8 e SUMO poderían competir para unirse a RPL23. En apoio desta hipótese, observamos que a NEDDilación e a SUMOilación de RPL23 diminúe cando os dous modificadores están presentes. Para afondar nesta hipótese, xeramos un mutante de RPL23 nunha das lisinas susceptibles de exercer coma sitio de SUMOilación e de NEDDilación e analizamos a súa susceptibilidade para SUMOilarse e NEDDilarse. Os datos obtidos indican ca lisina K66 é un sitio de SUMOilación pero a súa mutación non afecta á NEDDilación da proteína. A análise do impacto destas modificacións na localización subcelular da proteína revelou que, a diferencia da proteína RPL23 silvestre, que se localiza principalmente no nucleolo celular, o mutante no sitio de SUMOilación RPL23-K66R se localiza no nucleoplasma. Unha translocación de RPL23 do nucleolo ao nucleoplasma tamén se observou cando se sobreexpresou SUMO2. Estes resultados levounos a avaliar se a lisina mutada formaba parte de algún potencial sinal de localización nucleolar. O análise in silico suxire que a lisina K66 podería formar parte dun sinal de localización nucleolar, o que podería explicar estes resultados. A conxugación de SUMO á lisina K66 de RPL23 podería impedir a funcionalidade do sinal que permite a entrada da proteína no nucleolo, igual que ocorre cando mutamos este residuo. Son necesarios mais estudos para confirmar istos resultados e coñecer coma inflúen estas modificacións na funcionalidade da proteína. Este coñecemento podería axudar a controlar a súa actividade e, por tanto, abriría unha fiestra de oportunidade para actuar fronte a aquelas patoloxías nas que RPL23 está implicada.
Dirección
Rivas Vázquez, María del Carmen (Titoría)
ROBLEDO SANCHEZ, DIEGO Cotitoría
Rivas Vázquez, María del Carmen (Titoría)
ROBLEDO SANCHEZ, DIEGO Cotitoría
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
Reclasificación de variantes missense de significado incerto dos xenes BRCA1 e BRCA2
Autoría
C.F.P.E.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
C.F.P.E.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 16:30
11.07.2024 16:30
Resumo
A clasificación das variantes xenéticas en cancro hereditario é un procedemento que se realiza rutineiramente nos laboratorios de diagnóstico xenético. Dita clasificación realízase en base a diferentes evidencias (ex: tipo de variante, frecuencia poboacional da variante, predición de patoxenicidade, impacto funcional, segregación da variante na enfermidade, entre outras) que, analizándoas conxuntamente, permiten determinar o impacto das variantes no desenvolvemento da enfermidade. Para determinar as evidencias a considerar e o impacto de cada unha delas na interpretación das variantes xenéticas desenvolvéronse tanto directrices xerais, como guías específicas por xene. Recentemente, o grupo ClinGen ENIGMA (Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles), adecuou as normas e directrices xerais propostas no ano 2015 polo Colexio Americano de Xenética Médica e Xenómica e a Asociación de Patoloxía Molecular (ACMG/AMP) aos xenes BRCA1 e BRCA2. O obxectivo principal deste traballo de Fin de Máster foi a reavaliación de 122 variantes missense de significado incerto identificadas nos xenes BRCA1 e BRCA2 durante a análise xenética na Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (FPGMX), utilizando as novas guías ClinGen ENIGMA BRCA1 e BRCA2 ACMG/AMP. Ademais, propuxémonos identificar as evidencias que resultaron máis informativas para esta reclasificación. Tras a aplicación dos criterios propostos nestas novas guías, reclasificamos o 82% (100/122) das variantes de significado incerto iniciais, 98 variantes clasificáronse como Benignas e Probablemente Benignas (15 e 83, respectivamente) e 2 variantes reclasificáronse como Probablemente Patoxénicas. Vinte e dúas variantes permaneceron como variantes de significado incerto. Entre as evidencias máis informativas para esta reclasificación destacaron a frecuencia poboacional, a posición da variante e a predición do seu impacto.
A clasificación das variantes xenéticas en cancro hereditario é un procedemento que se realiza rutineiramente nos laboratorios de diagnóstico xenético. Dita clasificación realízase en base a diferentes evidencias (ex: tipo de variante, frecuencia poboacional da variante, predición de patoxenicidade, impacto funcional, segregación da variante na enfermidade, entre outras) que, analizándoas conxuntamente, permiten determinar o impacto das variantes no desenvolvemento da enfermidade. Para determinar as evidencias a considerar e o impacto de cada unha delas na interpretación das variantes xenéticas desenvolvéronse tanto directrices xerais, como guías específicas por xene. Recentemente, o grupo ClinGen ENIGMA (Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles), adecuou as normas e directrices xerais propostas no ano 2015 polo Colexio Americano de Xenética Médica e Xenómica e a Asociación de Patoloxía Molecular (ACMG/AMP) aos xenes BRCA1 e BRCA2. O obxectivo principal deste traballo de Fin de Máster foi a reavaliación de 122 variantes missense de significado incerto identificadas nos xenes BRCA1 e BRCA2 durante a análise xenética na Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (FPGMX), utilizando as novas guías ClinGen ENIGMA BRCA1 e BRCA2 ACMG/AMP. Ademais, propuxémonos identificar as evidencias que resultaron máis informativas para esta reclasificación. Tras a aplicación dos criterios propostos nestas novas guías, reclasificamos o 82% (100/122) das variantes de significado incerto iniciais, 98 variantes clasificáronse como Benignas e Probablemente Benignas (15 e 83, respectivamente) e 2 variantes reclasificáronse como Probablemente Patoxénicas. Vinte e dúas variantes permaneceron como variantes de significado incerto. Entre as evidencias máis informativas para esta reclasificación destacaron a frecuencia poboacional, a posición da variante e a predición do seu impacto.
Dirección
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Titoría)
Vega Gliemmo, Ana Paula Cotitoría
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Titoría)
Vega Gliemmo, Ana Paula Cotitoría
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
Caracterización do efecto de novas terapias epixenéticas no tratamento oncolóxico mediante ensaios in vitro.
Autoría
X.R.A.V.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
X.R.A.V.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 13:00
11.07.2024 13:00
Resumo
O cancro renal sitúase no noveno posto entre os cancros máis frecuentes en España, cunha supervivencia aos cinco anos do 17% en estadios avanzados. A inmunoterapia xurdiu recentemente como unha opción prometedora na que algúns pacientes conseguen unha resposta mantida no tempo, pero a porcentaxe é aínda baixo. Por tanto, existe unha necesidade urxente de atopar novas terapias que permitan aumentar a súa eficiencia. Neste contexto, exploramos o potencial das terapias epigenéticas mediante ensaios in vitro, utilizando epidrogas como vorinostat (inhibidor de histona desacetilasa) e azacitidina (inhibidor de metiltransferasa do ADN), en liñas celulares de cancro renal (786-Ou e Caki-2). Os nosos resultados revelaron que estes tratamentos inducen tanto cambios fenotípicos como na expresión génica nas células tumorales, afectando o ciclo celular, promovendo características mesenquimales, alterando a expresión de elementos transponibles (TEs) e do xene da histona-lisina metiltransferasa (EZH2). Estes achados apoian o potencial destas novas terapias epigenéticas e a necesidade de seguir investigando para aumentar o número de pacientes que poidan beneficiarse da inmunoterapia.
O cancro renal sitúase no noveno posto entre os cancros máis frecuentes en España, cunha supervivencia aos cinco anos do 17% en estadios avanzados. A inmunoterapia xurdiu recentemente como unha opción prometedora na que algúns pacientes conseguen unha resposta mantida no tempo, pero a porcentaxe é aínda baixo. Por tanto, existe unha necesidade urxente de atopar novas terapias que permitan aumentar a súa eficiencia. Neste contexto, exploramos o potencial das terapias epigenéticas mediante ensaios in vitro, utilizando epidrogas como vorinostat (inhibidor de histona desacetilasa) e azacitidina (inhibidor de metiltransferasa do ADN), en liñas celulares de cancro renal (786-Ou e Caki-2). Os nosos resultados revelaron que estes tratamentos inducen tanto cambios fenotípicos como na expresión génica nas células tumorales, afectando o ciclo celular, promovendo características mesenquimales, alterando a expresión de elementos transponibles (TEs) e do xene da histona-lisina metiltransferasa (EZH2). Estes achados apoian o potencial destas novas terapias epigenéticas e a necesidade de seguir investigando para aumentar o número de pacientes que poidan beneficiarse da inmunoterapia.
Dirección
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Titoría)
MARTINEZ FERNANDEZ, MONICA Cotitoría
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Titoría)
MARTINEZ FERNANDEZ, MONICA Cotitoría
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Impacto da música no transcriptoma salival de pacientes con trastornos cognitivos relacionados coa idade
Autoría
N.E.Z.M.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
N.E.Z.M.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 11:00
11.07.2024 11:00
Resumo
Introdución e obxectivo: O uso de intervencións musicais como terapia non farmacolóxica para mellorar os síntomas cognitivos e conductuais en pacientes con trastorno cognitivo relacionado coa idade (ACD) gañou popularidade nos últimos anos, pero a evidencia da súa eficacia segue sendo inconsistente. O principal obxectivo do estudo é explorar a influencia dos estímulos musicais no transcriptoma de saliva de pacientes con ACD. Métodos: Recolléronse mostras de saliva de 24 participantes (14 controis sans HC e 10 diagnosticados de ACD) antes e despois do estímulo musical (n = 48 mostras). Illouse RNA das mostras e analizouse utilizando a tecnoloxía nCounter NanoString. Para a análise estatística, empregouse a plataforma informática estatística R versión 4.3.3. Utilizouse un deseño de pareado para levar a cabo a análise das diferenzas no transcriptoma antes (timepoint 1, TP1) e despois (timepoint 2, TP2) do estímulo musical. Resultados: O número de xenes expresados diferencialmente (DEG) dos pacientes ACD (n= 31) foi maior que os DEG do grupo de control (n= 7), o que indica que a regulación positiva é prominente nos pacientes con ACD. O perfil do transcriptoma DEG revelou unha diferenciación recoñecible entre TP1 e TP2 no grupo ACD, que pode detectarse inmediatamente a partir dos compoñentes principais PC1 (representa 79% de variación) e PC2 (representa 13% de variación). En pacientes con ACD, CXCL8 foi o xene con maior regulación positiva, mentres que LGALS3 foi o xene con maior regulación negativa. Con respecto ao grupo HC, THOP1 foi o xene con maior regulación negativa. Estes xenes desempeñan roles importantes nas funcións cerebrais normais e tamén se ven alterados en enfermidades neurodexenerativas. A análise de redes de co-expresión xénica revelou módulos relevantes e significativos, tanto positiva como negativamente correlacionados coa música, implicados en procesos neurodexenerativos e inmunolóxicos. Conclusión: Este estudo presenta por primeira vez evidencias do impacto dunha exposición breve á música no transcriptoma de saliva tanto en ACD como en HC e resalta o potencial dos estímulos musicais para afectar aos patróns de expresión xénica, centrando na relación entre a música e as súas respostas moleculares.
Introdución e obxectivo: O uso de intervencións musicais como terapia non farmacolóxica para mellorar os síntomas cognitivos e conductuais en pacientes con trastorno cognitivo relacionado coa idade (ACD) gañou popularidade nos últimos anos, pero a evidencia da súa eficacia segue sendo inconsistente. O principal obxectivo do estudo é explorar a influencia dos estímulos musicais no transcriptoma de saliva de pacientes con ACD. Métodos: Recolléronse mostras de saliva de 24 participantes (14 controis sans HC e 10 diagnosticados de ACD) antes e despois do estímulo musical (n = 48 mostras). Illouse RNA das mostras e analizouse utilizando a tecnoloxía nCounter NanoString. Para a análise estatística, empregouse a plataforma informática estatística R versión 4.3.3. Utilizouse un deseño de pareado para levar a cabo a análise das diferenzas no transcriptoma antes (timepoint 1, TP1) e despois (timepoint 2, TP2) do estímulo musical. Resultados: O número de xenes expresados diferencialmente (DEG) dos pacientes ACD (n= 31) foi maior que os DEG do grupo de control (n= 7), o que indica que a regulación positiva é prominente nos pacientes con ACD. O perfil do transcriptoma DEG revelou unha diferenciación recoñecible entre TP1 e TP2 no grupo ACD, que pode detectarse inmediatamente a partir dos compoñentes principais PC1 (representa 79% de variación) e PC2 (representa 13% de variación). En pacientes con ACD, CXCL8 foi o xene con maior regulación positiva, mentres que LGALS3 foi o xene con maior regulación negativa. Con respecto ao grupo HC, THOP1 foi o xene con maior regulación negativa. Estes xenes desempeñan roles importantes nas funcións cerebrais normais e tamén se ven alterados en enfermidades neurodexenerativas. A análise de redes de co-expresión xénica revelou módulos relevantes e significativos, tanto positiva como negativamente correlacionados coa música, implicados en procesos neurodexenerativos e inmunolóxicos. Conclusión: Este estudo presenta por primeira vez evidencias do impacto dunha exposición breve á música no transcriptoma de saliva tanto en ACD como en HC e resalta o potencial dos estímulos musicais para afectar aos patróns de expresión xénica, centrando na relación entre a música e as súas respostas moleculares.
Dirección
SALAS ELLACURIAGA, ANTONIO (Titoría)
SALAS ELLACURIAGA, ANTONIO (Titoría)
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Busca de variantes xenéticas de cardiopatías familiares asociadas ao risco de disfunción ventricular secundaria a tratamentos antitumorais.
Autoría
P.B.M.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
P.B.M.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 10:00
11.07.2024 10:00
Resumo
A toxicidade cardiovascular relacionada co tratamento do cancro, ou cardiotoxicidade, é o nome que recibe o conxunto de manifestacións cardiovasculares derivadas de tratamentos antitumorais. Estes efectos adversos son cada vez máis relevantes debido ao incremento da supervivencia dos pacientes con cancro e as expectativas dun aumento dos casos de cancro no futuro. Por tanto, é de gran importancia coñecer os factores que contribúen ao desenvolvemento de cardiotoxicidade para mellorar a estratificación do risco dos pacientes oncolóxicos. Actualmente, a variedade de factores de risco que teñen en conta as ferramentas de estratificación do risco non inclúe a variabilidade xenética. Con todo, varios estudos describiron loci e variantes xenéticas que poderían estar relacionados co desenvolvemento de cardiotoxicidade. Este traballo ten como obxectivo realizar unha procura de variantes xenéticas de cardiopatías que poidan estar asociadas ao risco de toxicidade cardiovascular relacionada co tratamento do cancro. Para iso, analizouse o exoma de 127 pacientes oncolóxicos do rexistro CARDIOTOX, con e sen cardiotoxicidade, e priorizáronse e clasificaron de acordo coa súa patoxenicidade as variantes xenéticas en 536 xenes asociados a cardiopatías. Atopáronse 11 variantes xenéticas patoxénicas ou probablemente patoxénicas asociadas con patoloxías cardíacas, en seis xenes principais (TTN, ALPK3, KNCH2, MYOT, RIT1 e RBM20) e un xene secundario (NRAS) na súa asociación coas devanditas patoloxías na cohorte de estudo. Estas variantes xenéticas observáronse en 5 individuos sen cardiotoxicidade e 4 individuos con cardiotoxicidade, o que representa o 4,40% e o 13,89% dos pacientes de cada grupo, respectivamente. Non se observou, por tanto, unha maior prevalencia de variantes xenéticas en xenes asociados a cardiopatías entre os individuos que desenvolveron cardiotoxicidade, e tampouco nos graos máis severos desta. Con todo, destaca a alta frecuencia de variantes truncantes no xene TTN nestes pacientes, polo que estas poderían desempeñar un papel importante na predisposición á cardiotoxicidade. Ademais, os individuos con cardiotoxicidade que presentaron variantes xenéticas asociadas con patoloxías cardíacas foron homes na súa totalidade, a pesar de haber unha maior proporción de mulleres na cohorte de estudo; esto suxire que tamén podería existir unha diferenza de sexo na susceptibilidade xenética á cardiotoxicidade.
A toxicidade cardiovascular relacionada co tratamento do cancro, ou cardiotoxicidade, é o nome que recibe o conxunto de manifestacións cardiovasculares derivadas de tratamentos antitumorais. Estes efectos adversos son cada vez máis relevantes debido ao incremento da supervivencia dos pacientes con cancro e as expectativas dun aumento dos casos de cancro no futuro. Por tanto, é de gran importancia coñecer os factores que contribúen ao desenvolvemento de cardiotoxicidade para mellorar a estratificación do risco dos pacientes oncolóxicos. Actualmente, a variedade de factores de risco que teñen en conta as ferramentas de estratificación do risco non inclúe a variabilidade xenética. Con todo, varios estudos describiron loci e variantes xenéticas que poderían estar relacionados co desenvolvemento de cardiotoxicidade. Este traballo ten como obxectivo realizar unha procura de variantes xenéticas de cardiopatías que poidan estar asociadas ao risco de toxicidade cardiovascular relacionada co tratamento do cancro. Para iso, analizouse o exoma de 127 pacientes oncolóxicos do rexistro CARDIOTOX, con e sen cardiotoxicidade, e priorizáronse e clasificaron de acordo coa súa patoxenicidade as variantes xenéticas en 536 xenes asociados a cardiopatías. Atopáronse 11 variantes xenéticas patoxénicas ou probablemente patoxénicas asociadas con patoloxías cardíacas, en seis xenes principais (TTN, ALPK3, KNCH2, MYOT, RIT1 e RBM20) e un xene secundario (NRAS) na súa asociación coas devanditas patoloxías na cohorte de estudo. Estas variantes xenéticas observáronse en 5 individuos sen cardiotoxicidade e 4 individuos con cardiotoxicidade, o que representa o 4,40% e o 13,89% dos pacientes de cada grupo, respectivamente. Non se observou, por tanto, unha maior prevalencia de variantes xenéticas en xenes asociados a cardiopatías entre os individuos que desenvolveron cardiotoxicidade, e tampouco nos graos máis severos desta. Con todo, destaca a alta frecuencia de variantes truncantes no xene TTN nestes pacientes, polo que estas poderían desempeñar un papel importante na predisposición á cardiotoxicidade. Ademais, os individuos con cardiotoxicidade que presentaron variantes xenéticas asociadas con patoloxías cardíacas foron homes na súa totalidade, a pesar de haber unha maior proporción de mulleres na cohorte de estudo; esto suxire que tamén podería existir unha diferenza de sexo na susceptibilidade xenética á cardiotoxicidade.
Dirección
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Titoría)
Blanco Verea, Alejandro José Cotitoría
BRION MARTINEZ, M. JOSE Cotitoría
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Titoría)
Blanco Verea, Alejandro José Cotitoría
BRION MARTINEZ, M. JOSE Cotitoría
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Edición xenética mediante CRISPR-Cas9 de embrións somáticos de aciñeira e castiñeiro
Autoría
P.M.P.I.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
P.M.P.I.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 17:30
11.07.2024 17:30
Resumo
A aciñeira (Quercus ilex) e o castiñeiro (Castanea sativa) son dúas especies de gran importancia social, económica e ecolóxica na península ibérica. Dende fai años, as súas poboacións víronse decimas polas enfermidades da seca (aciñeira) e a tinta (castiñeiro) ambas causadas pola infección do oomiceto do solo Phytophthora cinnamomi e aceleradas polo efecto do cambio climático. As medidas tomadas ata o momento no foron suficientes para controlar o avance da enfermidade, polo que xerar plantas con tolerancia ao oomiceto converteuse nunha prioridade. O elevado tempo de xeración e heterocigosidade destas especies limita enormemente a implementación de programas de mellora convencional, polo que a utilización de ferramentas biotecnolóxicas pode ser unha boa alternativa. Entre estas ferramentas, destaca a edición xenética con CRISPR/Cas9, que supuxo unha revolución para a enxeñaría xenética ao permitir introducir mutacións puntuais e introducir novas variantes xenéticas mediante recombinación dirixida por homoloxía, de forma sinxela, flexible en deseño e eficiente. Con todo, a edición xenética permanece en gran medida inexplorada en especies forestais. Neste traballo investigamos a edición xenética en aciñeira e castiñeiro, utilizando embrións somáticos como vía de rexeneración das células editadas. En aciñeira, como proba de concepto da edición xenética, buscamos editar o xene que codifica a fitoeno desaturasa (PDS), cuxa mutación interrompe a biosíntese da clorofila dando lugar a un fenotipo albino, o que permite a avaliación visual da eficacia da edición. Non obstante, só se obtivo calo albino e non conseguimos obter embrións somáticos co xene PDS editado. En castiñeiro, buscouse e logrouse editar o xen Downy Mildew Resistant 6 (DMR6), un xene de susceptibilidade (xene S) que os patóxenos empregan como diana para suprimir a inmunidade das plantas. Embrións somáticos de castiñeiro en estadio globular e torpedo temperá cocultiváronse durante 5 días con Agrobacterium que portaba unha construción CRISPR/Cas9 dirixida a DMR6 e posteriormente cultiváronse nun medio de selección con kanamicina. Tras 10 semanas de subcultivo en medio de selección, illáronse once liñas embrioxénicas resistentes á kanamicina. O xenotipado destas liñas con secuenciación Sanger revelou o éxito da edición xénica. Finalmente, mediante un ensaio de infección in vitro con P. cinnamomi, encontrouse que as liñas editadas presentaban unha maior tolerancia ao oomiceto que as mesmas sen editar.
A aciñeira (Quercus ilex) e o castiñeiro (Castanea sativa) son dúas especies de gran importancia social, económica e ecolóxica na península ibérica. Dende fai años, as súas poboacións víronse decimas polas enfermidades da seca (aciñeira) e a tinta (castiñeiro) ambas causadas pola infección do oomiceto do solo Phytophthora cinnamomi e aceleradas polo efecto do cambio climático. As medidas tomadas ata o momento no foron suficientes para controlar o avance da enfermidade, polo que xerar plantas con tolerancia ao oomiceto converteuse nunha prioridade. O elevado tempo de xeración e heterocigosidade destas especies limita enormemente a implementación de programas de mellora convencional, polo que a utilización de ferramentas biotecnolóxicas pode ser unha boa alternativa. Entre estas ferramentas, destaca a edición xenética con CRISPR/Cas9, que supuxo unha revolución para a enxeñaría xenética ao permitir introducir mutacións puntuais e introducir novas variantes xenéticas mediante recombinación dirixida por homoloxía, de forma sinxela, flexible en deseño e eficiente. Con todo, a edición xenética permanece en gran medida inexplorada en especies forestais. Neste traballo investigamos a edición xenética en aciñeira e castiñeiro, utilizando embrións somáticos como vía de rexeneración das células editadas. En aciñeira, como proba de concepto da edición xenética, buscamos editar o xene que codifica a fitoeno desaturasa (PDS), cuxa mutación interrompe a biosíntese da clorofila dando lugar a un fenotipo albino, o que permite a avaliación visual da eficacia da edición. Non obstante, só se obtivo calo albino e non conseguimos obter embrións somáticos co xene PDS editado. En castiñeiro, buscouse e logrouse editar o xen Downy Mildew Resistant 6 (DMR6), un xene de susceptibilidade (xene S) que os patóxenos empregan como diana para suprimir a inmunidade das plantas. Embrións somáticos de castiñeiro en estadio globular e torpedo temperá cocultiváronse durante 5 días con Agrobacterium que portaba unha construción CRISPR/Cas9 dirixida a DMR6 e posteriormente cultiváronse nun medio de selección con kanamicina. Tras 10 semanas de subcultivo en medio de selección, illáronse once liñas embrioxénicas resistentes á kanamicina. O xenotipado destas liñas con secuenciación Sanger revelou o éxito da edición xénica. Finalmente, mediante un ensaio de infección in vitro con P. cinnamomi, encontrouse que as liñas editadas presentaban unha maior tolerancia ao oomiceto que as mesmas sen editar.
Dirección
SAMPEDRO JIMÉNEZ, JAVIER (Titoría)
Martínez Santiago, María Teresa Cotitoría
Corredoira Castro, María Elena Cotitoría
SAMPEDRO JIMÉNEZ, JAVIER (Titoría)
Martínez Santiago, María Teresa Cotitoría
Corredoira Castro, María Elena Cotitoría
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
Papel das quinasas DYRK2 e PIM3 en rexeneración axonal tras lesión medular en peixe cebra
Autoría
A.B.S.L.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
A.B.S.L.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 18:00
11.07.2024 18:00
Resumo
En humanos, as lesións da médula espiñal causan discapacidade permanente. A ausencia da rexeneración de axóns descendentes despois do impacto traumático é unha das principais causas da pérdida funcional. A diferencia dos mamíferos, tanto as larvas como os adultos de peixe cebra, son capaces de rexenerar os axóns descendentes da médula espiñal de forma espontánea trala lesión medular completa. En estudios transcriptómicos previos detectouse un posible papel beneficioso das quinasas DYRK2 e PIM3 en promover rexeneración axonal tras lesión medular en peixes. Polo tanto, neste traballo plantéxase estudar o papel das quinasas DYRK2 e PIM3 na rexeneración axonal que presentan as larvas despois dunha lesión medular completa. Para iso, realizáronse tratamentos farmacolóxicos con inhibidores da quinasa PIM3 e tratamentos xenéticos Crispants de dyrk2 e pim3. Os resultados amosaron que a mutación de dyrk2 en embrións de peixe cebra Crispants implica unha redución do grosor da ponte axonal en peixes sometidos a unha lesión medular completa. Tamén se obtiveron resultados similares con embrións Crispants para pim3. Sen embargo, en ambos casos sería preciso repetir os experimentos para traballar con un tamaño mostral maior. Os resultados obtidos cos inhibidores farmacolóxicos tamén indican que a inhibición específica da quinasa PIM3 implica a unha menor rexeneración da ponte axonal. En conclusión, as quinasas DYRK2 e PIM3 semellan ter un papel importante en promover a rexeneración dos axóns descendentes en larvas de peixe cebra. Sen embargo, sería interesante un estudo detallado das vías de sinalización e proteínas fosforiladas por estas quinasas para comprender mellor o mecanismo de rexeneración axonal e, nun futuro, aplicar a información ao deseño de terapias de lesión medular.
En humanos, as lesións da médula espiñal causan discapacidade permanente. A ausencia da rexeneración de axóns descendentes despois do impacto traumático é unha das principais causas da pérdida funcional. A diferencia dos mamíferos, tanto as larvas como os adultos de peixe cebra, son capaces de rexenerar os axóns descendentes da médula espiñal de forma espontánea trala lesión medular completa. En estudios transcriptómicos previos detectouse un posible papel beneficioso das quinasas DYRK2 e PIM3 en promover rexeneración axonal tras lesión medular en peixes. Polo tanto, neste traballo plantéxase estudar o papel das quinasas DYRK2 e PIM3 na rexeneración axonal que presentan as larvas despois dunha lesión medular completa. Para iso, realizáronse tratamentos farmacolóxicos con inhibidores da quinasa PIM3 e tratamentos xenéticos Crispants de dyrk2 e pim3. Os resultados amosaron que a mutación de dyrk2 en embrións de peixe cebra Crispants implica unha redución do grosor da ponte axonal en peixes sometidos a unha lesión medular completa. Tamén se obtiveron resultados similares con embrións Crispants para pim3. Sen embargo, en ambos casos sería preciso repetir os experimentos para traballar con un tamaño mostral maior. Os resultados obtidos cos inhibidores farmacolóxicos tamén indican que a inhibición específica da quinasa PIM3 implica a unha menor rexeneración da ponte axonal. En conclusión, as quinasas DYRK2 e PIM3 semellan ter un papel importante en promover a rexeneración dos axóns descendentes en larvas de peixe cebra. Sen embargo, sería interesante un estudo detallado das vías de sinalización e proteínas fosforiladas por estas quinasas para comprender mellor o mecanismo de rexeneración axonal e, nun futuro, aplicar a información ao deseño de terapias de lesión medular.
Dirección
BARREIRO IGLESIAS, ANTON (Titoría)
BARREIRO IGLESIAS, ANTON (Titoría)
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
Estratexias de modulación do proceso de reprogramación parcial como ferramenta antienvellecemento.
Autoría
R.P.P.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
R.P.P.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 16:00
11.07.2024 16:00
Resumo
O envellecemento é un proceso dexenerativo caracterizado por numerosos trazos distintivos, entre os que destaca a activación do programa de senescencia celular. Este estado defínese por unha detención prolongada e estable do ciclo celular na que as células permanecen metabolicamente activas, liberando ao entorno diversos factores coñecidos como fenotipo secretor asociado a senescencia (SASP). A reprogramación celular, por outra banda, permite que as células somáticas se desdiferencien cara a un estado pluripotente mediante a expresión de catro factores de transcrición coñecidos como OSKM. Ambos procesos están estreitamente relacionados, desempeñando a senescencia un rol dual e antagónico. Por unha parte, a senescencia representa unha barreira intrínseca á reprogramación, mentres que, por outra parte, o SASP mellora a eficiencia da mesma. Non obstante, o efecto que os factores secretados polas células en proceso de reprogramación teñen sobre as células senescentes aínda non se investigou en profundidade. Neste estudo móstrase como o medio condicionado derivado de fibroblastos embrionarios de rato en proceso de reprogramación afecta positivamente ás células senescentes inducidas por irradiación. Este resultado maniféstase en cambios morfolóxicos, incluíndo unha diminución no tamaño do núcleo, unha redución na actividade enzimática Beta-galactosidase asociada á senescencia e un aumento na viabilidade celular. Ademais, estudamos se o efecto observado depende da expresión dos factores de reprogramación ou do estado de pluripotencia en si, demostrando que a expresión de OSKM é crucial para acadar este efecto. Polo tanto, estes achados poñen de manifesto o potencial dos factores secretados polas células en proceso de reprogramación como posibles ferramentas antienvellecemento.
O envellecemento é un proceso dexenerativo caracterizado por numerosos trazos distintivos, entre os que destaca a activación do programa de senescencia celular. Este estado defínese por unha detención prolongada e estable do ciclo celular na que as células permanecen metabolicamente activas, liberando ao entorno diversos factores coñecidos como fenotipo secretor asociado a senescencia (SASP). A reprogramación celular, por outra banda, permite que as células somáticas se desdiferencien cara a un estado pluripotente mediante a expresión de catro factores de transcrición coñecidos como OSKM. Ambos procesos están estreitamente relacionados, desempeñando a senescencia un rol dual e antagónico. Por unha parte, a senescencia representa unha barreira intrínseca á reprogramación, mentres que, por outra parte, o SASP mellora a eficiencia da mesma. Non obstante, o efecto que os factores secretados polas células en proceso de reprogramación teñen sobre as células senescentes aínda non se investigou en profundidade. Neste estudo móstrase como o medio condicionado derivado de fibroblastos embrionarios de rato en proceso de reprogramación afecta positivamente ás células senescentes inducidas por irradiación. Este resultado maniféstase en cambios morfolóxicos, incluíndo unha diminución no tamaño do núcleo, unha redución na actividade enzimática Beta-galactosidase asociada á senescencia e un aumento na viabilidade celular. Ademais, estudamos se o efecto observado depende da expresión dos factores de reprogramación ou do estado de pluripotencia en si, demostrando que a expresión de OSKM é crucial para acadar este efecto. Polo tanto, estes achados poñen de manifesto o potencial dos factores secretados polas células en proceso de reprogramación como posibles ferramentas antienvellecemento.
Dirección
DA SILVA ALVAREZ, SABELA (Titoría)
Collado Rodríguez, Manuel Cotitoría
DA SILVA ALVAREZ, SABELA (Titoría)
Collado Rodríguez, Manuel Cotitoría
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
Análise de biomarcadores epixenéticos en DNA circulante con utilidade clínica no cancro colorrectal
Autoría
J.D.V.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
J.D.V.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 12:00
11.07.2024 12:00
Resumo
O cancro colorrectal (CCR) é o terceiro cancro máis diagnosticado a nivel mundial con 1,93 millóns de novos casos en 2020 e o segundo máis letal con case 1 millón de novas defuncións. Sendo un cancro tan prevalente na poboación e cunha mortalidade tan alta é unha necesidade prioritaria a procura de biomarcadores, tanto de diagnóstico precoz como de prognóstico, que permitan un tratamento máis temperán e mellor manexo dos pacientes, reducindo así o número de defuncións. Neste traballo realízase unha procura de marcas epixenéticas, concretamente de metilación de DNA, que permitan mellorar a detección e manexo non invasivo dos pacientes con CCR. Para acadar este obxectivo caracterizouse o DNA libre circulante (cfDNA) presente en biopsia líquida mediante técnicas epixenómicas de secuenciación e PCR dixital. Como resultado, atopouse unha firma epixenética non invasiva capaz de detectar o CCR. Entre os xenes desta firma, validouse o estado de metilación de USP44 e SPOCK1, os cales resultaron estar hipermetilados no cfDNA do CCR con respecto aos controis sans. A hipermetilación destes xenes resultou estar tamén presente en mostras de tecido de CCR, onde mostrou unha relación inversa co seu estado de expresión. A metilación de USP44 e SPOCK1 no cfDNA mostrou utilidade para detectar o CCR e como factor prognóstico de supervivencia. En conxunto, este estudo permitiu identificar e validar novos biomarcadores epixenéticos non invasivos en biopsia líquida que presentan un gran potencial para a detección e establecemento do prognóstico do CCR.
O cancro colorrectal (CCR) é o terceiro cancro máis diagnosticado a nivel mundial con 1,93 millóns de novos casos en 2020 e o segundo máis letal con case 1 millón de novas defuncións. Sendo un cancro tan prevalente na poboación e cunha mortalidade tan alta é unha necesidade prioritaria a procura de biomarcadores, tanto de diagnóstico precoz como de prognóstico, que permitan un tratamento máis temperán e mellor manexo dos pacientes, reducindo así o número de defuncións. Neste traballo realízase unha procura de marcas epixenéticas, concretamente de metilación de DNA, que permitan mellorar a detección e manexo non invasivo dos pacientes con CCR. Para acadar este obxectivo caracterizouse o DNA libre circulante (cfDNA) presente en biopsia líquida mediante técnicas epixenómicas de secuenciación e PCR dixital. Como resultado, atopouse unha firma epixenética non invasiva capaz de detectar o CCR. Entre os xenes desta firma, validouse o estado de metilación de USP44 e SPOCK1, os cales resultaron estar hipermetilados no cfDNA do CCR con respecto aos controis sans. A hipermetilación destes xenes resultou estar tamén presente en mostras de tecido de CCR, onde mostrou unha relación inversa co seu estado de expresión. A metilación de USP44 e SPOCK1 no cfDNA mostrou utilidade para detectar o CCR e como factor prognóstico de supervivencia. En conxunto, este estudo permitiu identificar e validar novos biomarcadores epixenéticos non invasivos en biopsia líquida que presentan un gran potencial para a detección e establecemento do prognóstico do CCR.
Dirección
Bouza Fernandez, M Carmen (Titoría)
Díaz Lagares, Ángel Cotitoría
Bouza Fernandez, M Carmen (Titoría)
Díaz Lagares, Ángel Cotitoría
Tribunal
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Traballo fin de máster
Autoría
R.P.V.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
R.P.V.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.09.2024 10:30
11.09.2024 10:30
Resumo
Nas especies leñosas, e especialmente nas especies recalcitrantes como a aciñeira, a capacidade morfoxenética in vitro é xeralmente máis elevada no material xuvenil que no adulto. A diminución da capacidade morfoxenética coa idade da planta supón unha limitación, xa que as árbores non presentan as características definitivas que as fan desexables para un uso determinado ata que alcanzan o estado adulto. Nesta liña enmárcase este traballo, co obxecto de determinar se pode lograrse rexuvenecemento completo de aciñeiras adultas mediante a micropropagación vía embrioxénese somática (e a súa relación coa metilación). Para iso establecéronse cultivos de gromos axilares a partir de gromos obtidos da brotación forzada de pólas derivadas de dúas árbores de aciñeira centenarias e dunha de 30 anos. Para cada un dos tres xenotipos, ápices e follas illados deses cultivos axilares utilizáronse para establecer dúas liñas de material micropropagado, unha a partir de xemas axilares da planta adulta e outra a partir de plántulas somáticas. Material destas dúas liñas, así como de xemas axilares utilizadas como explanto de partida, utilizáronse para analizar marcadores de metilación do ADN (MSAP; Methylation Sensitive Amplified Polymorphisms) para avaliar a posible implicación da regulación epixenética na diferente capacidade morfoxénica e embrioxénica de material adulto e rexuvenecido vía embrioxénese somática. Os resultados indicaron que a fonte de tecido inflúe significativamente nos patróns de metilación do ADN, con plántulas embrioxénicas mostrando diferentes frecuencias de fragmentos comparado con xemas axilares. Finalmente, as análises multilocus indicaron diferenzas significativas nos patróns de metilación entre as poboacións, influenciadas tanto pola idade da árbore como pola técnica de micropropagación, resaltando a utilidade da metilación do ADN como marcador para estudar a variabilidade epixenética nestas poboacións. Con todo, a técnica MSAP utilizada para estimar esta diferenciación epixenética mostrou un patrón de homoplasia de tamaño e unha posible infraestimación da metilación, suxerindo a necesidade de métodos complementarios para verificar a homoloxía das bandas.
Nas especies leñosas, e especialmente nas especies recalcitrantes como a aciñeira, a capacidade morfoxenética in vitro é xeralmente máis elevada no material xuvenil que no adulto. A diminución da capacidade morfoxenética coa idade da planta supón unha limitación, xa que as árbores non presentan as características definitivas que as fan desexables para un uso determinado ata que alcanzan o estado adulto. Nesta liña enmárcase este traballo, co obxecto de determinar se pode lograrse rexuvenecemento completo de aciñeiras adultas mediante a micropropagación vía embrioxénese somática (e a súa relación coa metilación). Para iso establecéronse cultivos de gromos axilares a partir de gromos obtidos da brotación forzada de pólas derivadas de dúas árbores de aciñeira centenarias e dunha de 30 anos. Para cada un dos tres xenotipos, ápices e follas illados deses cultivos axilares utilizáronse para establecer dúas liñas de material micropropagado, unha a partir de xemas axilares da planta adulta e outra a partir de plántulas somáticas. Material destas dúas liñas, así como de xemas axilares utilizadas como explanto de partida, utilizáronse para analizar marcadores de metilación do ADN (MSAP; Methylation Sensitive Amplified Polymorphisms) para avaliar a posible implicación da regulación epixenética na diferente capacidade morfoxénica e embrioxénica de material adulto e rexuvenecido vía embrioxénese somática. Os resultados indicaron que a fonte de tecido inflúe significativamente nos patróns de metilación do ADN, con plántulas embrioxénicas mostrando diferentes frecuencias de fragmentos comparado con xemas axilares. Finalmente, as análises multilocus indicaron diferenzas significativas nos patróns de metilación entre as poboacións, influenciadas tanto pola idade da árbore como pola técnica de micropropagación, resaltando a utilidade da metilación do ADN como marcador para estudar a variabilidade epixenética nestas poboacións. Con todo, a técnica MSAP utilizada para estimar esta diferenciación epixenética mostrou un patrón de homoplasia de tamaño e unha posible infraestimación da metilación, suxerindo a necesidade de métodos complementarios para verificar a homoloxía das bandas.
Dirección
FERRADAS RIAL, YOLANDA (Titoría)
FERRADAS RIAL, YOLANDA (Titoría)
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
DÍAZ FERNÁNDEZ, PABLO (Vogal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
DÍAZ FERNÁNDEZ, PABLO (Vogal)
Análises xenómicas en poboacións naturais de Arnica montana L.
Autoría
F.C.P.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
F.C.P.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 12:30
11.07.2024 12:30
Resumo
Arnica montana L. é unha planta perenne da familia das asteráceas, distribuída ao longo de Europa. Ten interese farmacéutico debido as súas propiedades antiinflamatorias, derivadas de metabolitos secundarios, basicamente lactonas sesquiterpénicas. A colleita sen regulación no rural debido a estas propiedades, xunto a cambios nos seus hábitats, levaron á redución das poboacións, de forma preocupante nalgunhas zonas de Europa central. A pesar de atoparse clasificada dentro da Listaxe Vermella da IUCN baixo preocupación menor, está monitorizada e incluída en listaxes vermellas locais de varios países, e considerada unha especie de interese pola Unión Europea. Estudos previos centráronse na determinación da estrutura poboacional, e as diferencias entre dúas subespecies: A. montana subsp. montana e A. montana subsp. atlantica, coa segunda limitada a localidades de baixa altitude ao longo do norte da Península Ibérica e o sur de Francia. Estas dúas subespecies foron relacionadas con dous quimiotipos distintos segundo o seu contido en lactonas sesquiterpénicas, con A. montana subsp. montana tendo maior poder antiinflamatorio, pero tamén maiores respostas alérxicas. O obxectivo deste estudo foi levar a cabo a primeira aproximación xenómica en A. montana para: (i) realizar unha análise de xenómica de poboacións estimando parámetros poboacionais e detectar posibles pegadas de selección natural; (ii) comparar e discutir os resultados obtidos coa bibliografía previamente publicada; (iii) detectar SNPs cuxas frecuencias alélicas estean altamente diferenciadas entre os dous quimiotipos previamente descritos, e (iv) deseñar posibles propostas de xestión e conservación de A. montana nos seus hábitats naturais. Tomáronse mostras de 12 localidades do norte de España e xenotipáronse mediante 2b-RAD, obtendo un panel de 5675 SNPs. Atopouse unha baixa diversidade xenética e un baixo censo efectivo, así como unha elevada diferenciación xenética entre elas, consistente cos resultados de traballos previos. Atopáronse marcadores candidatos a estar baixo selección (outliers) potencialmente implicados en adaptacións locais, e tamén potencialmente implicados na diferenciación entre os dous quimiotipos. Non obstante, deberían ser validados con novas análises bioinformáticas empregando o xenoma de referencia de A. montana, con novos datos bioquímicos e experimentos de xardín común. Para a conservación das poboacións naturais de A. montana, podería ser recomendable a creación de stocks correspondentes ás unidades de xestión definidas, tanto para a repoboación de localidades naturais como para a súa reintrodución en localidades históricas. Con todo, tamén sería necesario conservar a calidade ecolóxica dos hábitats para a viabilidade destas poboacións, así como promover o seu cultivo para evitar a súa sobreexplotación.
Arnica montana L. é unha planta perenne da familia das asteráceas, distribuída ao longo de Europa. Ten interese farmacéutico debido as súas propiedades antiinflamatorias, derivadas de metabolitos secundarios, basicamente lactonas sesquiterpénicas. A colleita sen regulación no rural debido a estas propiedades, xunto a cambios nos seus hábitats, levaron á redución das poboacións, de forma preocupante nalgunhas zonas de Europa central. A pesar de atoparse clasificada dentro da Listaxe Vermella da IUCN baixo preocupación menor, está monitorizada e incluída en listaxes vermellas locais de varios países, e considerada unha especie de interese pola Unión Europea. Estudos previos centráronse na determinación da estrutura poboacional, e as diferencias entre dúas subespecies: A. montana subsp. montana e A. montana subsp. atlantica, coa segunda limitada a localidades de baixa altitude ao longo do norte da Península Ibérica e o sur de Francia. Estas dúas subespecies foron relacionadas con dous quimiotipos distintos segundo o seu contido en lactonas sesquiterpénicas, con A. montana subsp. montana tendo maior poder antiinflamatorio, pero tamén maiores respostas alérxicas. O obxectivo deste estudo foi levar a cabo a primeira aproximación xenómica en A. montana para: (i) realizar unha análise de xenómica de poboacións estimando parámetros poboacionais e detectar posibles pegadas de selección natural; (ii) comparar e discutir os resultados obtidos coa bibliografía previamente publicada; (iii) detectar SNPs cuxas frecuencias alélicas estean altamente diferenciadas entre os dous quimiotipos previamente descritos, e (iv) deseñar posibles propostas de xestión e conservación de A. montana nos seus hábitats naturais. Tomáronse mostras de 12 localidades do norte de España e xenotipáronse mediante 2b-RAD, obtendo un panel de 5675 SNPs. Atopouse unha baixa diversidade xenética e un baixo censo efectivo, así como unha elevada diferenciación xenética entre elas, consistente cos resultados de traballos previos. Atopáronse marcadores candidatos a estar baixo selección (outliers) potencialmente implicados en adaptacións locais, e tamén potencialmente implicados na diferenciación entre os dous quimiotipos. Non obstante, deberían ser validados con novas análises bioinformáticas empregando o xenoma de referencia de A. montana, con novos datos bioquímicos e experimentos de xardín común. Para a conservación das poboacións naturais de A. montana, podería ser recomendable a creación de stocks correspondentes ás unidades de xestión definidas, tanto para a repoboación de localidades naturais como para a súa reintrodución en localidades históricas. Con todo, tamén sería necesario conservar a calidade ecolóxica dos hábitats para a viabilidade destas poboacións, así como promover o seu cultivo para evitar a súa sobreexplotación.
Dirección
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Titoría)
CASANOVA CHICLANA, ADRIAN Cotitoría
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Titoría)
CASANOVA CHICLANA, ADRIAN Cotitoría
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
MARTINEZ PORTELA, PAULINO (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Identificación de Xenes Rítmicos Alterados no Cerebro dun Modelo de Rato e a súa Relación co Sistema de Cronometraxe Circadiano sen Astrocitos.
Autoría
E.E.E.B.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
E.E.E.B.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.09.2024 10:00
11.09.2024 10:00
Resumo
O traballo de fin de máster enfócase no análise de datos de RNAseq e miRNome obtidos de ratos condicionales so xene reloxo BMAL1 en astrocitos (BMAL1cKO) e controis a diferentes momentos do día. O principal obxectivo é a identificación de xenes diferencialmente expresados (DEXs) e miARNs diferencialmente expresados no cerebro distes ratos. Ademáis, búscase correlacionar os miARNs alterados cos posibles xenes diana utilizando datos de RNAseq. Os resultados proporcionan información clave sobre como a ausencia de BMAL1 en astocitos afecta ao sistema de cronometraxe circadiano a nivel molecular, contribuindo ao coñecemento da xenética dos ritmos circadianos e o papel dos astrocitos niste sistema.
O traballo de fin de máster enfócase no análise de datos de RNAseq e miRNome obtidos de ratos condicionales so xene reloxo BMAL1 en astrocitos (BMAL1cKO) e controis a diferentes momentos do día. O principal obxectivo é a identificación de xenes diferencialmente expresados (DEXs) e miARNs diferencialmente expresados no cerebro distes ratos. Ademáis, búscase correlacionar os miARNs alterados cos posibles xenes diana utilizando datos de RNAseq. Os resultados proporcionan información clave sobre como a ausencia de BMAL1 en astocitos afecta ao sistema de cronometraxe circadiano a nivel molecular, contribuindo ao coñecemento da xenética dos ritmos circadianos e o papel dos astrocitos niste sistema.
Dirección
BARCA MAYO, OLGA (Titoría)
BARCA MAYO, OLGA (Titoría)
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
DÍAZ FERNÁNDEZ, PABLO (Vogal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
DÍAZ FERNÁNDEZ, PABLO (Vogal)
Descifrando A Síndrome Lynch-like
Autoría
O.G.E.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
O.G.E.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 10:30
11.07.2024 10:30
Resumo
A síndrome de Lynch é un trastorno xenético con herdanza autosómica dominante causado por variantes patoxénicas na liña xerminal nos xenes de reparación de erros de emparellamento do ADN (MMR): MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2. Esta síndrome predispón a un maior risco de desenvolver cancro de colon e endometrio, entre outros, ao longo da vida. Os tumores de Lynch caracterízanse por presentar deficiencia de expresión, por inmunohistoquímica, nalgunha das proteínas MMR e inestabilidade de microsatélites (MSI). O uso das guías de clasificación de variantes xenéticas específicas de xenes MMR é esencial para o diagnóstico da síndrome de Lynch. A síndrome de Lynch-like refírese a aqueles individuos que presentan tumores con deficiencia do sistema MMR e sen metilación no promotor do MLH1, pero nos que non se identifican variantes xerminais patoxénicas nos xenes MMR. A síndrome de Lynch-like comprende un grupo heteroxéneo, xa que a causa da perda de expresión nas proteínas MMR pode ser xerminal, e por tanto hereditaria, ou somática. O obxectivo principal deste traballo é a caracterización molecular dunha cohorte de 122 individuos con sospeita de síndrome de Lynch, dos cales un 76% foron categorizados como síndrome Lynch-like. Mediante MS-MLPA, realizouse un estudo de hipermetilación somática de MLH1 que permitiu categorizar 16 individuos Lynch-like como casos esporádicos. Ademais, mediante as guías de clasificación elaboradas por paneis de expertos ClinGen/InSiGHT ACMG MMR v1, reclasificouse o 62,5% das variantes de significado clínico incerto (VUS) a patoxénicas ou probablemente patoxénicas en 7 individuos de 3 familias non emparentadas, ou como probablemente benignas noutro individuo da cohorte. Deste xeito, logrouse caracterizar molecularmente parte da cohorte do estudo en casos con síndrome de Lynch (29,5%) e casos cunha orixe esporádica (13,1%). Non obstante, un 57,4% de individuos permaneceron categorizados como síndrome de Lynch-like, para os que sería convinte realizar unha secuenciación somática na procura de mutacións bialélicas nos xenes MMR, permitindo unha mellor caracterización desta síndrome.
A síndrome de Lynch é un trastorno xenético con herdanza autosómica dominante causado por variantes patoxénicas na liña xerminal nos xenes de reparación de erros de emparellamento do ADN (MMR): MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2. Esta síndrome predispón a un maior risco de desenvolver cancro de colon e endometrio, entre outros, ao longo da vida. Os tumores de Lynch caracterízanse por presentar deficiencia de expresión, por inmunohistoquímica, nalgunha das proteínas MMR e inestabilidade de microsatélites (MSI). O uso das guías de clasificación de variantes xenéticas específicas de xenes MMR é esencial para o diagnóstico da síndrome de Lynch. A síndrome de Lynch-like refírese a aqueles individuos que presentan tumores con deficiencia do sistema MMR e sen metilación no promotor do MLH1, pero nos que non se identifican variantes xerminais patoxénicas nos xenes MMR. A síndrome de Lynch-like comprende un grupo heteroxéneo, xa que a causa da perda de expresión nas proteínas MMR pode ser xerminal, e por tanto hereditaria, ou somática. O obxectivo principal deste traballo é a caracterización molecular dunha cohorte de 122 individuos con sospeita de síndrome de Lynch, dos cales un 76% foron categorizados como síndrome Lynch-like. Mediante MS-MLPA, realizouse un estudo de hipermetilación somática de MLH1 que permitiu categorizar 16 individuos Lynch-like como casos esporádicos. Ademais, mediante as guías de clasificación elaboradas por paneis de expertos ClinGen/InSiGHT ACMG MMR v1, reclasificouse o 62,5% das variantes de significado clínico incerto (VUS) a patoxénicas ou probablemente patoxénicas en 7 individuos de 3 familias non emparentadas, ou como probablemente benignas noutro individuo da cohorte. Deste xeito, logrouse caracterizar molecularmente parte da cohorte do estudo en casos con síndrome de Lynch (29,5%) e casos cunha orixe esporádica (13,1%). Non obstante, un 57,4% de individuos permaneceron categorizados como síndrome de Lynch-like, para os que sería convinte realizar unha secuenciación somática na procura de mutacións bialélicas nos xenes MMR, permitindo unha mellor caracterización desta síndrome.
Dirección
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Titoría)
Ruiz Ponte, Clara María Cotitoría
CARRACEDO ALVAREZ, ANGEL MARIA (Titoría)
Ruiz Ponte, Clara María Cotitoría
Tribunal
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Bouza Fernandez, M Carmen (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
GÓMEZ PARDO, MARÍA BELÉN (Vogal)
Ensaios de xenotransplante no peixe cebra como modelo de estudo de tumores primarios de glioblastoma.
Autoría
M.B.T.C.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
M.B.T.C.
Máster Universitario en Xenómica e Xenética
Data da defensa
11.07.2024 18:30
11.07.2024 18:30
Resumo
O glioblastoma multiforme (GBM) é un dos tumores cerebrais malignos máis frecuentes. Este caracterízase por ser un tumor primario en estadio IV, de orixe astrocítico e para o cal a maioría dos tratamentos dispoñibles teñen pouca eficacia. Como resultado, cunha media de supervivencia dos pacientes de aproximadamente 14,6 meses, este tipo de cancro ten un prognóstico moi desfavorable. O proxecto está centrado na modelización de tumores primarios de GBM no peixe cebra (Danio rerio) co propósito de avaliar a eficacia de fármacos convencionais e determinar así, se este modelo pode asentarse como unha ferramenta útil no estudo deste tipo de carcinomas. O proxecto comezará cunha avaliación inicial da toxicidade de quimioterápicos convencionais, como a temozolamida (TMZ), sobre os embrións de peixe cebra. Posteriormente, realizaranse xenotrasplantes empregando células de glioblastoma previamente cultivadas in vitro. Este proceso permitirá monitorizar a progresión dos tumores dentro dos embrións de peixe cebra unha vez fosen expostos ao fármaco. Espérase que os resultados deste proxecto proporcionen información valiosa sobre a utilidade do modelo de peixe cebra no estudo do GBM e, ao mesmo tempo, permitan deseñar posibles estratexias terapéuticas que melloren o prognóstico daqueles pacientes afectados por esta enfermidade mortal.
O glioblastoma multiforme (GBM) é un dos tumores cerebrais malignos máis frecuentes. Este caracterízase por ser un tumor primario en estadio IV, de orixe astrocítico e para o cal a maioría dos tratamentos dispoñibles teñen pouca eficacia. Como resultado, cunha media de supervivencia dos pacientes de aproximadamente 14,6 meses, este tipo de cancro ten un prognóstico moi desfavorable. O proxecto está centrado na modelización de tumores primarios de GBM no peixe cebra (Danio rerio) co propósito de avaliar a eficacia de fármacos convencionais e determinar así, se este modelo pode asentarse como unha ferramenta útil no estudo deste tipo de carcinomas. O proxecto comezará cunha avaliación inicial da toxicidade de quimioterápicos convencionais, como a temozolamida (TMZ), sobre os embrións de peixe cebra. Posteriormente, realizaranse xenotrasplantes empregando células de glioblastoma previamente cultivadas in vitro. Este proceso permitirá monitorizar a progresión dos tumores dentro dos embrións de peixe cebra unha vez fosen expostos ao fármaco. Espérase que os resultados deste proxecto proporcionen información valiosa sobre a utilidade do modelo de peixe cebra no estudo do GBM e, ao mesmo tempo, permitan deseñar posibles estratexias terapéuticas que melloren o prognóstico daqueles pacientes afectados por esta enfermidade mortal.
Dirección
CABEZAS SAINZ, PABLO (Titoría)
CABEZAS SAINZ, PABLO (Titoría)
Tribunal
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)
RAMOS MARTINEZ, JUAN IGNACIO (Presidente/a)
VERA RODRIGUEZ, MANUEL (Secretario/a)
Bouza Fernandez, M Carmen (Vogal)